| 摘要 | 第1-3页 |
| Abstract | 第3-5页 |
| 目录 | 第5-8页 |
| 第一章 绪言 | 第8-11页 |
| 第一节 生物计算的历史、现状及发展 | 第8-9页 |
| 第二节 本文的意义 | 第9-11页 |
| 第二章 生物计算机的基本概念和方法 | 第11-35页 |
| 第一节 DNA分子及其操作 | 第11-13页 |
| 第二节 生物分子大规模并行性 | 第13-14页 |
| 2．2．1 DNA分子的量级 | 第13-14页 |
| 2．2．2 错误计算分子的降解与正确计算分子的合成 | 第14页 |
| 第三节 模拟计算的生化反应 | 第14-20页 |
| 2．3．1 退火与溶解反应 | 第15页 |
| 2．3．2 核酸酶和酶切反应 | 第15-17页 |
| 2．3．2．1 限制性核酸内切酶 | 第15-17页 |
| 2．3．2．2 同裂酶 | 第17页 |
| 2．3．2．3 同尾酶 | 第17页 |
| 2．3．2．4 核酸外切酶 | 第17页 |
| 2．3．3 连接酶和连接反应 | 第17-18页 |
| 2．3．4 聚合酶和聚合反应 | 第18-20页 |
| 2．3．4．1 DNA聚合酶 | 第18-19页 |
| 2．3．4．2 RNA聚合酶 | 第19-20页 |
| 2．3．4．3 RNA反转录酶 | 第20页 |
| 第四节 NP问题的生物计算解决方法 | 第20-25页 |
| 2．4．1 NP问题 | 第20-21页 |
| 2．4．2 哈密尔顿回路问题 | 第21-23页 |
| 2．4．3 可满足性问题 | 第23-25页 |
| 第五节 模拟通用计算机的生物计算机 | 第25-35页 |
| 2．5．1 通用计算机 | 第25-26页 |
| 2．5．2 Turing机的模拟 | 第26-29页 |
| 2．5．3 生物计算机模拟有限自动机的实验验证 | 第29-31页 |
| 2．5．4 基于生物分子反应特性的理论计算机模型 | 第31-35页 |
| 2．5．4．1 Splicing Systems和DNA分子重组现象 | 第31-32页 |
| 2．5．4．2 Insertion／Deletion Systems和酶切连接机制 | 第32-33页 |
| 2．5．4．3 DNA-EC模型和DNA分子操作集合 | 第33-35页 |
| 第三章 生物自动性和体内计算概念 | 第35-38页 |
| 第一节 生物自动性 | 第35-36页 |
| 3．1．1 退火溶解自动性 | 第35-36页 |
| 3．1．2 酶切连接自动性 | 第36页 |
| 第二节 体外计算机和体内计算机 | 第36-38页 |
| 3．2．1 体外计算机和DNA计算机 | 第36-37页 |
| 3．2．2 体内计算机和细胞计算机 | 第37-38页 |
| 第四章 计算工具酶的基因工程 | 第38-43页 |
| 第一节 计算工具酶的基因克隆 | 第38-40页 |
| 4．1．1 中心法则 | 第38-39页 |
| 4．1．2 基因 | 第39页 |
| 4．1．3 克隆 | 第39-40页 |
| 第二节 基因的表达载体结构 | 第40-43页 |
| 4．2．1 启动子 | 第40页 |
| 4．2．2 转录终止子 | 第40-41页 |
| 4．2．3 转译起始序列 | 第41页 |
| 4．2．4 转译增强子 | 第41页 |
| 4．2．5 转译终止子 | 第41-43页 |
| 第五章 细菌，质粒和噬菌体——计算的体内环境 | 第43-50页 |
| 第一节 细菌 | 第43-44页 |
| 第二节 质粒 | 第44-45页 |
| 第三节 噬菌体 | 第45-50页 |
| 第六章 “细菌—噬菌体”联合生物计算机 | 第50-65页 |
| 第一节 菌毒计算机的基本原理 | 第50页 |
| 第二节 菌毒计算机基于的理论计算机模型 | 第50-52页 |
| 第三节 菌毒计算机的硬件架构 | 第52-59页 |
| 6．3．1 细菌——计算的场所和计算工具酶的表达载体 | 第52-55页 |
| 6．3．2 质粒——插入规则集 | 第55-57页 |
| 6．3．3 噬菌体——字符带载体和计算启动基因 | 第57-59页 |
| 第四节 菌毒计算机的计算流程 | 第59-64页 |
| 6．4．1 感染初期阶段——噬菌体DNA进入细菌 | 第59页 |
| 6．4．2 早期共同转录阶段——计算启动基因的转录 | 第59-60页 |
| 6．4．3 早期抑制转录阶段——细菌染色体降解 | 第60-61页 |
| 6．4．4 噬菌体DNA复制阶段——模拟计算的酶切连接操作 | 第61-62页 |
| 6．4．5 晚期转录阶段——新生的噬菌体颗粒 | 第62-64页 |
| 6．4．6 溶菌阶段——计算后的噬菌体释放 | 第64页 |
| 第五节 菌毒计算机的计算衔接 | 第64-65页 |
| 第七章 总结和展望 | 第65-67页 |
| 参考文献 | 第67-69页 |
