| 摘要 | 第7-10页 |
| ABSTRACT | 第10-14页 |
| 缩略词表 | 第15-17页 |
| 第一章 绪论 | 第17-26页 |
| 第一节 前言 | 第17-22页 |
| 1.1 阐明道地性的物质基础具有重要的理论和实践意义 | 第17页 |
| 1.2 分子谱系地理学是研究道地性遗传物质基础的有效手段 | 第17-20页 |
| 1.3 黄芩是研究道地性的物质基础很好的代表性材料 | 第20-22页 |
| 第二节 文献综述 | 第22-26页 |
| 1.1 药用植物道地性形成的影响因素研究进展 | 第22-23页 |
| 1.2 叶绿体基因组的研究进展 | 第23页 |
| 1.3 分子谱系地理学和群体遗传学研究进展 | 第23-24页 |
| 1.4 代谢组学的研究进展 | 第24-26页 |
| 第二章 论文总体思路 | 第26-31页 |
| 2.1 研究目的和意义 | 第26页 |
| 2.2 研究内容 | 第26-27页 |
| 2.3 拟解决的关键问题 | 第27页 |
| 2.4 研究方案 | 第27-29页 |
| 2.4.1 研究方法 | 第27-29页 |
| 2.4.2 技术路线 | 第29页 |
| 2.5 本课题的创新之处 | 第29-31页 |
| 2.5.1 方法创新 | 第29-30页 |
| 2.5.2 结果创新 | 第30-31页 |
| 第三章 黄芩叶绿体基因组及其特征分析 | 第31-53页 |
| 3.1 材料与方法 | 第31-38页 |
| 3.1.1 植物材料 | 第31页 |
| 3.1.2 仪器与耗材 | 第31-34页 |
| 3.1.3 实验方法 | 第34-38页 |
| 3.2 结果与分析 | 第38-51页 |
| 3.2.1 黄芩叶绿体基因组的大小与结构 | 第38-43页 |
| 3.2.2 密码子偏好性 | 第43-44页 |
| 3.2.3 重复序列和SSR分析 | 第44-46页 |
| 3.2.4 种间比对 | 第46-47页 |
| 3.2.5 种内比对 | 第47-50页 |
| 3.2.6 唇形科系统进化树重建 | 第50-51页 |
| 3.3 讨论 | 第51页 |
| 3.4 本章小结 | 第51-53页 |
| 第四章 黄芩叶绿体分子谱系地理学 | 第53-82页 |
| 4.1 实验材料 | 第53-55页 |
| 4.2 实验方法 | 第55-59页 |
| 4.2.1 总DNA的提取 | 第55页 |
| 4.2.2 引物的筛选 | 第55-56页 |
| 4.2.3 PCR的扩增和测序 | 第56-57页 |
| 4.2.4 数据分析 | 第57-59页 |
| 4.3 结果与分析 | 第59-79页 |
| 4.3.1 黄芩的序列特征 | 第59-62页 |
| 4.3.2 单倍型的分布和产地鉴别 | 第62-63页 |
| 4.3.3 遗传多样性 | 第63-66页 |
| 4.3.4 遗传结构 | 第66页 |
| 4.3.5 单倍型系统发育 | 第66-68页 |
| 4.3.6 单倍型的网状进化树 | 第68-69页 |
| 4.3.7 单倍型的地理分布 | 第69-70页 |
| 4.3.8 基于cpDNA序列的STRUCTURE分析 | 第70-71页 |
| 4.3.9 居群动态历史 | 第71-77页 |
| 4.3.10 遗传距离与地理距离相关性分析 | 第77-79页 |
| 4.4 讨论 | 第79-80页 |
| 4.4.1 黄芩的遗传多样性和遗传结构 | 第79-80页 |
| 4.4.2 黄芩的起源中心 | 第80页 |
| 4.5 本章小结 | 第80-82页 |
| 第五章 黄芩微卫星群体遗传学 | 第82-101页 |
| 5.1 实验材料 | 第82-84页 |
| 5.2 实验方法 | 第84-86页 |
| 5.2.1 DNA提取 | 第84页 |
| 5.2.2 SSR引物的筛选与扩增 | 第84-85页 |
| 5.2.3 SSR标记位点的选择 | 第85页 |
| 5.2.4 数据分析 | 第85-86页 |
| 5.3 实验结果 | 第86-98页 |
| 5.3.1 SSR位点的选择 | 第86页 |
| 5.3.2 遗传多样性 | 第86-89页 |
| 5.3.3 居群遗传分化与基因流大小 | 第89页 |
| 5.3.4 居群的AMOVA(analysis of molecular variance)分析 | 第89-91页 |
| 5.3.5 PCoA (principal coordinates analysis)分析 | 第91-93页 |
| 5.3.6 遗传相似度 | 第93-95页 |
| 5.3.7 聚类分析 | 第95-98页 |
| 5.4 讨论 | 第98-100页 |
| 5.4.1 黄芩的遗传多样性和遗传结构 | 第98-99页 |
| 5.4.2 冰期避难所优越的环境条件形成了黄芩的道地性 | 第99-100页 |
| 5.5 本章小结 | 第100-101页 |
| 第六章 基于UPLC-Q-TOF-MS技术的黄芩代谢组学 | 第101-117页 |
| 6.1 材料与方法 | 第101-104页 |
| 6.1.1 材料 | 第101-102页 |
| 6.1.2 仪器和试剂 | 第102页 |
| 6.1.3 供试品溶液的制备 | 第102页 |
| 6.1.4 对照品溶液的制备 | 第102页 |
| 6.1.5 色谱条件 | 第102-103页 |
| 6.1.6 质谱条件 | 第103页 |
| 6.1.7 数据处理与多变量分析 | 第103页 |
| 6.1.8 统计分析 | 第103-104页 |
| 6.1.9 差异化学成分的鉴定及含量比较 | 第104页 |
| 6.2 结果与分析 | 第104-114页 |
| 6.2.1 精密度试验 | 第104页 |
| 6.2.2 稳定性试验18 | 第104页 |
| 6.2.3 重复性试验 | 第104页 |
| 6.2.4 黄芩代表性样品总离子流色谱图和质谱图 | 第104-105页 |
| 6.2.5 黄芩代谢物库的建立 | 第105-109页 |
| 6.2.6 黄芩不同产地代谢产物系统聚类分析 | 第109-110页 |
| 6.2.7 黄芩不同产地代谢组主成分分析 | 第110页 |
| 6.2.8 OPLS-DA分析 | 第110-112页 |
| 6.2.9 黄芩差异代谢物的筛选与鉴定 | 第112-113页 |
| 6.2.10 不同产地主要有效成分相对含量的比较 | 第113-114页 |
| 6.3 讨论 | 第114-116页 |
| 6.3.1 黄芩化学型的划分 | 第114-115页 |
| 6.3.2 黄芩道地药材的化学指示性成分 | 第115-116页 |
| 6.4 本章小结 | 第116-117页 |
| 第七章 总结与展望 | 第117-120页 |
| 7.1 总结 | 第117-119页 |
| 7.1.1 黄芩的遗传多样性和遗传结构 | 第117-118页 |
| 7.1.2 黄芩道地产区产地鉴别的分子地理标识 | 第118页 |
| 7.1.3 黄芩化学成分的地理变化规律 | 第118页 |
| 7.1.4 黄芩道地药材的化学指标性成分 | 第118页 |
| 7.1.5 遗传因素对道地性的影响程度 | 第118-119页 |
| 7.2 展望 | 第119-120页 |
| 参考文献 | 第120-132页 |
| 致谢 | 第132-134页 |
| 博士期间主要研究成果 | 第134-135页 |
| 个人简历 | 第135-136页 |
