| 摘要 | 第6-7页 |
| abstract | 第7-8页 |
| 英文缩略表 | 第13-15页 |
| 第一章 引言 | 第15-32页 |
| 1.1 芳香族化合物概述 | 第15-18页 |
| 1.1.1 芳香族化合物的发展 | 第15-17页 |
| 1.1.2 芳香族化合物的危害 | 第17-18页 |
| 1.1.3 常见的芳香族化合物 | 第18页 |
| 1.2 芳香族化合物的微生物降解研究进展 | 第18-25页 |
| 1.2.1 氯代/硝基芳香烃 | 第19-21页 |
| 1.2.2 双酚类芳香族化合物 | 第21-22页 |
| 1.2.3 多环芳烃 | 第22-24页 |
| 1.2.4 联苯/多氯联苯 | 第24-25页 |
| 1.3 芳香族化合物降解过程中的共性问题 | 第25-26页 |
| 1.4 多能性芳香族化合物降解细菌 | 第26-27页 |
| 1.5 微生物基因组学研究 | 第27-31页 |
| 1.5.1 传统功能基因挖掘方法 | 第27-28页 |
| 1.5.2 微生物基因组学与生物信息学 | 第28-31页 |
| 1.6 研究目的与意义 | 第31-32页 |
| 第二章 芳香族污染物降解菌的分离与鉴定 | 第32-45页 |
| 2.1 实验材料 | 第32-35页 |
| 2.1.1 样品采集 | 第32-33页 |
| 2.1.2 主要试剂、菌株及质粒 | 第33页 |
| 2.1.3 主要仪器 | 第33-34页 |
| 2.1.4 培养基 | 第34页 |
| 2.1.5 溶液配制 | 第34-35页 |
| 2.2 实验方法 | 第35-40页 |
| 2.2.1 检测方法与标准曲线的建立 | 第35页 |
| 2.2.2 DEHP与PNP降解菌的富集、驯化与分离 | 第35-37页 |
| 2.2.3 降解菌株的鉴定 | 第37-39页 |
| 2.2.4 数据的统计与分析 | 第39-40页 |
| 2.3 结果与分析 | 第40-43页 |
| 2.3.1 检测方法与标准曲线的建立 | 第40-41页 |
| 2.3.2 降解菌的分离与筛选 | 第41页 |
| 2.3.3 降解菌生长曲线及生物量的测定 | 第41页 |
| 2.3.4 降解菌的鉴定 | 第41-42页 |
| 2.3.5 菌株YC-RL1的Biolog鉴定 | 第42-43页 |
| 2.3.6 菌株YC-RL1的 16S rDNA分析 | 第43页 |
| 2.4 讨论 | 第43-45页 |
| 第三章 菌株YC-RL1的降解特性与代谢途径分析 | 第45-60页 |
| 3.1 实验材料 | 第45页 |
| 3.1.1 实验试剂与仪器 | 第45页 |
| 3.1.2 培养基与溶液配制 | 第45页 |
| 3.2 实验方法 | 第45-49页 |
| 3.2.1 单因素法确定不同环境条件对降解过程的影响 | 第45-46页 |
| 3.2.2 菌株YC-RL1降解PNP的条件优化 | 第46-47页 |
| 3.2.3 菌株YC-RL1的底物谱分析 | 第47页 |
| 3.2.4 菌株YC-RL1对PNP的代谢中间产物检测与代谢途径分析 | 第47-48页 |
| 3.2.5 菌株YC-RL1的应用潜能探索 | 第48页 |
| 3.2.6 菌株YC-RL1的趋化性研究 | 第48-49页 |
| 3.3 结果与分析 | 第49-58页 |
| 3.3.1 不同环境因素对降解的影响 | 第49-51页 |
| 3.3.2 菌株YC-RL1降解PNP的条件优化 | 第51-53页 |
| 3.3.3 菌株YC-RL1的底物谱分析 | 第53-54页 |
| 3.3.4 菌株YC-RL1对PNP的代谢中间产物检测与代谢途径分析 | 第54-55页 |
| 3.3.5 菌株YC-RL1的应用潜能探索 | 第55-57页 |
| 3.3.6 菌株YC-RL1的趋化性研究 | 第57-58页 |
| 3.4 讨论 | 第58-60页 |
| 第四章 菌株YC-RL1基因组测序及分析 | 第60-78页 |
| 4.1 实验材料 | 第60页 |
| 4.1.1 测序菌株 | 第60页 |
| 4.1.2 实验仪器与试剂 | 第60页 |
| 4.2 实验方法 | 第60-63页 |
| 4.2.1 细菌基因组DNA提取 | 第60-61页 |
| 4.2.2 测序流程 | 第61-62页 |
| 4.2.3 生物信息分析流程 | 第62-63页 |
| 4.3 结果与分析 | 第63-76页 |
| 4.3.1 菌株Arthrobacter sp. YC-RL1基因组DNA的提取 | 第63-64页 |
| 4.3.2 质控、组装及基因预测 | 第64-65页 |
| 4.3.3 基因功能注释 | 第65-71页 |
| 4.3.4 菌株YC-RL1基因组注释中降解相关特性分析 | 第71-76页 |
| 4.4 讨论 | 第76-78页 |
| 第五章 菌株YC-RL1的比较基因组学分析 | 第78-84页 |
| 5.1 实验材料 | 第78页 |
| 5.1.1 测序菌株 | 第78页 |
| 5.1.2 实验仪器与试剂 | 第78页 |
| 5.2 实验方法 | 第78-79页 |
| 5.2.1 比较基因组学分析 | 第78页 |
| 5.2.2 本地BLAST | 第78页 |
| 5.2.3 其他分析工具 | 第78-79页 |
| 5.3 结果与分析 | 第79-83页 |
| 5.3.1 基于RAST平台的比较基因组学分析 | 第79-80页 |
| 5.3.2 芳香族化合物降解基因簇 | 第80-83页 |
| 5.4 讨论 | 第83-84页 |
| 第六章 联苯降解基因簇的分析 | 第84-102页 |
| 6.1 材料与方法 | 第84-85页 |
| 6.1.1 菌株与质粒 | 第84页 |
| 6.1.2 实验仪器 | 第84-85页 |
| 6.1.3 药品与试剂 | 第85页 |
| 6.2 实验方法 | 第85-88页 |
| 6.2.1 菌株YC-RL1对联苯降解途径及相关基因簇分析 | 第85页 |
| 6.2.2 目标基因的克隆、表达及蛋白纯化 | 第85-87页 |
| 6.2.3 对 2,3-二羟基联苯双加氧酶功能验证 | 第87页 |
| 6.2.4 HOPDA的回收 | 第87页 |
| 6.2.5 BphD功能验证及酶学特征分析 | 第87-88页 |
| 6.2.6 BphD的生物信息学初步分析 | 第88页 |
| 6.3 结果与分析 | 第88-101页 |
| 6.3.1 菌株对联苯的代谢途径及相关基因簇分析 | 第88-92页 |
| 6.3.2 克隆获得bphC和bphD基因 | 第92页 |
| 6.3.3 构建得到pET-bphC和pET-bphD | 第92-93页 |
| 6.3.4 蛋白表达纯化 | 第93-94页 |
| 6.3.5 BphC的功能验证 | 第94-95页 |
| 6.3.6 BphD的功能验证 | 第95-96页 |
| 6.3.7 BphD的酶学特征分析 | 第96-98页 |
| 6.3.8 BphD的生物信息学初步分析 | 第98-101页 |
| 6.4 讨论 | 第101-102页 |
| 第七章 全文总结 | 第102-104页 |
| 7.1 实验结果 | 第102-103页 |
| 7.2 创新点 | 第103页 |
| 7.3 研究展望 | 第103-104页 |
| 参考文献 | 第104-114页 |
| 附录 | 第114-122页 |
| 致谢 | 第122-123页 |
| 作者简历 | 第123-124页 |
