| 摘要 | 第5-6页 |
| ABSTRACT | 第6-7页 |
| 第1章 绪论 | 第10-18页 |
| 1.1 课题背景与意义 | 第10-13页 |
| 1.2 国内外研究现状 | 第13-15页 |
| 1.3 论文结构及主要内容 | 第15-18页 |
| 第2章 生物学意义及开发平台 | 第18-26页 |
| 2.1 可视化工具的生物学意义 | 第18-20页 |
| 2.1.1 蛋白质二维结构图概述 | 第18页 |
| 2.1.2 蛋白质功能位点 | 第18-19页 |
| 2.1.3 蛋白质结构域 | 第19页 |
| 2.1.4 多序列比对与保守性分析 | 第19-20页 |
| 2.2 开发环境及工具介绍 | 第20-23页 |
| 2.2.1 R语言简介 | 第20-21页 |
| 2.2.2 R语言的特点 | 第21-23页 |
| 2.3 本设计应用模块 | 第23-24页 |
| 2.3.1 XML模块 | 第23页 |
| 2.3.2 plyr模块 | 第23-24页 |
| 2.3.3 plotrix模块 | 第24页 |
| 2.3.4 seqinr模块 | 第24页 |
| 2.4 本章小结 | 第24-26页 |
| 第3章 一种绘制蛋白质二维结构图的自动布线方法 | 第26-34页 |
| 3.1 功能元件名称重叠问题 | 第28页 |
| 3.2 蛋白质数据处理 | 第28页 |
| 3.3 判断功能元件名称是否重叠 | 第28-29页 |
| 3.4 功能元件横坐标位置的确定 | 第29-30页 |
| 3.5 名称标注线的确定 | 第30-33页 |
| 3.6 本章小结 | 第33-34页 |
| 第4章 蛋白质序列可视化工具的设计与开发 | 第34-70页 |
| 4.1 总体设计方案 | 第34-37页 |
| 4.2 下载蛋白质数据 | 第37-44页 |
| 4.2.1 生成蛋白质数据的网址 | 第40页 |
| 4.2.2 下载蛋白质序列长度数据 | 第40-41页 |
| 4.2.3 下载蛋白质结构域数据 | 第41-43页 |
| 4.2.4 下载蛋白质位点数据 | 第43-44页 |
| 4.3 蛋白质主体图设计方案 | 第44-46页 |
| 4.4 结构域图的设计方案 | 第46-49页 |
| 4.4.1 结构域横向间隔的确定方法 | 第47-48页 |
| 4.4.2 结构域标注线长度的确定方法 | 第48页 |
| 4.4.3 绘制结构域及名称 | 第48-49页 |
| 4.5 功能位点图的设计方案 | 第49-51页 |
| 4.6 突变点图设计方案 | 第51-57页 |
| 4.6.1 突变点横向间隔的确定方法 | 第54页 |
| 4.6.2 突变点的纵向成串排列 | 第54-55页 |
| 4.6.3 绘制突变点 | 第55-57页 |
| 4.7 保守性分析 | 第57-60页 |
| 4.8 局部放大功能 | 第60-62页 |
| 4.9 系统输出 | 第62页 |
| 4.10 软件在Windows和Ubuntu环境中兼容 | 第62-64页 |
| 4.11 软件打包 | 第64-68页 |
| 4.12 本章小结 | 第68-70页 |
| 第5章 总结与展望 | 第70-72页 |
| 参考文献 | 第72-76页 |
| 致谢 | 第76-77页 |
| 作者简介 | 第77页 |