| 摘要 | 第1-7页 |
| Abstract | 第7-9页 |
| 第一章 绪论 | 第9-18页 |
| ·生物信息学概述 | 第9-10页 |
| ·生物学背景知识 | 第10-12页 |
| ·转录因子结合位点预测方法的研究现状 | 第12-16页 |
| ·研究目的和意义 | 第12-13页 |
| ·研究方法 | 第13-15页 |
| ·现有算法的不足和问题 | 第15-16页 |
| ·本文的主要工作与安排 | 第16-18页 |
| 第二章 转录因子结合位点表示方法 | 第18-23页 |
| ·共有序列 | 第18-19页 |
| ·序列标识 | 第19-20页 |
| ·位置权重矩阵 | 第20-21页 |
| ·总结 | 第21-23页 |
| 第三章 蛋白质-DNA结构模型综述 | 第23-40页 |
| ·引言 | 第23-25页 |
| ·蛋白质-DNA结构模型介绍 | 第25-31页 |
| ·化学键配对结构模型 | 第25-27页 |
| ·原子配对自由能结构模型 | 第27-29页 |
| ·DNA分子形变自由能结构模型 | 第29-31页 |
| ·结构模型对传统序列比对预测算法的改进 | 第31-33页 |
| ·模型比较 | 第33-36页 |
| ·蛋白质研究对象适用性 | 第34-35页 |
| ·DNA随机序列集合的搜索计算复杂性 | 第35-36页 |
| ·结构模型未来发展方向 | 第36-38页 |
| ·模型的集成方法 | 第36页 |
| ·DNA随机序列搜索算法优化 | 第36-38页 |
| ·更广泛的结构特征应用 | 第38页 |
| ·总结与展望 | 第38-40页 |
| 第四章 基于蛋白质-DNA结构模型的转录因子结合位点预测算法 | 第40-63页 |
| ·引言 | 第40-42页 |
| ·方法 | 第42-47页 |
| ·氢键自由能 | 第42-43页 |
| ·DNA分子形变自由能 | 第43-44页 |
| ·构建氢键配对特征和DNA形变特征位置权重矩阵 | 第44-46页 |
| ·基于原子聚类模型的位置权重矩阵 | 第46页 |
| ·转录因子结合位点位置权重矩阵 | 第46-47页 |
| ·实验 | 第47-61页 |
| ·平均权重参数下算法性能比较 | 第48-52页 |
| ·权重参数优化问题 | 第52-53页 |
| ·计算最优权重参数 | 第53页 |
| ·回文特点转录因子的权重参数优化 | 第53-57页 |
| ·HTH家族转录因子的权重参数优化 | 第57-60页 |
| ·实验结果总结 | 第60-61页 |
| ·总结与展望 | 第61-63页 |
| 第五章 结束语 | 第63-65页 |
| ·论文的主要成果 | 第63页 |
| ·问题与展望 | 第63-65页 |
| 参考文献 | 第65-74页 |
| 硕士期间发表论文 | 第74-75页 |
| 致谢 | 第75-76页 |