| 摘要 | 第5-6页 |
| ABSTRACT | 第6-7页 |
| 第一章 绪论 | 第10-14页 |
| 1.1 生物信息学 | 第10页 |
| 1.2 原核生物 σ54启动子预测研究现状 | 第10-12页 |
| 1.3 论文主要内容 | 第12-14页 |
| 第二章 材料与方法 | 第14-23页 |
| 2.1 启动子数据集构建 | 第14-15页 |
| 2.1.1 基础数据集的构建 | 第14页 |
| 2.1.2 分类数据集的优化 | 第14-15页 |
| 2.2 特征提取 | 第15-18页 |
| 2.2.1 核苷酸频率 | 第15-16页 |
| 2.2.2 伪核苷酸组分 | 第16-18页 |
| 2.3 特征筛选 | 第18-20页 |
| 2.3.1 F-score | 第19页 |
| 2.3.2 二项式分布 | 第19-20页 |
| 2.4 分类算法 | 第20-21页 |
| 2.4.1 支持向量机简介 | 第20页 |
| 2.4.2 LibSVM简介 | 第20-21页 |
| 2.5 评估指标 | 第21-23页 |
| 2.5.1 敏感性、特异性、总体精度、相关系数 | 第21-22页 |
| 2.5.2 ROC曲线 | 第22-23页 |
| 第三章 结果与讨论 | 第23-33页 |
| 3.1 分类结果 | 第23-25页 |
| 3.1.1 交叉验证 | 第23-24页 |
| 3.1.2 参数优化 | 第24-25页 |
| 3.2 特征优化与分析 | 第25-28页 |
| 3.2.1 特征优化 | 第25-26页 |
| 3.2.2 特征分析 | 第26-28页 |
| 3.3 预测结果讨论 | 第28-30页 |
| 3.3.1 独立数据集预测结 | 第28-29页 |
| 3.3.2 基因上游序列预测结果 | 第29-30页 |
| 3.4 在线服务简介 | 第30-33页 |
| 第四章 转录起始位点与翻译起始位点距离分布 | 第33-35页 |
| 4.1 距离分布统计 | 第33页 |
| 4.2 距离分布分析 | 第33-35页 |
| 第五章 原核生物 σ54启动子数据库Pro54DB | 第35-39页 |
| 5.1 数据库背景 | 第35页 |
| 5.2 数据来源 | 第35页 |
| 5.3 数据库的使用 | 第35-36页 |
| 5.4 数据库应用实例 | 第36-38页 |
| 5.5 数据库后续工作展望 | 第38-39页 |
| 第六章 总结与展望 | 第39-41页 |
| 6.1 本文工作总结 | 第39-40页 |
| 6.2 未来工作展望 | 第40-41页 |
| 附录 | 第41-47页 |
| 致谢 | 第47-48页 |
| 参考文献 | 第48-52页 |
| 攻读硕士期间研究成果 | 第52-54页 |