禾本科植物lncRNA的鉴定与分析
| 摘要 | 第7-9页 |
| Abstract | 第9-10页 |
| 1 绪论 | 第11-24页 |
| 1.1 lncRNA的概念及作用 | 第11-12页 |
| 1.2 lncRNA的作用方式 | 第12-13页 |
| 1.3 lncRNA的分类 | 第13-14页 |
| 1.4 lncRNA在人类疾病中的研究进展 | 第14-15页 |
| 1.5 lncRNA在植物中的研究进展 | 第15-16页 |
| 1.6 lncRNA的预测相关的软件 | 第16-17页 |
| 1.7 lncRNA的生物信息学鉴定流程 | 第17-20页 |
| 1.8 lncRNA的相关数据库及其分类 | 第20-22页 |
| 1.9 本研究的目的与意义 | 第22-24页 |
| 2 材料与方法 | 第24-29页 |
| 2.1 分析软件 | 第24-26页 |
| 2.1.1 CNCI | 第24页 |
| 2.1.2 PLEK | 第24页 |
| 2.1.3 EMBOSS | 第24-25页 |
| 2.1.4 Getorf | 第25页 |
| 2.1.5 BLAST | 第25页 |
| 2.1.6 cd-hit | 第25页 |
| 2.1.7 JBrowse | 第25页 |
| 2.1.8 Sequenceserver | 第25-26页 |
| 2.2 主要的实验流程 | 第26-29页 |
| 2.2.1 转录组文库构建 | 第26页 |
| 2.2.2 文库测序 | 第26页 |
| 2.2.3 原始数据前期处理 | 第26-27页 |
| 2.2.4 lncRNA预测流程 | 第27页 |
| 2.2.5 统计lncRNA数目 | 第27页 |
| 2.2.6 计算GC含量 | 第27页 |
| 2.2.7 统计lncRNA长度分布 | 第27页 |
| 2.2.8 统计lncRNA在染色体上的分布 | 第27页 |
| 2.2.9 鉴定小米的lncRNA特征 | 第27-28页 |
| 2.2.10 数据库平台构建 | 第28-29页 |
| 3 结果与分析 | 第29-45页 |
| 3.1 禾本科植物lncRNA的鉴定与分析 | 第29-37页 |
| 3.1.1 三代测序转录本 | 第29页 |
| 3.1.2 预测lncRNA | 第29-30页 |
| 3.1.3 lncRNA数量分布 | 第30-31页 |
| 3.1.4 lncRNA长度分布 | 第31页 |
| 3.1.5 lncRNA在染色体上的定位 | 第31-32页 |
| 3.1.6 禾本科植物lncRNA的GC含量 | 第32-34页 |
| 3.1.7 lncRNA基因家族分析 | 第34-35页 |
| 3.1.8 小米的lncRNA鉴定 | 第35-36页 |
| 3.1.9 小米lncRNA表达模式 | 第36-37页 |
| 3.2 禾本科植物lncRNA数据库 | 第37-39页 |
| 3.2.1 DGL数据库网站 | 第37-38页 |
| 3.2.2 硬件与软件平台 | 第38页 |
| 3.2.3 数据库的结构 | 第38-39页 |
| 3.3 网页的结构介绍 | 第39-45页 |
| 3.3.1 导航栏 | 第39页 |
| 3.3.2 工具栏 | 第39-42页 |
| 3.3.3 简介栏 | 第42-43页 |
| 3.3.4 快速启动栏 | 第43-44页 |
| 3.3.5 数据下载 | 第44-45页 |
| 4 总结与讨论 | 第45-48页 |
| 4.1 总结 | 第45页 |
| 4.2 讨论 | 第45-48页 |
| 4.2.1 第三代测序技术在转录组中的应用 | 第45-46页 |
| 4.2.2 lncRNA预测及数据分析 | 第46页 |
| 4.2.3 禾本科植物数据库 | 第46-48页 |
| 参考文献 | 第48-51页 |
| 致谢 | 第51页 |
