| 摘要 | 第7-9页 |
| ABSTRACT | 第9-10页 |
| 第一部分 文献综述 | 第12-26页 |
| 1. 植物对非生物环境胁迫响应机理的研究进展 | 第12-16页 |
| 1.1 非生物胁迫对植物的影响 | 第12-13页 |
| 1.2 植物响应非生物胁迫的分子机理 | 第13-16页 |
| 2 植物逆境转录组学研究进展 | 第16-17页 |
| 2.1 概念 | 第16页 |
| 2.2 转录组高通量测序 | 第16-17页 |
| 2.3 转录组学和植物抗逆性 | 第17页 |
| 3 植物逆境胁迫响应的表观遗传学分子机制研究进展 | 第17-23页 |
| 3.1 DNA甲基化 | 第18-20页 |
| 3.2 组蛋白修饰 | 第20-22页 |
| 3.2.1 组蛋白修饰与植物耐逆性 | 第20-21页 |
| 3.2.2 组蛋白修饰酶基因与植物抗逆性 | 第21-22页 |
| 3.3 逆境胁迫对组蛋白修饰的影响 | 第22-23页 |
| 4 本研究的意义 | 第23-24页 |
| 5 技术路线图 | 第24-26页 |
| 第二部分 研究报告 | 第26-64页 |
| 一、材料和方法 | 第26-35页 |
| 1 植物材料 | 第26页 |
| 2 方法 | 第26-35页 |
| 2.1 幼苗培养及处理 | 第26-27页 |
| 2.1.1 幼苗培养 | 第26-27页 |
| 2.1.2 盐处理 | 第27页 |
| 2.2 mRNA-seq | 第27-29页 |
| 2.2.1 RNA提取 | 第27-28页 |
| 2.2.2 RNA纯度及完整度鉴定 | 第28-29页 |
| 2.2.3 cDNA文库构建与测序 | 第29页 |
| 2.3 组蛋白修饰ChIP-seq | 第29-32页 |
| 2.4 RNA-seq数据分析 | 第32页 |
| 2.4.1 数据质控和转录组比对 | 第32页 |
| 2.4.2 基因表达水平分析 | 第32页 |
| 2.5 差异基因qPCR验证 | 第32-34页 |
| 2.5.1 RNA逆转录成cDNA | 第32-33页 |
| 2.5.2 qPCR实验 | 第33-34页 |
| 2.6 ChIP-seq数据分析 | 第34-35页 |
| 2.6.1 数据质控与全基因组比对 | 第34页 |
| 2.6.2 各修饰在基因组上的peak分布 | 第34页 |
| 2.6.3 各组蛋白修饰reads分布密度 | 第34页 |
| 2.6.4 染色体状态分类以及各类状态的变化情况 | 第34-35页 |
| 二、结果与分析 | 第35-62页 |
| 1 盐处理表型观察 | 第35-36页 |
| 2 基于Illumina平台的RNA测序及数据评估 | 第36-44页 |
| 2.1 RNA-seq数据质量评估 | 第36-38页 |
| 2.2 叶和根处理前后的差异表达基因 | 第38-42页 |
| 2.2.1 叶和根处理前后基因差异表达情况 | 第38-41页 |
| 2.2.2 差异基因的GO聚类 | 第41-42页 |
| 2.3 RNA-seq结果的qRT-PCR验证 | 第42-44页 |
| 3 组蛋白ChIP-seq数据分析 | 第44-57页 |
| 3.1 ChIP-seq数据质量检查 | 第44-46页 |
| 3.2 各组蛋白修饰peak在全基因组分布情况 | 第46-50页 |
| 3.3 组蛋白修饰的reads分布情况 | 第50-54页 |
| 3.4 染色体状态分析 | 第54-57页 |
| 3.5 叶片中各组蛋白修饰在处理前后染色体差异区间分析 | 第57页 |
| 4 组织间差异表达基因比较分析 | 第57-62页 |
| 4.1 叶中的差异基因 | 第57-58页 |
| 4.2 根中的差异基因 | 第58-59页 |
| 4.3 叶和根处理前后差异基因间的比较分析 | 第59-60页 |
| 4.4 耐盐和盐敏感群体筛选耐盐标记情况 | 第60-62页 |
| 三 讨论 | 第62-64页 |
| 1 盐胁迫对基因表达影响研究 | 第62页 |
| 2 盐胁迫对组蛋白修饰的动态变化影响 | 第62-63页 |
| 3 组蛋白修饰参与基因的调控情况 | 第63-64页 |
| 全文结论 | 第64-66页 |
| 创新点及不足之处 | 第66-68页 |
| 参考文献 | 第68-76页 |
| 附录 | 第76-86页 |
| 致谢 | 第86页 |