| 摘要 | 第6-7页 |
| ABSTRACT | 第7-8页 |
| LIST OF ABBREVIATIONS | 第12-18页 |
| 1 CHAPTER 1 INTRODUCTION | 第18-28页 |
| 1.1 BACKGROUND | 第18页 |
| 1.2 CHALLENGES: GLOBAL RICE PRODUCTION | 第18-19页 |
| 1.3 SALINITY EXTENT AND DISTRIBUTION | 第19页 |
| 1.4 RESPONSE OF PLANT UNDER SALINITY STRESS | 第19-20页 |
| 1.5 MECHANISM OF SALT TOLERANCE | 第20-21页 |
| 1.6 RICE RESPONSE TO SALINITY STRESS | 第21-22页 |
| 1.6.1 Shoot length and root length under salt stress | 第22页 |
| 1.6.2 Biomass under salt stress | 第22页 |
| 1.7 IMPLICATION OF MOLECULAR MARKER FOR GENETIC MAPPING | 第22-26页 |
| 1.7.1 Single nucleotide polymorphism | 第23-24页 |
| 1.7.2 Implementation of SNPs as marker | 第24页 |
| 1.7.3 Genome-wide association study (GWAS) | 第24-25页 |
| 1.7.4 Candidate gene approach | 第25页 |
| 1.7.5 Linkage disequilibrium and haplotype analysis | 第25-26页 |
| 1.8 QUANTITATIVE TRAIT LOCI (QTL) | 第26页 |
| 1.9 QTLS MAPPING FOR SALINITY TOLERANCE | 第26-27页 |
| 1.10 AIMS AND OBJECTIVES | 第27-28页 |
| 2 CHAPTER 2 MATERIALS AND METHODS | 第28-34页 |
| 2.1 PLANT MATERIALS | 第28页 |
| 2.2 EXPERIMENTAL SITE AND GROWING CONDITION | 第28-29页 |
| 2.3 PHENOTYPING OF SEEDLING | 第29-31页 |
| 2.3.1 Plant growth measurement | 第29页 |
| 2.3.2 Seedling survival Index (SSI) | 第29-30页 |
| 2.3.3 Measurement of Na~+ and K~+ concentration in shoot and root | 第30页 |
| 2.3.4 Measurement of salinity response index (SRI) | 第30-31页 |
| 2.4 GENOTYPING AND SNP IDENTIFICATION | 第31页 |
| 2.5 STATISTICAL ANALYSIS | 第31-34页 |
| 2.5.1 Phenotypic data analysis | 第31页 |
| 2.5.2 Population genetic analysis | 第31-34页 |
| 3 Chapter 3 RESULTS | 第34-71页 |
| 3.1 IDENTIFICATION OF ELITE GERMPLASMS THROUGH PHYSIOLOGICALCHARACTERIZATION AT SEEDLING STAGES | 第34-43页 |
| 3.1.1 Seedling survival index (SSI) | 第34页 |
| 3.1.2 Shoot length (cm) | 第34页 |
| 3.1.3 Root length (cm) | 第34页 |
| 3.1.4 Shoot dry weight (mg) | 第34页 |
| 3.1.5 Root dry weight (mg) | 第34-35页 |
| 3.1.6 Na~+ concentration (mg ml~(-1)) in shoot | 第35页 |
| 3.1.7 K~+ concentration (mg ml~(-1)) in shoot | 第35页 |
| 3.1.8 Na~+ concentration (mg ml~(-1)) in root | 第35-37页 |
| 3.1.9 K~+ concentration (mg ml~(-1)) in root | 第37页 |
| 3.1.10 Na~+/K~+ ratio in shoot | 第37页 |
| 3.1.11 Na~+/K~+ ratio in root | 第37-39页 |
| 3.1.12 Correlation analysis among traits in germplasm | 第39-41页 |
| 3.1.13 Performance of selected germplasm at salinity response index | 第41-43页 |
| 3.2 IDENTIFICATION OF QTLS ASSOCIATED WITH SALINITY TOLERANCE AT THE SEEDLINGSTAGE THROUGH GWAS | 第43-61页 |
| 3.2.1 QTLs for seedling survival index (SSI) | 第43-44页 |
| 3.2.2 QTLs for shoot length | 第44页 |
| 3.2.3 QTLs for root length | 第44-45页 |
| 3.2.4 QTLs for shoot dry weight | 第45页 |
| 3.2.5 QTLs for root dry weight | 第45-46页 |
| 3.2.6 QTLs for Na~+ concentration of shoot | 第46-52页 |
| 3.2.7 QTLs for Na~+ concentration of root | 第52-53页 |
| 3.2.8 QTLs for K~+ concentration of root | 第53-54页 |
| 3.2.9 QTLs for Na~+/ K~+ concentration of shoot | 第54-58页 |
| 3.2.10 Identified QTL regions of QTLs in different traits | 第58-61页 |
| 3.3 IDENTIFICATION OF CANDIDATE GENES | 第61-71页 |
| 3.3.1 Candidate genes for QTL q SSI-7.1 and q SSI-7.2 | 第61页 |
| 3.3.2 Candidate genes for q SLR-9 | 第61页 |
| 3.3.3 Candidate genes for q RNCR-9.2 and q RNCR-11.1 | 第61-62页 |
| 3.3.4 Candidate genes for q RKCR-3 and q RKCR-10.1 | 第62页 |
| 3.3.5 Candidate genes for q SNKR-10.2 | 第62-71页 |
| 4 Chapter 4 DISCUSSION | 第71-77页 |
| 4.1 PHYSIOLOGICAL CHARACTERIZATION AT SEEDLING STAGE | 第71-73页 |
| 4.2 IDENTIFICATION OF QTL USING GWAS | 第73-75页 |
| 4.3 CANDIDATE GENE IDENTIFICATION USING HAPLOTYPE ANALYSIS | 第75-77页 |
| 5 Chapter 5 SUMMARY AND CONCLUSIONS | 第77-79页 |
| References | 第79-89页 |
| APPENDICES | 第89-94页 |
| Acknowledgement | 第94-95页 |
| Resume | 第95页 |
