| 第一章 绪论 | 第1-34页 |
| §1．1 引言 | 第12-13页 |
| §1．2 蛋白质结构预测的意义 | 第13-15页 |
| §1．3 蛋白质结构预测的若干基础知识 | 第15-18页 |
| §1．3．1 蛋白质的结构层次 | 第15-17页 |
| §1．3．2 维持蛋白质结构的主要作用力 | 第17-18页 |
| §1．4 蛋白质结构预测模型、方法及研究进展 | 第18-31页 |
| §1．4．1 同源建模方法（Homologous Modeling） | 第19-21页 |
| §1．4．2 折叠识别方法（Folds Recognition） | 第21-23页 |
| §1．4．3 从头预测方法（Ab initio prediction） | 第23-30页 |
| §1．4．3 蛋白质结构预测方法发展趋势 | 第30-31页 |
| §1．5 蛋白质序列与蛋白质结构数据库 | 第31-32页 |
| §1．6 本文主要研究内容 | 第32-34页 |
| 第二章 蛋白质结构预测的优化模型 | 第34-42页 |
| §2．1 概述 | 第34-35页 |
| §2．2 联合残基力场模型 | 第35-36页 |
| §2．3 蛋白质结构预测优化模型 | 第36-41页 |
| §2．3．1 优化模型一 | 第36-37页 |
| §2．3．2 优化模型二 | 第37-39页 |
| §2．3．3 优化模型三 | 第39-40页 |
| §2．3．4 更一般的优化模型 | 第40-41页 |
| 本章小结 | 第41-42页 |
| 第三章 连续函数模拟退火算法的改进及其在蛋白质结构预测中的应用 | 第42-53页 |
| §3．1 模拟退火算法 | 第42-44页 |
| §3．2 一种改进的连续函数模拟退火算法 | 第44-46页 |
| §3．3 数值试验及分析 | 第46-47页 |
| §3．4 蛋白质结构预测应用实例 | 第47-49页 |
| §3．4．1 实例一 脑啡肽 | 第47-48页 |
| §3．4．2 实例二 牛胰岛素 | 第48-49页 |
| §3．5 模拟退火算法的收敛性分析 | 第49-52页 |
| 本章小结 | 第52-53页 |
| 第四章 蛋白质结构类预测 | 第53-69页 |
| §4．1 蛋白质结构分类与氨基酸组成 | 第53-56页 |
| §4．2 蛋白质结构类预测方法 | 第56-59页 |
| §4．2．1 现有主要预测方法 | 第56-57页 |
| §4．2．2 预测方法的评价 | 第57-59页 |
| §4．3 完全信息集和FDOD方程 | 第59-61页 |
| §4．4 子序列分布空间和FDOD函数的应用 | 第61-62页 |
| §4．5 数据集 | 第62-63页 |
| §4．6 预测结果及分析 | 第63-68页 |
| §4．6．1 数据集T359的验证 | 第63-64页 |
| §4．6．2 数据集T30—1401的验证 | 第64-67页 |
| §4．6．3 结论 | 第67-68页 |
| 本章小结 | 第68-69页 |
| 第五章 蛋白质亚细胞定位预测 | 第69-77页 |
| §5．1 蛋白质亚细胞定位预测方法 | 第69-71页 |
| §5．2 FDOD函数在蛋白质亚细胞定位预测中的应用 | 第71-74页 |
| §5．2．1 真核生物中蛋白质的亚细胞定位预测 | 第72-73页 |
| §5．2．2 原核生物蛋白质的亚细胞定位预测 | 第73-74页 |
| §5．3 讨论 | 第74-76页 |
| 本章小结 | 第76-77页 |
| 第六章 氨基酸序列的特征描述 | 第77-85页 |
| §6．1 单纯基于氨基酸序列的描述方法 | 第77-79页 |
| §6．1．1 氨基酸组成（AAC） | 第78页 |
| §6．1．2 n阶耦联组成（n-order coupled composition） | 第78-79页 |
| §6．1．3 完全信息集（Complete Information Set） | 第79页 |
| §6．2 考虑氨基酸性质的描述方法 | 第79-82页 |
| §6．2．1 自相关方程 | 第79-80页 |
| §6．2．2 疏水模式组成（Hydrophobic Pattern,HP） | 第80页 |
| §6．2．3 伪氨基酸组成 | 第80-81页 |
| §6．2．4 Zp曲线和Zp参数 | 第81-82页 |
| §6．3 蛋白质结构类预测中序列描述方法的比较 | 第82-83页 |
| §6．4 蛋白质亚细胞定位预测中序列描述方法的比较 | 第83-84页 |
| 本章小结 | 第84-85页 |
| 第七章 总结与展望 | 第85-87页 |
| 参考文献 | 第87-97页 |
| 附录一 T359蛋白质结构类预测数据集PDB代码 | 第97-99页 |
| 附录二 数据集T30-1401 PDB代码 | 第99-107页 |
| 附录三 各类蛋白质氨基酸组成统计平均 | 第107-110页 |
| 附录四 作者攻读博士学位期间完成的学术论文 | 第110页 |
| 附录五 作者攻读博士学位期间参加的科研项目 | 第110-111页 |
| 致谢 | 第111-112页 |
