| 摘要 | 第6-8页 |
| Abstract | 第8-10页 |
| 第一章 文献综述 | 第14-37页 |
| 1.1 植物各种內源小RNAs | 第15-18页 |
| 1.1.1 植物各种內源小RNAs的分类 | 第15-16页 |
| 1.1.2 miRNA的合成及作用机制 | 第16页 |
| 1.1.3 siRNA的分类 | 第16-18页 |
| 1.1.4 其它內源小RNAs | 第18页 |
| 1.2 miRNA的鉴定及功能验证 | 第18-21页 |
| 1.2.1 miRNA的鉴定方法 | 第18-20页 |
| 1.2.2 miRNA靶基因预测及实验验证 | 第20-21页 |
| 1.3 植物miRNA生物学功能研究进展 | 第21-32页 |
| 1.3.1 miRNA的时空表达特性 | 第21-24页 |
| 1.3.2 miRNA与进化 | 第24-25页 |
| 1.3.3 miRNA与其靶基因共同参与植物生物学过程 | 第25-26页 |
| 1.3.4 miRNA与植物逆境响应 | 第26-29页 |
| 1.3.5 miRNA与植物生长发育 | 第29-31页 |
| 1.3.6 miRNA相关研究的机遇与挑战 | 第31-32页 |
| 1.4 大麦研究进展 | 第32-35页 |
| 1.4.1 大麦是麦类作物研究的重要模式材料 | 第32页 |
| 1.4.2 野生大麦是作物遗传改良重要基因库 | 第32-33页 |
| 1.4.3 大麦基因组学研究进展 | 第33-34页 |
| 1.4.4 大麦miRNA研究进展 | 第34-35页 |
| 1.5 本研究的目的和意义 | 第35-37页 |
| 第二章 大麦盐胁迫相关miRNA的鉴定与功能分析 | 第37-57页 |
| 2.1 引言 | 第37页 |
| 2.2 材料与方法 | 第37-42页 |
| 2.2.1 样品制备 | 第37-38页 |
| 2.2.2 小RNA文库构建及测序 | 第38-39页 |
| 2.2.3 大麦保守性和novel miRNAs鉴定 | 第39-41页 |
| 2.2.4 大麦盐胁迫响应相关miRNAs鉴定 | 第41页 |
| 2.2.5 miRNA靶基因预测及mRNA降解组测序验证 | 第41页 |
| 2.2.6 miRNA及其靶基因qRT-PCR验证 | 第41-42页 |
| 2.3 结果与讨论 | 第42-56页 |
| 2.3.1 盐胁迫条件下大麦small RNAs高通量测序 | 第42-44页 |
| 2.3.2 大麦保守性和novel miRNAs鉴定 | 第44-47页 |
| 2.3.3 利用生物信息学和降解组测序鉴定miRNA靶基因 | 第47-49页 |
| 2.3.4 利用qRT-PCR验证miRNA及其对应靶基因的表达 | 第49-50页 |
| 2.3.5 大麦盐胁迫响应相关miRNA鉴定 | 第50页 |
| 2.3.6 大麦盐胁迫响应相关miRNAs靶基因功能富集分析 | 第50-51页 |
| 2.3.7 三个不同时间点(3h、8h和 27h)盐胁迫诱导miRNA比较分析 | 第51-54页 |
| 2.3.8 植物盐胁迫诱导miRNA比较分析 | 第54-56页 |
| 2.4 结论 | 第56-57页 |
| 第三章 利用高通量测序技术分析野生大麦miRNA及其调控靶基因 | 第57-67页 |
| 3.1 前言 | 第57-58页 |
| 3.2 材料与方法 | 第58-59页 |
| 3.2.1 样品制备 | 第58页 |
| 3.2.2 小RNA文库构建及测序 | 第58页 |
| 3.2.3 生物信息学分析 | 第58-59页 |
| 3.2.4 利用qRT-PCR进行miRNA验证 | 第59页 |
| 3.3 结果与讨论 | 第59-66页 |
| 3.3.1 野生大麦小RNA高通量测序 | 第59-62页 |
| 3.3.2 野生大麦已知miRNAs和novel miRNAs鉴定 | 第62-65页 |
| 3.3.3 野生大麦已知miRNAs靶基因鉴定 | 第65-66页 |
| 3.4 结论 | 第66-67页 |
| 第四章 整合mRNA和small RNA表达分析解析大麦籽粒发育 | 第67-94页 |
| 4.1 前言 | 第67-68页 |
| 4.2 材料与方法 | 第68-71页 |
| 4.2.1 样品准备和测序文库构建 | 第68-69页 |
| 4.2.2 RNA-seq数据处理和表达量分析 | 第69页 |
| 4.2.3 各个小RNA分类 | 第69-70页 |
| 4.2.4 差异表达基因和小RNAs鉴定 | 第70页 |
| 4.2.5 基因启动子区域motif检测和富集分析 | 第70页 |
| 4.2.6 GO和MapMan富集分析 | 第70页 |
| 4.2.7 qRT-PCR实验验证 | 第70-71页 |
| 4.3 结果 | 第71-87页 |
| 4.3.1 大麦籽粒发育主要阶段基因表达特性分析 | 第71-74页 |
| 4.3.2 大麦籽粒发育基因表达动态变化 | 第74-76页 |
| 4.3.3 差异表达转录因子功能分析 | 第76-79页 |
| 4.3.4 大麦籽粒发育过程中各种小RNA分布 | 第79-80页 |
| 4.3.5 miRNA特征分析及其潜在靶基因 | 第80-84页 |
| 4.3.6 siRNAs特征分析及其潜在生物学功能 | 第84-86页 |
| 4.3.7 大麦籽粒发育过程中siRNAs动态变化 | 第86-87页 |
| 4.4 讨论 | 第87-94页 |
| 4.4.1 整合mRNA和小RNA数据解析大麦籽粒发育潜在调控机理 | 第87-88页 |
| 4.4.2 大麦籽粒自身光合作用的生物学意义 | 第88-90页 |
| 4.4.3 ABA与糖信号互作网络介导籽粒发育阶段转换 | 第90-92页 |
| 4.4.4 大麦籽粒发育必需基因鉴定 | 第92-94页 |
| 第五章 全文结论 | 第94-96页 |
| 参考文献 | 第96-111页 |
| 附录 | 第111-130页 |
| 缩略词 | 第130-132页 |
| 致谢 | 第132-133页 |
| 作者简介 | 第133-134页 |
