通过基因家族的比较分析寻找木霉菌的生物防治基因
| 摘要 | 第6-7页 |
| Abstract | 第7页 |
| 1. 前言 | 第8-15页 |
| 1.1 木霉菌形态学特征及背景 | 第8-10页 |
| 1.2 木霉菌生物防治研究 | 第10-11页 |
| 1.3 基因家族比较分析的基础背景 | 第11-12页 |
| 1.4 钩状木霉YYH13和YYH16介绍 | 第12-15页 |
| 2．实验设计 | 第15-18页 |
| 2.1 实验目的 | 第15页 |
| 2.2 实验思路设计 | 第15-16页 |
| 2.3 实验分析流程图 | 第16-17页 |
| 2.4 实验意义 | 第17-18页 |
| 3. 分析与结果 | 第18-53页 |
| 3.1 测序数据 | 第18-19页 |
| 3.2 基因组组装 | 第19-22页 |
| 3.2.1 基因组组装 | 第19-20页 |
| 3.2.2 基因组组装结果评估 | 第20-22页 |
| 3.3 物种鉴定 | 第22-24页 |
| 3.3.1 ITS1～ITS2基因簇获取 | 第22-23页 |
| 3.3.2 遗传进化树构建 | 第23-24页 |
| 3.4 结构注释 | 第24-25页 |
| 3.5 共线性分析 | 第25页 |
| 3.6 独有基因分析 | 第25-29页 |
| 3.7 CAZyme分析 | 第29-38页 |
| 3.7.1 CAZyme分析背景 | 第29-30页 |
| 3.7.2 CAZyme注释 | 第30-31页 |
| 3.7.3 基因修正 | 第31-35页 |
| 3.7.4 差异家族分析 | 第35-38页 |
| 3.8 蛋白酶家族分析 | 第38-44页 |
| 3.8.1 蛋白酶分析的背景 | 第38-39页 |
| 3.8.2 蛋白酶注释 | 第39-40页 |
| 3.8.3 基因修正 | 第40-42页 |
| 3.8.4 胞外蛋白酶分析 | 第42-44页 |
| 3.9 基因家族收缩扩张分析 | 第44-51页 |
| 3.9.1 参考木霉菌获取 | 第44-45页 |
| 3.9.2 分歧时间评估 | 第45-47页 |
| 3.9.3 碳水化合物相关家族收缩扩张分析 | 第47-49页 |
| 3.9.4 差异家族的差异基因分析 | 第49-51页 |
| 3.10 次生代谢产物分析 | 第51-53页 |
| 3.10.1 次生代谢产物作用 | 第51页 |
| 3.10.2 次生代谢产物分析 | 第51-53页 |
| 4. 讨论 | 第53-57页 |
| 4.1 结果讨论 | 第53-56页 |
| 4.2 分析中的不足 | 第56-57页 |
| 参考文献 | 第57-62页 |
| 致谢 | 第62页 |
