| 摘要 | 第10-12页 |
| ABSTRACT | 第12-13页 |
| 第一章 绪论 | 第14-18页 |
| 1.1 酶的概述 | 第14-16页 |
| 1.1.1 酶的定义、化学本质和分类 | 第14页 |
| 1.1.2 酶的化学组成 | 第14页 |
| 1.1.3 酶的结构 | 第14页 |
| 1.1.4 酶促反应的特点 | 第14-15页 |
| 1.1.5 酶-底物复合物的形成 | 第15页 |
| 1.1.6 酶的催化作用机制 | 第15-16页 |
| 1.1.7 酶促反应动力学 | 第16页 |
| 1.2 酶催化反应的应用前景 | 第16页 |
| 1.3 本论文的研究目的及内容 | 第16页 |
| 参考文献 | 第16-18页 |
| 第二章 理论基础及计算方法 | 第18-22页 |
| 2.1 分子动力学方法 | 第18页 |
| 2.2 量子化学方法 | 第18-19页 |
| 2.3 量子力学与分子力学(QM/MM)组合方法 | 第19-20页 |
| 参考文献 | 第20-22页 |
| 第三章 N-酰基高丝氨酸内酯酶催化机理的理论研究 | 第22-36页 |
| 3.1 前言 | 第22-23页 |
| 3.2 计算方法 | 第23-25页 |
| 3.2.1 模型构建 | 第23-24页 |
| 3.2.2 QM/MM计算方法和软件 | 第24-25页 |
| 3.3 结果与讨论 | 第25-33页 |
| 3.3.1 反应复合物的结构 | 第25-26页 |
| 3.3.2 反应机理 | 第26-30页 |
| 3.3.2.1 第一个半反应 | 第26-28页 |
| 3.3.2.2 第二个半反应 | 第28-30页 |
| 3.3.3 Y160A突变体 | 第30-32页 |
| 3.3.4 残基静电分析 | 第32-33页 |
| 3.4 结论 | 第33页 |
| 参考文献 | 第33-36页 |
| 第四章 2-吡喃酮-4,6-二羧酸水解酶反应机理的理论研究 | 第36-52页 |
| 4.1 前言 | 第36-37页 |
| 4.2 计算方法 | 第37-40页 |
| 4.2.1 模型构建 | 第37-38页 |
| 4.2.2 QM/MM计算 | 第38-40页 |
| 4.3 结果与讨论 | 第40-47页 |
| 4.3.1 2-吡喃酮-4,6-二羧酸内酯酶的结构 | 第40-41页 |
| 4.3.2 反应路径 | 第41-43页 |
| 4.3.3 突变分析 | 第43-47页 |
| 4.3.3.1 突变体H31N | 第44-46页 |
| 4.3.3.2 H180A突变体 | 第46-47页 |
| 4.4 结论 | 第47页 |
| 参考文献 | 第47-52页 |
| 第五章 2,4'-二羟基苯乙酮加双氧酶催化机理的理论研究 | 第52-68页 |
| 5.1 前言 | 第52-54页 |
| 5.2 计算方法 | 第54-55页 |
| 5.2.1 模型预处理 | 第54页 |
| 5.2.2 QM/MM计算 | 第54-55页 |
| 5.3 结果与讨论 | 第55-64页 |
| 5.3.1 底物-酶-超氧复合物的本质 | 第55-58页 |
| 5.3.2 反应机理 | 第58-64页 |
| 5.3.2.1 实验上提出的机理 | 第58-61页 |
| 5.3.2.2 根据计算结果修正的反应机理 | 第61-64页 |
| 5.4 结论 | 第64页 |
| 参考文献 | 第64-68页 |
| 硕士期间发表论文 | 第68-70页 |
| 致谢 | 第70-71页 |
| 附录 | 第71-87页 |
| 学位论文评阅及答辩情况表 | 第87页 |
