| 英文缩写对照表 | 第14-16页 |
| 中文摘要 | 第16-19页 |
| ABSTRACT | 第19-22页 |
| 第1章 绪论 | 第23-30页 |
| §1.1 研究背景和意义 | 第23-24页 |
| §1.2 国内外研究现状 | 第24-27页 |
| §1.3 论文研究内容与组织结构 | 第27-30页 |
| 第2章 生物背景知识和相关方法 | 第30-44页 |
| §2.1 基因调控网络构建的相关方法 | 第30-36页 |
| 2.1.1 基因调控与基因调控网络 | 第30-31页 |
| 2.1.2 基因调控网络模型 | 第31-36页 |
| §2.2 蛋白质相互作用网络构建的相关方法 | 第36-43页 |
| 2.2.1 蛋白质相互作用 | 第36页 |
| 2.2.2 生物实验方法 | 第36-38页 |
| 2.2.3 基于计算的方法 | 第38-43页 |
| §2.3 本章小结 | 第43-44页 |
| 第3章 基于质量作用定律的微分方程模型 | 第44-56页 |
| §3.1 概述 | 第44页 |
| §3.2 质量作用定律 | 第44-45页 |
| §3.3 质量作用定律描述基因的调控与表达 | 第45-54页 |
| 3.3.1 组成型基因表达过程的动力学描述 | 第45-47页 |
| 3.3.2 受单基因调控的基因表达过程的动力学描述 | 第47-49页 |
| 3.3.3 受双基因调控的基因表达过程的动力学描述 | 第49-52页 |
| 3.3.4 受多基因调控的基因表达过程的动力学描述 | 第52-54页 |
| §3.4 基因调控网络的表示 | 第54-55页 |
| §3.5 本章小结 | 第55-56页 |
| 第4章 基于质量作用模型的基因调控网络反向工程的研究 | 第56-89页 |
| §4.1 概述 | 第56-57页 |
| §4.2 基于PBIL的网络结构构建算法 | 第57-62页 |
| 4.2.1 PBIL算法 | 第57-58页 |
| 4.2.2 改进的PBIL算法 | 第58-60页 |
| 4.2.3 PBIL算法推导网络结构的算法流程 | 第60-62页 |
| §4.3 基于TDE的模型参数优化算法 | 第62-70页 |
| 4.3.1 差分进化算法 | 第62-63页 |
| 4.3.2 TDE优化模型参数 | 第63-67页 |
| 4.3.3 优化模型参数的算法流程 | 第67-68页 |
| 4.3.4 四阶龙格库塔法求解微分方程 | 第68-70页 |
| §4.4 评价函数 | 第70-73页 |
| 4.4.1 适应值函数 | 第70-71页 |
| 4.4.2 评价指标 | 第71-73页 |
| §4.5 算法总流程 | 第73-75页 |
| §4.6 实验结果及分析 | 第75-88页 |
| 4.6.1 人工合成网络 | 第75-80页 |
| 4.6.2 酵母菌IRMA合成网络 | 第80-85页 |
| 4.6.3 大肠杆菌SOS DNA修复网络 | 第85-88页 |
| §4.7 本章小结 | 第88-89页 |
| 第5章 基于时间延迟模型的基因调控网络反向工程的研究 | 第89-111页 |
| §5.1 概述 | 第89-90页 |
| §5.2 基于时间延迟的质量作用模型 | 第90-92页 |
| 5.2.1 组成型基因表达 | 第90-91页 |
| 5.2.2 受控基因表达 | 第91-92页 |
| §5.3 基于TDMA模型的基因调控网络自动构建算法 | 第92-98页 |
| 5.3.1 基于MPI的并行PBIL算法 | 第93-96页 |
| 5.3.2 并行PBIL算法构建网络结构的流程 | 第96-97页 |
| 5.3.3 TDE算法优化时间延迟参数 | 第97-98页 |
| §5.4 实验结果及分析 | 第98-110页 |
| 5.4.1 协调-1型前馈环网络 | 第99-102页 |
| 5.4.2 非协调-1型前馈环网络 | 第102-105页 |
| 5.4.3 双扇网络 | 第105-108页 |
| 5.4.4 酵母菌IRMA合成网络 | 第108-110页 |
| §5.5 本章小结 | 第110-111页 |
| 第6章 基于集成概率神经网络的蛋白质相互作用预测研究 | 第111-130页 |
| §6.1 概述 | 第111-112页 |
| §6.2 基于概率神经网络的蛋白质相互作用预测算法 | 第112-120页 |
| 6.2.1 基于自协方差方法的蛋白质特征提取算法 | 第112-116页 |
| 6.2.2 概率神经网络 | 第116-118页 |
| 6.2.3 概率神经网络的集成 | 第118-120页 |
| §6.3 实验结果及分析 | 第120-129页 |
| 6.3.1 数据集 | 第120-122页 |
| 6.3.2 算法参数的确定 | 第122-125页 |
| 6.3.3 单个PNN性能测试 | 第125-127页 |
| 6.3.4 集成PNN性能测试 | 第127-129页 |
| §6.4 本章小结 | 第129-130页 |
| 第7章 总结与展望 | 第130-132页 |
| §7.1 本论文的总结 | 第130-131页 |
| §7.2 未来工作的展望 | 第131-132页 |
| 参考文献 | 第132-144页 |
| 致谢 | 第144-145页 |
| 攻读博士学位期间发表的论文和参与的项目 | 第145-146页 |
| 附件 | 第146-168页 |
