| 摘要 | 第1-5页 |
| ABSTRACT | 第5-10页 |
| 1 序论 | 第10-30页 |
| ·逆基因 | 第10-11页 |
| ·逆转座与逆基因 | 第10-11页 |
| ·逆基因的功能化 | 第11页 |
| ·基因中内含子的产生机制 | 第11-26页 |
| ·内含子 | 第11-12页 |
| ·内含子的分类 | 第12页 |
| ·内含子的起源和生物学功能 | 第12-14页 |
| ·内含子的丢失和获得及其机制 | 第14-22页 |
| ·内含子的获得和丢失在真核生物间存在差异 | 第22-23页 |
| ·内含子丢失的选择优势 | 第23-24页 |
| ·复杂基因组中内含子的获得和保持 | 第24-25页 |
| ·内含子利用率在不同的基因间存在差异 | 第25-26页 |
| ·内含子在生命之树上的古老进化历史 | 第26页 |
| ·研究背景和研究目的 | 第26-28页 |
| ·研究背景 | 第26-27页 |
| ·研究目的和意义 | 第27页 |
| ·主要研究内容 | 第27-28页 |
| ·技术路线 | 第28-30页 |
| 2 实验材料与方法 | 第30-38页 |
| ·获得内含子的逆基因的搜寻 | 第30页 |
| ·寻找转录证据确认逆基因结构 | 第30页 |
| ·Ka 和 Ks 的计算 | 第30-31页 |
| ·部分逆基因及其母基因的 RNA 水平的表达证据 | 第31-36页 |
| ·分析的工具软件 | 第31页 |
| ·主要试剂和耗材 | 第31页 |
| ·主要溶液及其配制 | 第31-32页 |
| ·主要仪器设备 | 第32页 |
| ·引物的设计 | 第32-33页 |
| ·人类不同组织样本 RNA 的提取和 cDNA 模板的制备 | 第33-34页 |
| ·PCR 反应体系 | 第34-35页 |
| ·PCR 产物回收 | 第35页 |
| ·克隆及测序 | 第35-36页 |
| ·获得内含子的逆基因的蛋白表达证据 | 第36页 |
| ·内含子化逆基因的年龄估算 | 第36页 |
| ·剪接位点的探测方法 | 第36-38页 |
| 3 结果与分析 | 第38-60页 |
| ·搜寻获得新内含子的逆基因 | 第38页 |
| ·获得新内含子的逆基因的鉴定 | 第38-45页 |
| ·逆基因获得新内含子的机制 | 第45-50页 |
| ·逆基因通过外源片段插入获得内含子 | 第46页 |
| ·逆基因通过转录方向的改变获得内含子 | 第46-47页 |
| ·逆基因通过外显子内含子化获得内含子 | 第47-50页 |
| ·逆基因通过潜在的剪接位点发生内含子化 | 第50-54页 |
| ·非框架漂移在内含子化逆基因的进化中有很高的成功率 | 第54页 |
| ·内含子化更易发生在年轻的逆基因中 | 第54-57页 |
| ·获得内含子的逆基因的进化速率 | 第57-60页 |
| 4 讨论 | 第60-64页 |
| ·人类基因组中的逆基因数目 | 第60页 |
| ·逆基因的研究有助于理解内含子获得机制 | 第60-62页 |
| ·获得内含子有助于逆基因功能化 | 第62-64页 |
| 5 结论与展望 | 第64-66页 |
| 致谢 | 第66-68页 |
| 参考文献 | 第68-78页 |
| 附录 | 第78-112页 |
| A 作者在攻读博士学位期间发表的论文 | 第78页 |
| B 作者在攻读博士学位期间参加的研究课题 | 第78-79页 |
| C 部分逆基因的转录证据 | 第79-83页 |
| D 逆基因内含子部分对应的母基因的转录注释 | 第83-93页 |
| E 获得内含子的逆基因与其对应母基因蛋白质序列的比对结果 | 第93-101页 |
| F 获得内含子的逆基因与其对应母基因核苷酸序列的比对结果 | 第101-109页 |
| G.逆基因 XXyac-R12DG2.2, CSMD3 和 WBP2NL 在人类基因组中位置 | 第109-111页 |
| H 逆基因在不同人类群体中的遗传变异 | 第111-112页 |
