应用DNA复合条形码技术研究秦岭北坡水生动物多样性
| 摘要 | 第3-5页 |
| Abstract | 第5-7页 |
| 第1章 前言 | 第11-25页 |
| 1.1 秦岭概况 | 第11页 |
| 1.2 水生动物概述 | 第11-13页 |
| 1.2.1 水生生物研究发展简史 | 第11-12页 |
| 1.2.2 水生动物组成 | 第12页 |
| 1.2.3 水生动物现状 | 第12-13页 |
| 1.3 DNA条形码技术 | 第13-15页 |
| 1.3.1 DNA条形码概述 | 第13-14页 |
| 1.3.2 DNA条形码技术的原理和条形码选择 | 第14页 |
| 1.3.3 DNA条形码的操作流程和应用 | 第14-15页 |
| 1.4 DNA复合条形码技术 | 第15-24页 |
| 1.4.1 DNA复合条形码技术概述 | 第15-17页 |
| 1.4.2 DNA复合条形码的研究流程 | 第17-20页 |
| 1.4.3 DNA复合条形码的应用 | 第20-24页 |
| 1.5 研究目的和意义 | 第24-25页 |
| 第2章 研究方法 | 第25-41页 |
| 2.1 样本采集和处理 | 第25-26页 |
| 2.2 总DNA的提取和PCR扩增 | 第26-27页 |
| 2.3 原始数据处理 | 第27-36页 |
| 2.3.1 原始数据 | 第28页 |
| 2.3.2 主要软件及数据库 | 第28-29页 |
| 2.3.3 序列质量的初步控制 | 第29页 |
| 2.3.4 双末端序列的拼接 | 第29-30页 |
| 2.3.5 对齐序列方向为5'-3'和格式转换 | 第30-31页 |
| 2.3.6 序列按样本区分和进一步的质量控制 | 第31-33页 |
| 2.3.7 OTU聚类 | 第33-34页 |
| 2.3.8 OTU分类学注释 | 第34-35页 |
| 2.3.9 生成各分类水平列表 | 第35-36页 |
| 2.4 生态学分析 | 第36-41页 |
| 2.4.1 生产种水平的稀释曲线 | 第36页 |
| 2.4.2 绘制Venn图 | 第36页 |
| 2.4.3 群落结构分析 | 第36-37页 |
| 2.4.4 构建系统发育树 | 第37-38页 |
| 2.4.5 α多样性分析 | 第38页 |
| 2.4.6 β多样性分析 | 第38页 |
| 2.4.7 PCoA分析 | 第38-39页 |
| 2.4.8 聚类分析 | 第39-41页 |
| 第3章 实验结果 | 第41-63页 |
| 3.1 总DNA质量检测结果 | 第41-42页 |
| 3.1.1 琼脂糖凝胶电泳结果 | 第41页 |
| 3.1.2 超微量核酸分析仪检测结果 | 第41-42页 |
| 3.2 18S rRNA基因分析结果 | 第42-49页 |
| 3.2.1 PCR扩增结果 | 第42页 |
| 3.2.2 原始序列数据分析结果 | 第42-43页 |
| 3.2.3 稀释曲线结果 | 第43-44页 |
| 3.2.4 各样本物种组成 | 第44-45页 |
| 3.2.5 群落结构分析结果 | 第45-46页 |
| 3.2.6 α多样性分析结果 | 第46-47页 |
| 3.2.7 PCoA分析结果 | 第47-48页 |
| 3.2.8 聚类分析结果 | 第48-49页 |
| 3.3 COⅠ基因分析结果 | 第49-57页 |
| 3.3.1 PCR扩增结果 | 第49-50页 |
| 3.3.2 原始序列数据分析结果 | 第50-51页 |
| 3.3.3 稀释曲线结果 | 第51页 |
| 3.3.4 各样本物种组成 | 第51-52页 |
| 3.3.5 群落结构分析结果 | 第52-53页 |
| 3.3.6 α多样性分析结果 | 第53-54页 |
| 3.3.7 PCoA分析结果 | 第54页 |
| 3.3.8 聚类分析结果 | 第54-57页 |
| 3.4 联合分析结果 | 第57-63页 |
| 3.4.1 总的物种组成情况 | 第57页 |
| 3.4.2 稀释曲线 | 第57-58页 |
| 3.4.3 群落组成结果 | 第58-59页 |
| 3.4.4 α多样性分析结果 | 第59页 |
| 3.4.5 PCoA分析结果 | 第59-60页 |
| 3.4.6 聚类分析结果 | 第60-63页 |
| 第4章 分析与讨论 | 第63-69页 |
| 4.1 环境因素与水生动物的多样性 | 第63-64页 |
| 4.2 条形码标记选择对结果影响 | 第64-65页 |
| 4.3 参考数据库问题 | 第65-66页 |
| 4.4 聚类阈值和定量问题 | 第66-69页 |
| 参考文献 | 第69-77页 |
| 附录 | 第77-105页 |
| 致谢 | 第105-107页 |
| 攻读硕士学位期间的研究成果 | 第107页 |
