| 摘要 | 第5-7页 |
| Abstract | 第7-9页 |
| 第一章 绪论 | 第15-40页 |
| 1.1 引言 | 第15页 |
| 1.2 蛋白质界面吸附的应用前景 | 第15-18页 |
| 1.2.1 蛋白质特异性吸附 | 第16-18页 |
| 1.2.1.1 生物医用材料 | 第16页 |
| 1.2.1.2 组织工程 | 第16页 |
| 1.2.1.3 酶的固定化 | 第16-17页 |
| 1.2.1.4 药物输送 | 第17页 |
| 1.2.1.5 蛋白质分离纯化 | 第17-18页 |
| 1.2.2 蛋白质非特异性吸附 | 第18页 |
| 1.3 蛋白质界面吸附的影响因素 | 第18-28页 |
| 1.3.1 蛋白质自身性质 | 第18-21页 |
| 1.3.1.1 带电性质 | 第19-20页 |
| 1.3.1.2 结构稳定性 | 第20页 |
| 1.3.1.3 其他因素 | 第20-21页 |
| 1.3.2 材料表面的性质 | 第21-25页 |
| 1.3.2.1 表面亲疏水性 | 第21-22页 |
| 1.3.2.2 表面带电性质 | 第22-23页 |
| 1.3.2.3 表面曲率 | 第23-24页 |
| 1.3.2.4 其他因素 | 第24-25页 |
| 1.3.3 溶液环境 | 第25-27页 |
| 1.3.3.1 离子强度 | 第25-26页 |
| 1.3.3.2 pH值 | 第26-27页 |
| 1.3.4 外界因素 | 第27-28页 |
| 1.3.4.1 温度 | 第27页 |
| 1.3.4.2 电场 | 第27-28页 |
| 1.4 蛋白质界面吸附的模拟方法 | 第28-37页 |
| 1.4.1 常规方法 | 第28-31页 |
| 1.4.1.1 分子动力学 | 第28-29页 |
| 1.4.1.2 蒙特卡罗方法 | 第29-30页 |
| 1.4.1.3 布朗动力学 | 第30-31页 |
| 1.4.2 增强取样技术 | 第31-37页 |
| 1.4.2.1 并行回火 | 第32-33页 |
| 1.4.2.2 模拟退火 | 第33-34页 |
| 1.4.2.3 伞形取样 | 第34-36页 |
| 1.4.2.4 准动力学 | 第36-37页 |
| 1.5 选题意义及研究内容 | 第37-40页 |
| 1.5.1 选题意义 | 第37-38页 |
| 1.5.2 研究内容和思路 | 第38-40页 |
| 第二章 细胞色素C在裸金表面吸附的分子模拟研究 | 第40-54页 |
| 2.1 引言 | 第40-42页 |
| 2.2 材料和方法 | 第42-45页 |
| 2.2.1 蛋白质和表面 | 第42-44页 |
| 2.2.1.1 细胞色素C | 第42-43页 |
| 2.2.1.2 Au(111)表面 | 第43-44页 |
| 2.2.1.3 COOH-SAM表面 | 第44页 |
| 2.2.2 PTMC模拟 | 第44页 |
| 2.2.3 MD模拟 | 第44-45页 |
| 2.2.4 取向表征 | 第45页 |
| 2.3 结果与讨论 | 第45-53页 |
| 2.3.1 吸附取向 | 第46-47页 |
| 2.3.1.1 PTMC模拟结果 | 第46页 |
| 2.3.1.2 MD模拟结果 | 第46-47页 |
| 2.3.2 相互作用能 | 第47-48页 |
| 2.3.3 结合位点 | 第48-50页 |
| 2.3.4 取向分布 | 第50-51页 |
| 2.3.5 蛋白质构象 | 第51-52页 |
| 2.3.6 电子转移受限机制 | 第52-53页 |
| 2.4 本章小结 | 第53-54页 |
| 第三章 表面化学组成和表面电荷密度对细胞色素C在不同自组装膜表面吸附的影响 | 第54-72页 |
| 3.1 引言 | 第54-56页 |
| 3.2 材料和方法 | 第56-59页 |
| 3.2.1 蛋白质和表面 | 第56-57页 |
| 3.2.1.1 细胞色素C | 第56-57页 |
| 3.2.1.2 SAMs表面 | 第57页 |
| 3.2.2 PTMC模拟 | 第57-58页 |
| 3.2.3 MD模拟 | 第58页 |
| 3.2.4 取向表征 | 第58-59页 |
| 3.3 结果与讨论 | 第59-70页 |
| 3.3.1 吸附取向 | 第59-63页 |
| 3.3.1.1 PTMC模拟结果 | 第59-60页 |
| 3.3.1.2 MD模拟结果 | 第60-63页 |
| 3.3.2 取向分布 | 第63-64页 |
| 3.3.3 相互作用能 | 第64页 |
| 3.3.4 结合位点 | 第64-66页 |
| 3.3.5 离子效应 | 第66-68页 |
| 3.3.6 蛋白质构象 | 第68-69页 |
| 3.3.7 有关电子转移性能的讨论 | 第69-70页 |
| 3.4 本章小结 | 第70-72页 |
| 第四章 阴离子类型和浓度对细胞色素C在带正电表面吸附的影响 | 第72-89页 |
| 4.1 引言 | 第72-74页 |
| 4.2 材料和方法 | 第74-77页 |
| 4.2.1 蛋白质和表面 | 第74-75页 |
| 4.2.1.1 细胞色素C | 第74页 |
| 4.2.1.2 NH_2-SAM表面 | 第74页 |
| 4.2.1.3 磷酸根离子 | 第74-75页 |
| 4.2.2 模拟细节 | 第75-77页 |
| 4.2.2.1 细胞色素C在水溶液中 | 第75-76页 |
| 4.2.2.2 NH_2-SAM在水溶液中 | 第76页 |
| 4.2.2.3 细胞色素C和NH_2-SAM在水溶液中 | 第76-77页 |
| 4.3 结果与讨论 | 第77-88页 |
| 4.3.1 磷酸根离子在Cyt-c周围的分布 | 第77-79页 |
| 4.3.2 阴离子在NH_2-SAM表面附近的分布 | 第79-81页 |
| 4.3.3 细胞色素C在NH_2-SAM表面上的吸附 | 第81-87页 |
| 4.3.3.1 吸附取向 | 第81-83页 |
| 4.3.3.2 结合位点 | 第83-85页 |
| 4.3.3.3 相互作用能 | 第85页 |
| 4.3.3.4 蛋白质构象 | 第85-87页 |
| 4.3.4 对实验上矛盾结果的解释 | 第87-88页 |
| 4.4 本章小结 | 第88-89页 |
| 第五章 电偶极和疏水偶极对疏水蛋白在不同自组装膜表面上吸附取向的调控 | 第89-109页 |
| 5.1 引言 | 第89-91页 |
| 5.2 材料和方法 | 第91-95页 |
| 5.2.1 疏水偶极 | 第91-92页 |
| 5.2.2 蛋白质和表面 | 第92-93页 |
| 5.2.2.1 疏水蛋白 | 第92页 |
| 5.2.2.2 SAMs表面 | 第92-93页 |
| 5.2.3 PTMC模拟 | 第93-94页 |
| 5.2.4 MD模拟 | 第94页 |
| 5.2.5 取向表征 | 第94-95页 |
| 5.3 结果与讨论 | 第95-108页 |
| 5.3.1 吸附取向 | 第95-97页 |
| 5.3.1.1 PTMC模拟结果 | 第95-96页 |
| 5.3.1.2 MD模拟结果 | 第96-97页 |
| 5.3.2 取向分布 | 第97-98页 |
| 5.3.3 相互作用能 | 第98-101页 |
| 5.3.4 结合位点 | 第101-103页 |
| 5.3.5 蛋白质构象 | 第103-106页 |
| 5.3.6 电偶极和疏水偶极的作用 | 第106页 |
| 5.3.7 界面水的作用 | 第106-108页 |
| 5.4 本章小结 | 第108-109页 |
| 结论 | 第109-111页 |
| 展望 | 第111-112页 |
| 参考文献 | 第112-133页 |
| 攻读博士学位期间取得的研究成果 | 第133-135页 |
| 致谢 | 第135-136页 |
| 附表 | 第136页 |
