| 摘要 | 第7-9页 |
| Abstract | 第9-11页 |
| 缩略词表(Abbreviations) | 第12-13页 |
| 第一章 前言 | 第13-24页 |
| 1.酸橙（Citrus aurantium L.）在柑橘属中的分类地位、起源及其进化 | 第13-16页 |
| 1.1 酸橙在柑橘属中的分类地位 | 第13-14页 |
| 1.2 酸橙起源与进化 | 第14-16页 |
| 2.酸橙栽培历史以及栽培现状 | 第16-17页 |
| 3.酸橙的生物学特性和主要研究方向 | 第17-19页 |
| 3.1 酸橙的植物学特性 | 第17-18页 |
| 3.2 酸橙作为砧木的抗逆性 | 第18页 |
| 3.3 酸橙次生代谢物研究和药理功能 | 第18-19页 |
| 4.植物遗传多样性研究的技术手段在柑橘上的应用 | 第19-21页 |
| 5.植物群体基因组学及在柑橘属植物上的应用 | 第21-23页 |
| 6.课题的目的和意义 | 第23-24页 |
| 第二章 酸橙资源的发掘与遗传多样性分析 | 第24-61页 |
| 1.引言 | 第24-25页 |
| 2.材料和方法 | 第25-32页 |
| 2.1 酸橙资源收集 | 第25-26页 |
| 2.2 实验方法 | 第26页 |
| 2.2.1 酸橙材料的收集 | 第26页 |
| 2.3 资源保存 | 第26-27页 |
| 2.3.1 种子处理 | 第26-27页 |
| 2.3.2 枝条嫁接 | 第27页 |
| 2.4 CTAB大量法提取柑橘叶片DNA | 第27页 |
| 2.5 PCR反应 | 第27页 |
| 2.6 电泳银染 | 第27-28页 |
| 2.6.1 试剂药品准备 | 第27-28页 |
| 2.6.2 尿素变性的聚丙烯酰胺凝胶电泳 | 第28页 |
| 2.7 本研究中基因组数据分析流程及主要参数 | 第28-30页 |
| 2.7.1 重测序数据处理质控及SNP质量控制 | 第29页 |
| 2.7.2 遗传结构分析 | 第29-30页 |
| 2.7.3 主成分分析 | 第30页 |
| 2.7.4 聚类树分析 | 第30页 |
| 2.8 遗传多样性分析及相关标准 | 第30页 |
| 2.9 酸橙叶片表型性状分析 | 第30-32页 |
| 3.结果与分析 | 第32-54页 |
| 3.1 酸橙资源发掘概述 | 第32-39页 |
| 3.2 叶片表型变异与数量分类研究 | 第39-44页 |
| 3.2.1 叶片表型方差分析 | 第39-41页 |
| 3.2.2 叶片表型性状的主成分分析 | 第41页 |
| 3.2.3 叶片表型性状的聚类分析 | 第41-44页 |
| 3.3 基于全基因组重测序的遗传多样性分析 | 第44-54页 |
| 3.3.1 代表性酸橙材料的筛选 | 第44页 |
| 3.3.2 DNA样品质量检验 | 第44-45页 |
| 3.3.3 测序数据质量控制与评价 | 第45-48页 |
| 3.3.4 酸橙群体的遗传结构分析 | 第48-50页 |
| 3.3.5 酸橙群体的主成分分析 | 第50-51页 |
| 3.3.6 酸橙群体的遗传多样性分析 | 第51-52页 |
| 3.3.7 33份代表性酸橙种质资源NJ聚类分析 | 第52-54页 |
| 4 讨论 | 第54-60页 |
| 4.1 酸橙遗传多样性分析 | 第54-56页 |
| 4.2 我国酸橙的地理分布和传播 | 第56-59页 |
| 4.3 中国酸橙种质资源的进一步评价和利用 | 第59-60页 |
| 5.总结与展望 | 第60-61页 |
| 参考文献 | 第61-68页 |
| 附录 | 第68-85页 |
| 致谢 | 第85页 |