| 摘要 | 第4-6页 |
| Abstract | 第6-7页 |
| 缩略词表 | 第10-11页 |
| 第一章 绪论 | 第11-22页 |
| 1.1 磷酸三酯水解酶PTH家族简介 | 第11-12页 |
| 1.2 磷酸三酯酶PTE亚类简介 | 第12-17页 |
| 1.2.1 有机磷水解酶（OPH） | 第13-15页 |
| 1.2.2 甲基对硫磷水解酶（MPH） | 第15-16页 |
| 1.2.3 有机磷水解酶C2（OPHC2） | 第16-17页 |
| 1.3 PTE的立体选择性 | 第17-20页 |
| 1.4 立题依据 | 第20页 |
| 1.5 主要研究内容 | 第20-22页 |
| 第二章 实验方法 | 第22-30页 |
| 2.1 方法简介 | 第22-23页 |
| 2.1.1 量子化学计算方法 | 第22页 |
| 2.1.2 分子对接 | 第22-23页 |
| 2.1.3 分子对接方法 | 第23页 |
| 2.2 常用的分子对接软件 | 第23-24页 |
| 2.2.1 AutoDock 4.2 | 第23-24页 |
| 2.2.2 AutoDock Vina | 第24页 |
| 2.2.3 Discover Studio 2.5 | 第24页 |
| 2.3 模拟体系的预处理 | 第24-25页 |
| 2.4 分子动力学模拟 | 第25-27页 |
| 2.4.1 分子力场及力场类型 | 第25页 |
| 2.4.2 系综 | 第25-26页 |
| 2.4.3 周期性边界条件 | 第26页 |
| 2.4.4 积分步长 | 第26页 |
| 2.4.5 MD模拟过程 | 第26-27页 |
| 2.5 MM-PBSA/MM-GBSA计算MD模拟的结合自由能 | 第27-28页 |
| 2.6 主成分分析 | 第28页 |
| 2.7 拉伸分子动力学模拟和平均力势（PMF）计算 | 第28-30页 |
| 第三章 结果与讨论 | 第30-51页 |
| 3.1 对接方法验证 | 第30-31页 |
| 3.2 常规分子动力学模拟 | 第31-42页 |
| 3.2.1 底物Sp-1 在几何结构上优于RP-1 | 第31-34页 |
| 3.2.2 SP1PTE和RP1PTE结构的稳定性 | 第34-37页 |
| 3.2.3 PCA分析 | 第37-38页 |
| 3.2.4 溶剂可及表面积 | 第38-39页 |
| 3.2.5 Zn2+配位数 | 第39-40页 |
| 3.2.6 SP-1 和RP-1 同PTE结合的氢键比率不同 | 第40-42页 |
| 3.3 MM-PBSA和MM-GBSA计算结合自由能 | 第42-45页 |
| 3.4 拉伸分子动力学模拟（SMD） | 第45-51页 |
| 3.4.1 反应通道预测和PMF计算 | 第45-47页 |
| 3.4.2 SP-1 沿着PTE的解离途径 | 第47-49页 |
| 3.4.3 RP-1 沿着PTE的解离途径 | 第49页 |
| 3.4.4 PTE的门控机制 | 第49-51页 |
| 结论 | 第51-52页 |
| 参考文献 | 第52-60页 |
| 致谢 | 第60页 |
