| 摘要 | 第5-7页 |
| Abstract | 第7-9页 |
| 第1章 绪论 | 第18-28页 |
| 1.1 选题的背景与目的意义 | 第18-19页 |
| 1.2 桑树的概述 | 第19-20页 |
| 1.3 植物扦插生根机理研究进展 | 第20-24页 |
| 1.3.1 扦插生根的形态解剖学研究 | 第20-21页 |
| 1.3.2 扦插生根的生理学基础研究 | 第21-23页 |
| 1.3.3 扦插生根的分子机理研究 | 第23-24页 |
| 1.4 转录组测序技术及应用 | 第24-25页 |
| 1.5 蛋白质组学研究技术及应用 | 第25-26页 |
| 1.6 研究内容与技术路线 | 第26-28页 |
| 1.6.1 主要研究内容 | 第26-27页 |
| 1.6.2 研究技术路线 | 第27-28页 |
| 第2章 桑树硬枝扦插生根的生理生化特性研究 | 第28-42页 |
| 2.1 材料与方法 | 第28-33页 |
| 2.1.1 试验品种 | 第28页 |
| 2.1.2 加热育苗箱制作 | 第28页 |
| 2.1.3 试验材料 | 第28页 |
| 2.1.4 扦插方法 | 第28-29页 |
| 2.1.5 生根特性调查 | 第29页 |
| 2.1.6 生理指标测定 | 第29-33页 |
| 2.2 结果与分析 | 第33-40页 |
| 2.2.1 桑树硬枝扦插不同生根类型的生根特性 | 第33-34页 |
| 2.2.2 不同生根类型插穗生根过程中可溶性总糖含量的变化 | 第34-35页 |
| 2.2.3 不同生根类型插穗生根过程中可溶性蛋白含量的变化 | 第35-36页 |
| 2.2.4 不同生根类型插穗生根过程中吲哚乙酸氧化酶（IAAO）活性的变化 | 第36-37页 |
| 2.2.5 不同生根类型插穗生根过程中过氧化物酶（POD）活性的变化 | 第37-38页 |
| 2.2.6 不同生根类型插穗生根过程中多酚氧化酶（PPO）活性的变化 | 第38-39页 |
| 2.2.7 不同生根类型插穗生根过程中总酚含量的变化 | 第39-40页 |
| 2.3 讨论 | 第40-42页 |
| 第3章 桑树硬枝扦插皮部生根过程基部皮层的转录组分析 | 第42-60页 |
| 3.1 材料与方法 | 第42-48页 |
| 3.1.1 实验材料的准备 | 第42-43页 |
| 3.1.2 插穗皮层总RNA提取 | 第43-44页 |
| 3.1.3 RNA质量检测 | 第44页 |
| 3.1.4 测序文库的构建 | 第44-45页 |
| 3.1.5 文库质检及Solexa测序 | 第45页 |
| 3.1.6 测序数据的预处理 | 第45页 |
| 3.1.7 与参考基因组序列对比 | 第45页 |
| 3.1.8 基因表达分析 | 第45-46页 |
| 3.1.9 差异表达基因(DEGs)功能注释及分类 | 第46页 |
| 3.1.10 q RT-PCR验证 | 第46-48页 |
| 3.2 结果与分析 | 第48-58页 |
| 3.2.1 RNA质量检测结果 | 第48-49页 |
| 3.2.2 与参考基因组序列比对结果 | 第49-50页 |
| 3.2.3 基因覆盖度统计 | 第50-52页 |
| 3.2.4 基因差异表达分析(DEGs) | 第52页 |
| 3.2.5 GO功能注释与富集分析 | 第52-55页 |
| 3.2.6 KEGG代谢通路注释与富集分析 | 第55-57页 |
| 3.2.7 q RT-PCR验证结果 | 第57-58页 |
| 3.3 讨论 | 第58-60页 |
| 第4章 桑树硬枝扦插皮部生根过程基部皮层的蛋白质组分析 | 第60-76页 |
| 4.1 材料与方法 | 第60-63页 |
| 4.1.1 实验材料的准备 | 第60页 |
| 4.1.2 主要仪器与试剂 | 第60-61页 |
| 4.1.3 插穗基部皮层蛋白质的提取 | 第61页 |
| 4.1.4 蛋白质SDS-PAGE电泳 | 第61-62页 |
| 4.1.5 蛋白质酶解 | 第62页 |
| 4.1.6 i TRAQ标记 | 第62页 |
| 4.1.7 强阳离子交换（SCX）分离 | 第62页 |
| 4.1.8 LC-ESI-MS/MS分析 | 第62-63页 |
| 4.1.9 差异蛋白质的注释与功能分类 | 第63页 |
| 4.2 结果与分析 | 第63-74页 |
| 4.2.1 蛋白样品浓度和质量检测 | 第63-64页 |
| 4.2.2 蛋白质组鉴定结果 | 第64-66页 |
| 4.2.3 差异蛋白的筛选 | 第66-71页 |
| 4.2.4 差异蛋白的GO注释与富集分析 | 第71-73页 |
| 4.2.5 差异蛋白的KEGG Pathway注释与富集分析 | 第73-74页 |
| 4.3 讨论 | 第74-76页 |
| 第5章 桑树硬枝扦插生根过程相关功能基因的筛选及功能分析 | 第76-84页 |
| 5.1 材料和方法 | 第77-79页 |
| 5.1.1 实验材料的准备 | 第77页 |
| 5.1.2 总RNA的提取 | 第77页 |
| 5.1.3 基因组DNA的去除 | 第77页 |
| 5.1.4 第一链c DNA的合成 | 第77页 |
| 5.1.5 引物设计与合成 | 第77-78页 |
| 5.1.6 q RT-PCR检测 | 第78-79页 |
| 5.2 结果与分析 | 第79-82页 |
| 5.2.1 3个PPO基因和HSP83A基因在扦插生根过程中的表达变化 | 第79-80页 |
| 5.2.2 基因ILL5、GH3.1、SAUR2在扦插生根过程中的表达变化 | 第80-81页 |
| 5.2.3 基因Cacybp和ANT1在扦插生根过程中的表达变化 | 第81-82页 |
| 5.3 讨论 | 第82-84页 |
| 第6章 3个PPO基因的克隆及生物信息学分析 | 第84-96页 |
| 6.1 实验方法 | 第84-89页 |
| 6.1.1 引物设计 | 第84页 |
| 6.1.2 PCR扩增 | 第84-85页 |
| 6.1.3 目的片段回收 | 第85-86页 |
| 6.1.4 目的片段与p MD18-T载体连接 | 第86页 |
| 6.1.5 大肠杆菌感受态制备 | 第86-87页 |
| 6.1.6 质粒DNA转化及阳性克隆筛选 | 第87-88页 |
| 6.1.7 基因及其编码蛋白序列的生物信息学分析 | 第88-89页 |
| 6.2 结果与分析 | 第89-94页 |
| 6.2.1 Mm PPO基因的克隆结果分析 | 第89页 |
| 6.2.2 Mm PPO的序列特征分析 | 第89-90页 |
| 6.2.3 Mm PPO基因的进化树分析 | 第90-91页 |
| 6.2.4 Mm PPO3的蛋白三级结构分析 | 第91-94页 |
| 6.3 讨论 | 第94-96页 |
| 结论 | 第96-98页 |
| 参考文献 | 第98-106页 |
| 博士期间学术论文发表情况 | 第106-108页 |
| 致谢 | 第108-110页 |
| 大摘要 | 第110-116页 |
