| 缩略词表 | 第7-9页 |
| 中文摘要 | 第9-11页 |
| Abstract | 第11-13页 |
| 前言 | 第14-20页 |
| 1. 谱系的形成 | 第14页 |
| 2. 转录因子和表观遗传的基本概念 | 第14-15页 |
| 3. 转录因子调控和表观遗传修饰是影响植入前胚胎发育的重要因素 | 第15-16页 |
| 4. 转录因子调控和表观遗传修饰在体细胞重编程中发挥重要作用 | 第16-17页 |
| 5. 转录因子调控和表观遗传修饰的多组学整合分析时机已经成熟 | 第17-20页 |
| 第1章 植入前胚胎发育过程中转录因子调控和表观遗传修饰的多组学分析 | 第20-40页 |
| 1.1. 研究背景 | 第20-21页 |
| 1.2. 基于ATAC-seq的染色质开放状态全基因组分析 | 第21-27页 |
| 1.2.1. 数量及长度分布 | 第21-22页 |
| 1.2.2. 基因组定位 | 第22-24页 |
| 1.2.3. 新获得和保留的染色质开放区域 | 第24-25页 |
| 1.2.4. 基因表达量的一致性分析 | 第25-27页 |
| 1.3. 染色质开放区域中转录因子结合位点的识别与性质分析 | 第27-31页 |
| 1.3.1 转录因子结合位点的识别 | 第27页 |
| 1.3.2 转录因子结合位点聚类分析 | 第27-29页 |
| 1.3.3 基因功能分析 | 第29-31页 |
| 1.3.4 转录因子结合位点聚集区域 | 第31页 |
| 1.4. 植入前胚胎发育过程中显著表达的基因性质分析 | 第31-35页 |
| 1.4.1 发育各阶段中显著高表达、低表达基因 | 第31-32页 |
| 1.4.2 显著表达基因的表达量的变化规律 | 第32-33页 |
| 1.4.3 显著表达基因的组蛋白修饰信号变化规律 | 第33-35页 |
| 1.5. 细胞命运决定模型猜想 | 第35-37页 |
| 1.6. 总结及讨论 | 第37-40页 |
| 第2章 胚胎干细胞分化过程中转录因子聚集区域的识别与注释 | 第40-70页 |
| 2.1. 研究背景 | 第40-41页 |
| 2.2. HOT region的识别与验证 | 第41-46页 |
| 2.2.1. 识别HOT region | 第41页 |
| 2.2.2. 验证识别的HOT region | 第41-46页 |
| 2.3. HOT region的全基因组性质 | 第46-49页 |
| 2.3.0. 基因组覆盖度 | 第46-47页 |
| 2.3.1. 基因组分布 | 第47页 |
| 2.3.2. 组学性质 | 第47-49页 |
| 2.4. HOT region与调控元件的关联分析 | 第49-54页 |
| 2.4.1. HOT region与microRNA | 第49-50页 |
| 2.4.2. HOT region与重复序列 | 第50-51页 |
| 2.4.3. HOT region与顺式调控元件 | 第51-52页 |
| 2.4.4. HOT region与DNA甲基化 | 第52-54页 |
| 2.5. HOT region与小鼠早期发育增强子的关联分析 | 第54-55页 |
| 2.5.1. VISTA enhancers在HOT region中的富集程度 | 第54页 |
| 2.5.2. VISTA enhancers与HOT region的一致性 | 第54-55页 |
| 2.6. distal HOT region与超级增强子的关联分析 | 第55-58页 |
| 2.6.1. distal HOT region与超级增强子的一致性分析 | 第56页 |
| 2.6.2. HOT region中bivalent marker同时富集 | 第56-57页 |
| 2.6.3. HOT region与超级增强子的功能差异性 | 第57-58页 |
| 2.7. HOT region在胚胎干细胞分化过程中的动态变化规律 | 第58-61页 |
| 2.7.1. 胚胎干细胞H1分化过程中HOT region的识别 | 第58页 |
| 2.7.2. 分化过程中新获得的HOT region的性质 | 第58-60页 |
| 2.7.3. HOT region中转录因子基因功能分析 | 第60-61页 |
| 2.8. HOT region在胚胎干细胞分化过程中表观遗传修饰的变化规律 | 第61-65页 |
| 2.8.1. H3k4me3/H3k27me3的分布及动态变化规律 | 第61-63页 |
| 2.8.2. 分化过程中H3k4me3/H3k27me3的表达水平 | 第63-65页 |
| 2.9. 总结与讨论 | 第65-70页 |
| 第3章 转录因子聚集区域在人类疾病及癌症中的功能注释 | 第70-94页 |
| 3.1. 研究背景 | 第70-71页 |
| 3.2. HOT region与GWAS SNPs的全基因组关联分析 | 第71-76页 |
| 3.2.1. GWAS SNPs在HOT/LOT region中分布规律 | 第71-72页 |
| 3.2.2. 造血细胞形成过程中GWAS SNPs与HOT region的关联分析 | 第72-74页 |
| 3.2.3. 造血细胞形成过程中疾病及表型变化规律 | 第74-76页 |
| 3.3. HOT region中GWAS SNPs的富集分析 | 第76-78页 |
| 3.3.1. GWAS SNPs在HOT/LOT region中富集 | 第76-77页 |
| 3.3.2. GWAS SNPs在HOT/LOT region的富集不单是转录因子结合位点聚集的结果 | 第77-78页 |
| 3.4. GWAS SNPs在HOT region中特异性富集 | 第78-86页 |
| 3.4.1. GWAS SNPs在疾病细胞系的HOT region中特异性富集 | 第78-83页 |
| 3.4.2. GWAS SNPs通过强连锁不平衡在疾病HOT region中特异性富集 | 第83-86页 |
| 3.5. HOT region与癌症的全基因组关联分析 | 第86-91页 |
| 3.5.1. 肿瘤SNPs在癌细胞特异的HOT region中存在 | 第86-89页 |
| 3.5.2. 肿瘤形成过程需要癌细胞特异的HOT region | 第89-90页 |
| 3.5.3. HOT region与部分致癌机理关系密切 | 第90-91页 |
| 3.6. 总结与讨论 | 第91-94页 |
| 讨论 | 第94-96页 |
| 结论 | 第96-98页 |
| 参考文献 | 第98-112页 |
| 个人简历 | 第112-113页 |
| 致谢 | 第113页 |
