蛋白质复合体的模块度函数与识别算法研究
| 摘要 | 第4-5页 |
| Abstract | 第5页 |
| 第1章 绪论 | 第8-19页 |
| 1.1 课题研究背景及意义 | 第8-9页 |
| 1.1.1 研究背景 | 第8页 |
| 1.1.2 研究意义 | 第8-9页 |
| 1.2 国内外研究现状 | 第9-14页 |
| 1.2.1 基于密度和局部搜索的方法 | 第9-11页 |
| 1.2.2 基于图划分的方法 | 第11页 |
| 1.2.3 基于层次聚类的方法 | 第11-13页 |
| 1.2.4 基于聚类系数的方法 | 第13页 |
| 1.2.5 基于有监督的 PPI 网络聚类方法 | 第13-14页 |
| 1.2.6 其他方法 | 第14页 |
| 1.3 本文研究思路及难点分析 | 第14-17页 |
| 1.3.1 现有复合体识别算法的不足 | 第14-16页 |
| 1.3.2 本文研究思路 | 第16-17页 |
| 1.4 本文组织结构 | 第17-19页 |
| 第2章 背景知识与评价方法介绍 | 第19-27页 |
| 2.1 背景知识介绍 | 第19-22页 |
| 2.1.1 蛋白质相互作用网络 | 第19-20页 |
| 2.1.2 蛋白质复合体与功能模块 | 第20-22页 |
| 2.2 实验数据介绍 | 第22-23页 |
| 2.2.1 蛋白质相互作用数据 | 第22-23页 |
| 2.2.2 已知蛋白质复合体数据 | 第23页 |
| 2.2.3 功能注释数据 | 第23页 |
| 2.3 蛋白质复合体识别评价方法 | 第23-25页 |
| 2.3.1 匹配得分 | 第24页 |
| 2.3.2 灵敏度和特异性分析 | 第24-25页 |
| 2.3.3 功能同源性分析 | 第25页 |
| 2.4 本章小结 | 第25-27页 |
| 第3章 基于模块度函数的识别算法 | 第27-38页 |
| 3.1 模块度函数 Q | 第27-28页 |
| 3.2 基于 GN 算法的蛋白质复合体识别 | 第28-31页 |
| 3.2.1 算法流程 | 第28-29页 |
| 3.2.2 实验结果分析 | 第29-31页 |
| 3.3 Newman 快速算法 | 第31-33页 |
| 3.3.1 算法流程 | 第31-32页 |
| 3.3.2 实验结果分析 | 第32-33页 |
| 3.4 基于 OCG 算法的蛋白质复合体识别 | 第33-36页 |
| 3.4.1 算法流程 | 第34页 |
| 3.4.2 实验结果分析 | 第34-36页 |
| 3.5 本章小结 | 第36-38页 |
| 第4章 蛋白质复合体模块度函数及识别算法 | 第38-49页 |
| 4.1 蛋白质复合体模块度函数 PQ | 第38-40页 |
| 4.2 基于模块度函数 PQ 的识别算法 | 第40-46页 |
| 4.2.1 PPI 网络初始模块选择方法 | 第40-41页 |
| 4.2.2 基于模块度函数的模块合并步骤 | 第41-43页 |
| 4.2.3 BMM 算法描述 | 第43-44页 |
| 4.2.4 实验及结果分析 | 第44-46页 |
| 4.3 BMM 算法与同类算法的性能比较 | 第46-47页 |
| 4.4 本章小结 | 第47-49页 |
| 第5章 蛋白质复合体识别系统 | 第49-54页 |
| 5.1 ICSearcher | 第49-50页 |
| 5.2 蛋白质复合体识别网站 | 第50-52页 |
| 5.3 本章小结 | 第52-54页 |
| 结论 | 第54-56页 |
| 参考文献 | 第56-61页 |
| 攻读硕士学位期间发表学术论文 | 第61-63页 |
| 致谢 | 第63页 |
