| 摘要 | 第1-9页 |
| ABSTRACT | 第9-17页 |
| 第一章 文献与综述 | 第17-49页 |
| ·微生物基因组学 | 第17-22页 |
| ·微生物基因组学及其测序技术的发展 | 第17-20页 |
| ·微生物基因组特点及其面临的研究挑战 | 第20-22页 |
| ·微生物药物产生菌的功能基因组学 | 第22-41页 |
| ·青霉素及其产生菌的功能基因组学 | 第23-29页 |
| ·红霉素及其产生菌的功能基因组学 | 第29-32页 |
| ·链霉素及其产生菌的功能基因组学 | 第32-34页 |
| ·阿维菌素及其产生菌的功能基因组学 | 第34-37页 |
| ·克拉维酸及其产生菌的功能基因组学 | 第37-39页 |
| ·我国微生物药物产生菌基因组学的研究现状 | 第39-40页 |
| ·展望 | 第40-41页 |
| ·井冈霉素及其产生菌的研究进展 | 第41-48页 |
| ·井冈霉素及其作用机制 | 第41-42页 |
| ·井冈霉素及其产生菌的发现发展历程及其研究概况 | 第42-44页 |
| ·井冈霉素生物合成与发酵工程的研究进展 | 第44-48页 |
| ·本研究的内容和意义 | 第48-49页 |
| ·研究内容 | 第48页 |
| ·研究意义 | 第48-49页 |
| 第二章 材料与方法 | 第49-70页 |
| ·菌株与质粒 | 第49-51页 |
| ·培养基与试剂 | 第51-53页 |
| ·实验方法 | 第53-57页 |
| ·缺口填补的计算机方法 | 第57页 |
| ·缺口填补的实验方法 | 第57-62页 |
| ·基因组注释及其生物信息学分析 | 第62-65页 |
| ·DNA 芯片实验与数据分析 | 第65-70页 |
| 第三章 吸水链霉菌井冈变种 5008 基因组完整图谱的构建与解析 | 第70-99页 |
| ·引言 | 第70-71页 |
| ·结果与分析 | 第71-98页 |
| ·5008 大规模 DNA 测序、拼接与基因组完整图谱的构建 | 第71-75页 |
| ·5008 全基因组的基本特征 | 第75-79页 |
| ·5008 基因组的末端端粒系统 | 第79-83页 |
| ·5008 与其它链霉菌全基因组的比较分析 | 第83-89页 |
| ·5008 基因组中次生代谢合成基因簇的功能预测与分析 | 第89-91页 |
| ·前体参与井冈霉素产生的代谢网络重建 | 第91-98页 |
| ·中心碳代谢提供初级代谢前体合成井冈霉素 | 第91-94页 |
| ·井冈霉素结构中氮元素的来源 | 第94-95页 |
| ·复杂多样的转运、水解和调控系统 | 第95-98页 |
| ·小结与讨论 | 第98-99页 |
| 第四章 井冈霉素生物合成温度调控的转录组研究 | 第99-112页 |
| ·引言 | 第99-100页 |
| ·结果与分析 | 第100-111页 |
| ·芯片设计及其数据质量验证 | 第100-102页 |
| ·高温 37℃发酵条件下差异表达基因的筛选与功能分析 | 第102-104页 |
| ·高温 37℃发酵对菌株 5008 次级代谢的影响 | 第104-105页 |
| ·高温 37℃发酵对菌株 5008 初级代谢的影响 | 第105-108页 |
| ·一个 SARP 家族转录调控基因参与井冈霉素的温度调节 | 第108-111页 |
| ·小结与讨论 | 第111-112页 |
| 第五章 基于比较组学的井冈霉素高产机制解析 | 第112-147页 |
| ·引言 | 第112-113页 |
| ·结果与分析 | 第113-145页 |
| ·井冈霉素工业菌株 TL01 大规模 DNA 测序、拼接与完整图的构建 | 第113-114页 |
| ·比较基因组发现在 TL01 中存在三个大片段缺失和少量遗传突变 | 第114-120页 |
| ·三个大片段缺失区域对井冈霉素高产起着关键贡献 | 第120-122页 |
| ·少量遗传突变对井冈霉素高产的影响 | 第122-131页 |
| ·突变位于井冈霉素结构基因的间隔区域 | 第122-125页 |
| ·突变影响转录因子和全局性调控 | 第125-130页 |
| ·突变影响菌体初级代谢关键酶的表达与活性 | 第130-131页 |
| ·井冈霉素高产的转录组研究 | 第131-145页 |
| ·芯片相关的实验设计 | 第132-134页 |
| ·差异表达基因的筛选与功能分类 | 第134-138页 |
| ·差异表达基因应答于菌种改良 | 第138-141页 |
| ·差异表达基因应答于培养基优化 | 第141-145页 |
| ·小结与讨论 | 第145-147页 |
| 第六章 组学分析基础上的井冈霉素工业菌株的正向工程改造 | 第147-156页 |
| ·引言 | 第147-148页 |
| ·结果与分析 | 第148-154页 |
| ·染色体 1.2Mb 大片段区域的缺失对井冈霉素及其产生菌的影响 | 第148-152页 |
| ·线型质粒的消除可提高井冈霉素的产量 | 第152-154页 |
| ·小结与讨论 | 第154-156页 |
| 第七章 总结与展望 | 第156-160页 |
| ·工作总结 | 第156-159页 |
| ·5008 基因组解析及其井冈霉素温度调节的转录组研究的总结 | 第156-158页 |
| ·组学水平的井冈霉素高产的反向与正向工程的总结 | 第158-159页 |
| ·研究展望 | 第159-160页 |
| 参考文献 | 第160-171页 |
| 附录 | 第171-173页 |
| 致谢 | 第173-175页 |
| 攻读博士期间发表的学术论文目录 | 第175-176页 |
