| 摘要 | 第1-11页 |
| ABSTRACT | 第11-14页 |
| 一 文献综述 | 第14-34页 |
| ·猪基因组研究进展 | 第14-15页 |
| ·动物基因功能的研究方法 | 第15-19页 |
| ·基于mRNA水平的基因表达研究方法 | 第15-16页 |
| ·测序技术与基因表达的研究 | 第15-16页 |
| ·PCR技术与基因表达的研究 | 第16页 |
| ·大规模杂交技术与基因表达的研究 | 第16页 |
| ·生物信息学与基因功能探讨 | 第16-17页 |
| ·基于突变体基础上的基因功能研究 | 第17-18页 |
| ·基于蛋白质水平上的基因功能研究 | 第18-19页 |
| ·利用cDNA宏阵列分析技术发现差异表达基因或EST | 第19-22页 |
| ·cDNA阵列技术(cDNA Array)的发展 | 第19页 |
| ·cDNA阵列分析技术的原理与基本过程 | 第19-21页 |
| ·cDNA阵列技术原理 | 第19-20页 |
| ·cDNA Macroarray的一般实验过程 | 第20页 |
| ·大规模基因表达数据信息的分析方法 | 第20-21页 |
| ·cDNA阵列技术在肌肉研究中的应用 | 第21-22页 |
| ·骨骼肌生长发育的研究现状 | 第22-26页 |
| ·骨骼肌生长发育基本过程 | 第22-23页 |
| ·影响骨骼肌肌形成和发育的调控因子 | 第23-26页 |
| ·肌发生过程中特异的bHLH(basic helix-loop-helix)转录因子 | 第23-24页 |
| ·成肌增强因子 | 第24-25页 |
| ·其它影响肌肉生长发育的因子 | 第25-26页 |
| ·猪肌肉发育过程中差异表达基因鉴定的研究进展 | 第26页 |
| ·猪肌肉品质特征及其形成原理 | 第26-30页 |
| ·肌肉组成及活体代谢 | 第26-27页 |
| ·屠宰后肌肉代谢变化 | 第27-28页 |
| ·肉质特征的形成原理 | 第28-30页 |
| ·猪生长等产肉性状相关基因研究现状 | 第30-34页 |
| ·与生长和胴体性状相关的候选基因 | 第30-31页 |
| ·与肉质性状相关的候选基因 | 第31-34页 |
| 二 研究目的和意义 | 第34-35页 |
| 三 材料与方法 | 第35-58页 |
| ·材料 | 第35-41页 |
| ·样品 | 第35-36页 |
| ·眼肌等组织样品 | 第35页 |
| ·用于cDNA宏阵列技术(cDNA macroarray)的cDNA探针 | 第35页 |
| ·用于基因染色体定位的DNA样品 | 第35-36页 |
| ·猪基因组DNA样本 | 第36页 |
| ·菌株和质粒 | 第36-37页 |
| ·主要试剂来源与配制 | 第37-40页 |
| ·主要试剂与来源 | 第37-38页 |
| ·主要试剂的配制 | 第38-40页 |
| ·主要仪器设备 | 第40页 |
| ·主要分子生物学软件 | 第40-41页 |
| ·方法 | 第41-58页 |
| ·总RNA的提取、DNase-Ⅰ处理和检测 | 第41页 |
| ·cDNA Macroarray试验设计 | 第41页 |
| ·cDNA点阵膜的制备和cDNA点阵杂交 | 第41-48页 |
| ·探针的制备和纯化 | 第41页 |
| ·探针的制备和纯化 | 第41-42页 |
| ·探针标记效率的检测 | 第42页 |
| ·cDNA宏阵列分析杂交洗膜过程 | 第42页 |
| ·杂交信号的收集、量化、标准化 | 第42-43页 |
| ·差异表达基因的统计分析 | 第43-48页 |
| ·尼龙膜上探针的洗脱 | 第48页 |
| ·差异表达基因或EST信息检索 | 第48-49页 |
| ·RACE (Rapid amplification of cDNA end) | 第49页 |
| ·RACE过程 | 第49页 |
| ·PCR产物的纯化、克隆 | 第49-50页 |
| ·从低熔点琼脂糖凝胶中回收纯化PCR产物 | 第49-50页 |
| ·扩增产物与质粒载体的连接 | 第50页 |
| ·DH5a感受态细胞的制备和连接产物转化DH5a | 第50页 |
| ·克隆后重组质粒的酶切鉴定 | 第50页 |
| ·三个基因物理定位的SCHP和RH法 | 第50-52页 |
| ·引物设计 | 第51页 |
| ·PCR扩增及其分型方法 | 第51-52页 |
| ·SCHP区域定位和ImpRH物理定位的数据分析方法 | 第52页 |
| ·基因的组织表达谱分析 | 第52-53页 |
| ·基因的单核苷酸多态检测和性状关联分析 | 第53-54页 |
| ·cDNA文库的构建 | 第54-58页 |
| ·样品总RNA抽提 | 第54页 |
| ·mRNA的纯化 | 第54页 |
| ·cDNA合成、酶切及分级分离 | 第54-56页 |
| ·将cDNA与pBluescript ⅡSK载体相连与重组质粒的转化 | 第56-58页 |
| 四 结果 | 第58-104页 |
| ·总RNA的甲醛变性胶电泳检测结果 | 第58页 |
| ·杜洛克胎儿骨骼肌发育的5个时期基因表达的检测结果 | 第58-59页 |
| ·cDNA Macroarray稳定性的分析结果 | 第59-61页 |
| ·猪中EST差异表达的分析结果 | 第61-62页 |
| ·差异表达EST对应的基因信息分析 | 第62-65页 |
| ·上述差异表达基因在intel-net网上检索的结果 | 第65-66页 |
| ·基因表达谱的聚类分析结果 | 第66-71页 |
| ·ESTm165的cDNA序列分析 | 第71-74页 |
| ·ESTm63的cDNA序列分析 | 第74-76页 |
| ·ESTm218的cDNA序列分析 | 第76-77页 |
| ·个基因的物理定位结果 | 第77-85页 |
| ·利用SCHP的染色体区域定位结果 | 第78-82页 |
| ·caveolin-3(m165)基因的染色体区域定位结果 | 第78-79页 |
| ·EST m 218的染色体区域定位结果 | 第79-80页 |
| ·CGI-146基因(m63)的染色体区域定位结果 | 第80-82页 |
| ·利用IMpRH的染色体精细定位结果 | 第82-84页 |
| ·M63和M165在人和猪染色体上的比较定位 | 第84-85页 |
| ·猪caveolin-3基因的时空组织表达谱分析结果 | 第85-88页 |
| ·猪m218基因的时空组织表达谱分析结果 | 第88-92页 |
| ·猪m63(CGI-146)基因的时空组织表达谱分析结果 | 第92-93页 |
| ·M63外显子一个片断的遗传变异分析 | 第93-95页 |
| ·M218外显子一个片断的遗传变异分析 | 第95-97页 |
| ·M218的性状关联分析 | 第97-100页 |
| ·文库构建的相关结果 | 第100-104页 |
| ·RNA质量检测结果 | 第100-102页 |
| ·LD-PCR扩增结果 | 第102页 |
| ·酶切处理与分级分离结果 | 第102-103页 |
| ·重组率、库容量和cDNA完整性的估计 | 第103-104页 |
| 五 讨论 | 第104-117页 |
| ·试验猪胎儿发育阶段的选择 | 第104页 |
| ·应用cDNA Macroarray技术进行研究的可行性分析 | 第104-105页 |
| ·关于本实验cDNA Macroarray分析技术的部分问题 | 第105-106页 |
| ·关于cDNA Macroarray的实验设计 | 第105页 |
| ·RNA的质量 | 第105页 |
| ·探针合成，杂交和洗膜过程对结果的影响 | 第105-106页 |
| ·cDNA Macroarray的数据处理分析 | 第106-107页 |
| ·用于差异表达基因分析的混合线性模型 | 第106页 |
| ·杂交信号的标准化(Normalization) | 第106-107页 |
| ·检验统计量的选择 | 第107页 |
| ·关于统计分析结果 | 第107页 |
| ·两品种聚类分析结果的比较 | 第107-108页 |
| ·差异表达基因的分类和表达规律的初步探讨 | 第108-110页 |
| ·核糖体组成因子表达规律的探讨 | 第110-111页 |
| ·关于引物设计问题 | 第111-113页 |
| ·关于RACE的注意事项 | 第113页 |
| ·关于用RT-PCR进行比较定量分析可行性的讨论 | 第113页 |
| ·关于在外显子区域寻找SNP位点的问题 | 第113-114页 |
| ·关于差异表达标准的探讨 | 第114页 |
| ·关于猪基因caveolin-3(m165) | 第114页 |
| ·关于猪CGI-146基因(m63) | 第114-115页 |
| ·关于猪EST m218 | 第115页 |
| ·关于等位基因频率在猪群间的分布差异问题 | 第115-116页 |
| ·关于cDNA文库 | 第116-117页 |
| 六 小结 | 第117-120页 |
| ·已经获得的结果 | 第117-118页 |
| ·本研究的创新点 | 第118页 |
| ·由本研究结果提出的研究问题 | 第118-119页 |
| ·本研究的不足之处 | 第119-120页 |
| 七 关于目前数量性状本质的理论假设 | 第120-122页 |
| 参考文献 | 第122-137页 |
| 附录1 缩略词表 | 第137-139页 |
| 附录2 试验方法 | 第139-150页 |
| 附录3 分析阵列数据的相关程序 | 第150-156页 |
| 附录4 附表与附图 | 第156-163页 |
| 致谢 | 第163-164页 |
