| 中文摘要 | 第7-8页 |
| Abstract | 第8-9页 |
| 第一章 引言 | 第10-20页 |
| 1.1 细菌导致院内感染及耐药现状 | 第10-11页 |
| 1.2 我国细菌引起的院内感染及耐药现状 | 第11-13页 |
| 1.3 细菌的耐药机制与基因间的关系 | 第13页 |
| 1.4 基因组测序在细菌临床检测及耐药研究中的应用 | 第13-18页 |
| 1.4.1 测序技术简介 | 第14-16页 |
| 1.4.2 全基因组测序在细菌鉴定、耐药、新药研发的应用 | 第16-18页 |
| 1.4.3 各国微生物基因组计划 | 第18页 |
| 1.5 本章小结 | 第18-19页 |
| 1.6 本文研究内容 | 第19-20页 |
| 第二章 实验材料与方法 | 第20-46页 |
| 2.1 实验材料 | 第20-22页 |
| 2.1.1 主要实验设备 | 第20-21页 |
| 2.1.2 主要实验试剂 | 第21-22页 |
| 2.2 实验方法 | 第22-46页 |
| 2.2.1 细菌培养、冻存、复苏 | 第22-23页 |
| 2.2.2 细菌基因组提取及16s rDNA鉴定 | 第23页 |
| 2.2.3 BioLog菌种鉴定 | 第23-24页 |
| 2.2.4 BioLog细菌药物敏感性检测 | 第24-25页 |
| 2.2.5 Ion Torrent文库构建 | 第25-28页 |
| 2.2.6 Ion Torrent测序准备试验 | 第28-35页 |
| 2.2.7 Hiseq文库构建 | 第35-38页 |
| 2.2.8 Hiseq测序准备试验 | 第38-39页 |
| 2.2.9 PacBio文库构建 | 第39-44页 |
| 2.2.10 PacBio测序准备试验 | 第44页 |
| 2.2.11 数据分析 | 第44-45页 |
| 2.2.12 PCR验证基因组序列 | 第45-46页 |
| 第三章 实验结果 | 第46-79页 |
| 3.1 阿氏肠杆菌(ENIPBJ-CG1) | 第46-63页 |
| 3.1.1 核酸提取及16s rDNA鉴定 | 第46-47页 |
| 3.1.2 BioLog菌种鉴定 | 第47-49页 |
| 3.1.3 阿氏肠杆菌(ENIPBJ-CG1)BioLog药敏检测结果 | 第49-55页 |
| 3.1.4 Ion torrent文库建立 | 第55页 |
| 3.1.5 Ion torrent高通量测序结果 | 第55-56页 |
| 3.1.6 Ion Torrent测序结果拼接及PCR测序 | 第56-61页 |
| 3.1.7 PacBio文库建立 | 第61-62页 |
| 3.1.8 阿氏肠杆菌(ENIPBJ-CG1)PacBio测序结果 | 第62-63页 |
| 3.2 铜绿假单胞菌(PAIPBJ-CG1) | 第63-67页 |
| 3.2.1 核酸提取及16s rDNA鉴定 | 第63-64页 |
| 3.2.2 BioLog菌种鉴定 | 第64-65页 |
| 3.2.3 Ion torrent文库建立 | 第65-66页 |
| 3.2.4 Ion torrent高通量测序结果 | 第66页 |
| 3.2.5 PacBio文库建立 | 第66-67页 |
| 3.2.6 铜绿假单胞菌(PAIPBJ-CG1)PacBio测序结果 | 第67页 |
| 3.3 鲍曼不动杆菌(BOIPBJ-CG1) | 第67-73页 |
| 3.3.1 核酸提取及16s rDNA鉴定 | 第67-69页 |
| 3.3.2 BioLog菌种鉴定 | 第69-70页 |
| 3.3.3 Hiseq文库建立 | 第70-71页 |
| 3.3.4 Hiseq高通量测序结果 | 第71-72页 |
| 3.3.5 PacBio文库建立 | 第72页 |
| 3.3.6 鲍曼不动杆菌(BOIPBJ-CG1)PacBio测序结果 | 第72-73页 |
| 3.4 金黄色葡萄球菌(SAIPBJ-CG1) | 第73-79页 |
| 3.4.1 核酸提取及16s rDNA鉴定 | 第73-74页 |
| 3.4.2 BioLog菌种鉴定 | 第74-75页 |
| 3.4.3 Hiseq文库建立 | 第75-76页 |
| 3.4.4 Hiseq高通量测序结果 | 第76页 |
| 3.4.5 PacBio文库建立 | 第76-77页 |
| 3.4.6 金黄色葡萄球菌(SAIPBJ-CG1)PacBio测序结果 | 第77-79页 |
| 第四章 数据分析 | 第79-97页 |
| 4.1 阿氏肠杆菌(ENIPBJ-CG1) | 第79-88页 |
| 4.1.1 阿氏肠杆菌(ENIPBJ-CG1)基因组基本信息 | 第79页 |
| 4.1.2 基因组基本结构 | 第79-80页 |
| 4.1.3 阿氏肠杆菌(ENIPBJ-CG1)进化分析 | 第80-83页 |
| 4.1.4 一般生物信息学分析 | 第83-85页 |
| 4.1.5 阿氏肠杆菌(ENIPBJ-CG1)(ARDB)耐药基因注释 | 第85-87页 |
| 4.1.6 阿氏肠杆菌(ENIPBJ-CG1)BioLog耐药分析 | 第87-88页 |
| 4.2 铜绿假单胞菌(PAIPBJ-CG1) | 第88-91页 |
| 4.2.1 铜绿假单胞菌(PAIPBJ-CG1)基因组基本信息 | 第88-89页 |
| 4.2.2 基因组基本结构 | 第89页 |
| 4.2.3 一般生物信息学分析 | 第89-91页 |
| 4.3 鲍曼不动杆菌(BOIPBJ-CG1) | 第91-94页 |
| 4.3.1 鲍曼不动杆菌(BOIPBJ-CG1)基因组基本信息 | 第91页 |
| 4.3.2 基因组基本结构 | 第91-92页 |
| 4.3.3 一般生物信息学分析 | 第92-94页 |
| 4.4 金黄色葡萄球菌(SAIPBJ-CG1) | 第94-97页 |
| 4.4.1 金黄色葡萄球菌(SAIPBJ-CG1)基因组基本信息 | 第94页 |
| 4.4.2 基因组基本结构 | 第94页 |
| 4.4.3 一般生物信息学分析 | 第94-97页 |
| 第五章 讨论 | 第97-103页 |
| 5.1 基于生化反应的Biolog菌种鉴定结果与基于保守基因鉴定结果差异分析 | 第97-98页 |
| 5.2 阿氏肠杆菌(ENIPBJ-CG1)的耐药分析结果讨论 | 第98-99页 |
| 5.3 应急检测中基因组测序策略选择 | 第99-103页 |
| 参考文献 | 第103-110页 |
| 发表文章 | 第110-111页 |
| 致谢 | 第111-112页 |
| 附录 | 第112-131页 |
