| 摘要 | 第1-5页 |
| Abstract | 第5-7页 |
| 第一章 生物信息学及其发展 | 第7-16页 |
| ·生物信息学简介 | 第7-8页 |
| ·生物信息学定义 | 第8-9页 |
| ·基本的生物知识 | 第9-12页 |
| ·遗传学发展简介 | 第9页 |
| ·DNA | 第9-10页 |
| ·基因 | 第10-11页 |
| ·中心法则 | 第11页 |
| ·遗传密码 | 第11-12页 |
| ·基因测序 | 第12页 |
| ·基因芯片和基因微阵列 | 第12-16页 |
| ·比较基因组学 | 第12-14页 |
| ·基因芯片 | 第14-16页 |
| 第二章 Rhodococcus jostii RHA1及其DNA序列 | 第16-19页 |
| ·红球菌简介 | 第16-17页 |
| ·Rhodococcus jostii RHA1及其基因序列 | 第17-19页 |
| ·Rhodococcus jostii红球菌简介 | 第17页 |
| ·Rhodococcus jostii红球菌的基因组 | 第17-19页 |
| 第三章 原核生物全基因组的顺式调控结合位点的预测算法 | 第19-44页 |
| ·全基因组顺式调控因子结合位点的从新预测方法 | 第19-22页 |
| ·研究材料和方法 | 第22-28页 |
| ·顺式调控模体的预测 | 第28-31页 |
| ·实验结果 | 第31-44页 |
| ·操纵子的预测准确性基于顺式调控模体的进化足迹的约束 | 第31页 |
| ·模体发现工具输出结果的优化和组合 | 第31-34页 |
| ·算法相似性度量的表现 | 第34-35页 |
| ·算法对于参考基因组和参数的选择 | 第35-37页 |
| ·算法的灵敏度和特异性 | 第37-42页 |
| ·算法的鲁棒性 | 第42-44页 |
| 第四章 GLECLUBS算法在Jostii红球菌全基因组上的应用 | 第44-47页 |
| ·参考基因组的选择 | 第44-45页 |
| ·操纵子的预测以及跨操纵区间上游基因的截取 | 第45页 |
| ·Rhodococcus jostii RHA1顺式模体的预测 | 第45-47页 |
| 第五章 算法的讨论 | 第47-51页 |
| ·算法的预测准确率和鲁棒性 | 第47-48页 |
| ·与其他算法的比较 | 第48页 |
| ·全基因组顺式调控结合位点算法的瓶颈 | 第48-49页 |
| ·目前基因组注释工作的启示 | 第49-51页 |
| 参考文献 | 第51-56页 |
| 致谢 | 第56页 |
