| 摘要 | 第4-6页 |
| ABSTRACT | 第6-8页 |
| 第一章 引言 | 第12-23页 |
| 1.1 栗斑腹鹀的研究概述 | 第12-14页 |
| 1.1.1 地理分布与种群数量 | 第12页 |
| 1.1.2 生物学特征 | 第12-13页 |
| 1.1.3 濒危原因 | 第13页 |
| 1.1.4 国内外研究现状 | 第13-14页 |
| 1.2 保护遗传学研究简介 | 第14-20页 |
| 1.2.1 保护遗传学的诞生及研究内容 | 第14页 |
| 1.2.2 物种遗传多样性和遗传结构对物种保护的重要性 | 第14-15页 |
| 1.2.3 分子标记在保护遗传学中的应用 | 第15-20页 |
| 1.2.4 鸟类保护遗传学研究 | 第20页 |
| 1.3 冰期气候对鸟类种群动态的影响 | 第20-21页 |
| 1.4 研究目的和意义 | 第21-23页 |
| 第二章 基于线粒体DNA的栗斑腹鹀种群进化历史研究 | 第23-49页 |
| 2.1 实验材料与方法 | 第23-26页 |
| 2.1.1 样本采集 | 第23-24页 |
| 2.1.2 实验试剂和仪器 | 第24页 |
| 2.1.3 基因组DNA的提取 | 第24页 |
| 2.1.4 线粒体控制区和细胞色素b基因目的片段的获得 | 第24-26页 |
| 2.2 数据分析 | 第26-28页 |
| 2.2.1 序列编辑与比对 | 第26页 |
| 2.2.2 遗传多样性分析 | 第26页 |
| 2.2.3 系统发育和种群遗传结构分析 | 第26-27页 |
| 2.2.4 种群统计学历史 | 第27-28页 |
| 2.3 结果和分析 | 第28-44页 |
| 2.3.1 种群遗传多样性分析 | 第28-33页 |
| 2.3.2 种群进化谱系和遗传结构 | 第33-41页 |
| 2.3.3 较长的进化历史和种群动态 | 第41-44页 |
| 2.4 讨论 | 第44-49页 |
| 2.4.1 高水平的遗传多样性 | 第44-45页 |
| 2.4.2 较低的遗传分化和不显著的种群遗传结构 | 第45-46页 |
| 2.4.3 栗斑腹鹀种群进化历史 | 第46-49页 |
| 第三章 基于微卫星标记的栗斑腹鹀遗传多样性和种群动态研究 | 第49-62页 |
| 3.1 实验材料与方法 | 第49-50页 |
| 3.1.1 样本采集 | 第49页 |
| 3.1.2 实验试剂和仪器 | 第49页 |
| 3.1.3 栗斑腹鹀基因组DNA提取 | 第49页 |
| 3.1.4 微卫星引物筛选及扩增条件优化 | 第49-50页 |
| 3.1.5 微卫星引物荧光标记和基因分型 | 第50页 |
| 3.2 数据分析 | 第50-51页 |
| 3.2.1 微卫星位点分析 | 第50页 |
| 3.2.2 遗传分化和遗传结构分析 | 第50-51页 |
| 3.2.3 种群瓶颈效应分析 | 第51页 |
| 3.3 结果和分析 | 第51-60页 |
| 3.3.1 微卫星数据质量评估 | 第51-53页 |
| 3.3.2 遗传多样性 | 第53-54页 |
| 3.3.3 遗传分化和遗传结构分析 | 第54-58页 |
| 3.3.4 瓶颈效应 | 第58-60页 |
| 3.4 讨论 | 第60-62页 |
| 3.4.1 相对较高的遗传多样性水平 | 第60页 |
| 3.4.2 遗传结构 | 第60-61页 |
| 3.4.3 种群衰退与瓶颈效应 | 第61-62页 |
| 第四章 栗斑腹鹀MHC II类B基因适应性进化研究 | 第62-93页 |
| 4.1 实验材料与方法 | 第62-64页 |
| 4.1.1 样本采集 | 第62-63页 |
| 4.1.2 实验试剂和仪器 | 第63页 |
| 4.1.3 基于内含子引物的MHCIIB基因exon 2 序列获得 | 第63页 |
| 4.1.4 基于外显子引物的MHCIIB基因exon 2 序列获得 | 第63-64页 |
| 4.2 数据分析 | 第64-66页 |
| 4.2.1 序列编辑与比对 | 第64页 |
| 4.2.2 遗传多态性分析 | 第64页 |
| 4.2.3 正选择和重组事件检测 | 第64-65页 |
| 4.2.4 跨物种多态性分析 | 第65-66页 |
| 4.2.5 系统发育及种群遗传结构分析 | 第66页 |
| 4.3 结果和分析 | 第66-87页 |
| 4.3.1 MHC II类B基因遗传多样性 | 第66-73页 |
| 4.3.2 选择和重组 | 第73-79页 |
| 4.3.3 跨物种多态性分析 | 第79-82页 |
| 4.3.4 系统发育分析 | 第82-84页 |
| 4.3.5 种群遗传分化和遗传结构 | 第84-87页 |
| 4.4 讨论 | 第87-93页 |
| 4.4.1 栗斑腹鹀种群MHC基因遗传多态性 | 第87-89页 |
| 4.4.2 跨物种多态性 | 第89页 |
| 4.4.3 正选择和重组对MHC基因进化的影响 | 第89-91页 |
| 4.4.4 种群遗传结构 | 第91页 |
| 4.4.5 基于中性和适应性遗传标记的种群遗传结构比较 | 第91-93页 |
| 第五章 栗斑腹鹀的保护暗示和结论 | 第93-97页 |
| 5.1 保护暗示 | 第93-94页 |
| 5.1.1 保护单元的划分 | 第93-94页 |
| 5.1.2 保护策略 | 第94页 |
| 5.2 结论与展望 | 第94-97页 |
| 5.2.1 结论 | 第94-96页 |
| 5.2.2 展望 | 第96-97页 |
| 参考文献 | 第97-116页 |
| 附录 | 第116-130页 |
| 附录1 实验试剂和仪器信息 | 第116-118页 |
| 附录2 线粒体控制区和细胞色素b基因变异位点分布 | 第118-119页 |
| 附录3 栗斑腹鹀线粒体控制区单倍型信息 | 第119-120页 |
| 附录4 栗斑腹鹀线粒体细胞色素b基因单倍型信息 | 第120-121页 |
| 附录5 栗斑腹鹀线粒体控制区和细胞色素b基因联合序列的单倍型信息 | 第121-123页 |
| 附录6 用于筛选的已报道的微卫星引物信息 | 第123-125页 |
| 附录7 栗斑腹鹀微卫星座位特征 | 第125-126页 |
| 附录8 基于线粒体控制区遗传标记的栗斑腹鹀种群错配分布图 | 第126-127页 |
| 附录9 基于线粒体细胞色素b基因遗传标记的栗斑腹鹀种群错配分布图 | 第127-128页 |
| 附录10 栗斑腹鹀 MHC 基因等位基因信息 | 第128-130页 |
| 后记 | 第130-132页 |
| 在学期间公开发表论文及著作情况 | 第132页 |
