| 摘要 | 第6-8页 |
| Abstract | 第8-9页 |
| 缩略词表 | 第10-11页 |
| 第一章 前言 | 第11-24页 |
| 1.1 地衣芽孢杆菌的背景介绍 | 第11页 |
| 1.2 转录因子AbrB的背景介绍 | 第11-12页 |
| 1.3 杆菌肽的生物合成 | 第12页 |
| 1.4 测序技术的发展现状 | 第12-21页 |
| 1.4.1 第一代测序技术 | 第13-14页 |
| 1.4.2 第二代测序技术 | 第14-15页 |
| 1.4.3 第三代测序技术 | 第15-16页 |
| 1.4.4 DNA测序的应用 | 第16-19页 |
| 1.4.5 微生物基因组测序概况 | 第19-21页 |
| 1.5 地衣芽孢杆菌基因组研究进展 | 第21-22页 |
| 1.6 本研究的目的与意义 | 第22-24页 |
| 第二章 地衣芽孢杆菌DW2基因组测序与分析 | 第24-34页 |
| 2.1 材料与方法 | 第24-26页 |
| 2.1.1 基因组测序和组装 | 第24页 |
| 2.1.2 基因预测和功能注释 | 第24-25页 |
| 2.1.3 甲基化分析 | 第25页 |
| 2.1.4 比较基因组分析 | 第25-26页 |
| 2.2 结果与分析 | 第26-32页 |
| 2.2.1 地衣芽孢杆菌DW2基因组的基本特征 | 第26-27页 |
| 2.2.2 地衣芽孢杆菌DW2的比较基因组学分析 | 第27-30页 |
| 2.2.3 地衣芽孢杆菌DW2的甲基化特征 | 第30-32页 |
| 2.3 讨论 | 第32-34页 |
| 第三章 地衣芽孢杆菌DW2转录组测序与分析 | 第34-47页 |
| 3.1 材料与方法 | 第34-36页 |
| 3.1.1 RNA的提取 | 第34页 |
| 3.1.2 RNA文库构建及链特异性测序 | 第34-35页 |
| 3.1.3 地衣芽孢杆菌DW2在不同条件下的转录表达分析 | 第35页 |
| 3.1.4 差异表达基因的检测 | 第35页 |
| 3.1.5 KEGG代谢通路富集 | 第35-36页 |
| 3.2 结果与分析 | 第36-46页 |
| 3.2.1 转录组测序数据分析 | 第36-39页 |
| 3.2.2 差异表达基因的鉴定 | 第39-40页 |
| 3.2.3 差异表达基因的COG分类与KEGG富集分析 | 第40-42页 |
| 3.2.4 杆菌肽合成基因簇分析 | 第42-46页 |
| 3.3 讨论 | 第46-47页 |
| 第四章 展望 | 第47-48页 |
| 参考文献 | 第48-55页 |
| 致谢 | 第55-56页 |
| 攻读学位期间已发表论文 | 第56页 |