| 摘要 | 第6-8页 |
| ABSTRACT | 第8-9页 |
| 文献综述 | 第15-24页 |
| 第一章 病毒与宿主细胞的相互作用及猪瘟病毒研究进展 | 第15-24页 |
| 1.1 病毒与宿主细胞的相互作用 | 第15-19页 |
| 1.1.1 病毒感染细胞的基本生命特征 | 第15页 |
| 1.1.2 病毒感染细胞后相互作用的差异性 | 第15-16页 |
| 1.1.3 细胞对病毒感染的应答 | 第16-19页 |
| 1.2 猪瘟病毒研究进展 | 第19-21页 |
| 1.2.1 猪瘟病毒感染的分子生物学基础 | 第19-20页 |
| 1.2.2 猪瘟病毒感染的复杂机制 | 第20-21页 |
| 1.3 应用高通量测序技术开展猪瘟病毒致病机制研究的可行性 | 第21-24页 |
| 试验研究 | 第24-111页 |
| 第二章 高分辨率溶解曲线技术区分猪瘟病毒石门株和 C 株检测方法的建立 | 第24-34页 |
| 2.1 材料 | 第25-26页 |
| 2.1.1 病毒株、细胞系及临床样品 | 第25页 |
| 2.1.2 主要试剂及耗材 | 第25页 |
| 2.1.3 主要仪器设备 | 第25-26页 |
| 2.2 方法 | 第26-27页 |
| 2.2.1 细胞培养及病毒的感染 | 第26页 |
| 2.2.2 临床样品的准备 | 第26页 |
| 2.2.3 RNA 提取与纯化 | 第26-27页 |
| 2.2.4 cDNA 的合成 | 第27页 |
| 2.2.5 引物的设计与合成 | 第27页 |
| 2.2.6 CSFV 的 PCR 检测 | 第27页 |
| 2.2.7 通过 HRM 分析法检测和鉴别 CSFV Shimen 株和 C 株 | 第27页 |
| 2.2.8 质量控制 | 第27页 |
| 2.3 结果 | 第27-32页 |
| 2.3.1 SUVEC 中 CSFV 的 PCR 检测 | 第27-28页 |
| 2.3.2 SUVEC 中 CSFV Shimen 株和 CSFV C 株的 qPCR 检测 | 第28-29页 |
| 2.3.3 SUVEC 中 CSFV Shimen 株和 CSFV C 株的 HRM 标准化检测 | 第29页 |
| 2.3.4 SUVEC 中 CSFV Shimen 株和 CSFV C 株的 HRM 鉴别性检测 | 第29-30页 |
| 2.3.5 临床样品中 CSFV 的 PCR 检测 | 第30页 |
| 2.3.6 应用 HRM 分析方法检测临床样品的 CSFV 感染 | 第30-31页 |
| 2.3.7 应用 HRM 分析方法鉴别感染临床样本的 CSFV 不同毒力株 | 第31页 |
| 2.3.8 质量控制 | 第31-32页 |
| 2.4 讨论 | 第32-33页 |
| 2.5 小结 | 第33-34页 |
| 第三章 高通量测序技术解读猪瘟病毒石门株感染 SUVEC 后的基因早期表达 | 第34-51页 |
| 3.1 材料 | 第35页 |
| 3.1.1 病毒株、细胞系 | 第35页 |
| 3.1.2 主要试剂及耗材 | 第35页 |
| 3.1.3 主要仪器设备 | 第35页 |
| 3.1.4 配制的溶液 | 第35页 |
| 3.2 方法 | 第35-37页 |
| 3.2.1 细胞培养、病毒感染及 RNA 提取 | 第35-36页 |
| 3.2.2 cDNA 的合成 | 第36页 |
| 3.2.3 CSFV 检测引物的设计与合成 | 第36页 |
| 3.2.4 CSFV 的 PCR 检测 | 第36页 |
| 3.2.5 SUVEC 的 DGE 标签文库的构建和 Solexa 测序 | 第36页 |
| 3.2.6 DGE 标签文库的标签筛选 | 第36页 |
| 3.2.7 基因表达注释 | 第36页 |
| 3.2.8 筛选差异表达基因 | 第36-37页 |
| 3.2.9 Gene Ontology 功能显著性与 Pathway 显著性富集分析 | 第37页 |
| 3.2.10 DGE 检测的 qPCR 验证 | 第37页 |
| 3.3 结果 | 第37-48页 |
| 3.3.1 DGE 测序标签文库的分析结果 | 第37-38页 |
| 3.3.2 基因注释与结果分析 | 第38-39页 |
| 3.3.3 DGE 测序文库的生物重复性检测 | 第39-40页 |
| 3.3.4 DEG 分析差异表达基因的确定 | 第40-41页 |
| 3.3.5 差异表达基因的鉴别注释 | 第41-45页 |
| 3.3.6 差异表达基因的 GO 功能富集性分析 | 第45-46页 |
| 3.3.7 差异表达基因的信号通路富集性分析 | 第46-47页 |
| 3.3.8 qPCR 方法对 DGE 检测分析结果的验证 | 第47-48页 |
| 3.4 讨论 | 第48-50页 |
| 3.5 小结 | 第50-51页 |
| 第四章 猪瘟病毒石门株和 C 株感染 SUVEC 差异表达基因分析 | 第51-75页 |
| 4.1 材料 | 第52页 |
| 4.1.1 病毒株与细胞系 | 第52页 |
| 4.1.2 主要试剂及耗材 | 第52页 |
| 4.1.3 主要仪器设备 | 第52页 |
| 4.2 方法 | 第52-54页 |
| 4.2.1 细胞培养、病毒感染及 RNA 提取 | 第52-53页 |
| 4.2.2 CSFV 检测引物的设计与合成 | 第53页 |
| 4.2.3 cDNA 的合成 | 第53页 |
| 4.2.4 CSFV 的 PCR 检测 | 第53页 |
| 4.2.5 qPCR 法建立 CSFV 增殖曲线 | 第53页 |
| 4.2.6 DGE 标签文库的构建和 Solexa 测序 | 第53页 |
| 4.2.7 DGE 标签文库的标签筛选及基因表达注释 | 第53页 |
| 4.2.8 差异表达基因的筛选 | 第53-54页 |
| 4.2.9 Gene Ontology 功能显著性与 Pathway 显著性富集分析 | 第54页 |
| 4.2.10 DGE 检测分析结果的验证 | 第54页 |
| 4.2.11 DGE 的聚类分析和网络互作分析 | 第54页 |
| 4.3 结果 | 第54-68页 |
| 4.3.1 SUVEC 的 RNA 质量检测 | 第54页 |
| 4.3.2 CSFV 的 RT-PCR 检测和 qPCR 检测结果 | 第54-56页 |
| 4.3.3 DGE 测序标签文库的分析结果 | 第56-57页 |
| 4.3.4 DGE 测序标签文库的测序饱和度分析 | 第57-58页 |
| 4.3.5 差异表达基因的确定 | 第58页 |
| 4.3.6 差异表达基因的 GO 功能富集分析 | 第58-63页 |
| 4.3.6.1 CSFV Shimen 感染组和未感染病毒组差异基因的 GO 功能富集性分析 | 第58-59页 |
| 4.3.6.2 CSFV C 感染组和未感染病毒组差异基因的 GO 功能富集性分析 | 第59-61页 |
| 4.3.6.3 CSFV Shimen 感染组和 CSFV C 感染组差异基因的 GO 功能富集性分析 | 第61-63页 |
| 4.3.7 差异表达基因的 Pathway 富集分析 | 第63-65页 |
| 4.3.8 CSFV Shimen 株与 CSFV C 株不同感染对血液循环系统关键基因表达的影响 | 第65-67页 |
| 4.3.9 血液循环系统差异表达关键基因的 GO 功能归类分析 | 第67-68页 |
| 4.3.10 DGE 检测分析结果的 qPCR 验证 | 第68页 |
| 4.4 讨论 | 第68-74页 |
| 4.4.1 CSFV Shimen 株感染对 SUVEC 应答机制的分析 | 第68-70页 |
| 4.4.2 感染与血液循环系统相关基因表达的关系 | 第70-74页 |
| 4.5 小结 | 第74-75页 |
| 第五章 猪瘟病毒石门株对 SUVEC 中 VEGF-C 表达的影响 | 第75-89页 |
| 5.1 材料 | 第76页 |
| 5.1.1 病毒株与细胞系 | 第76页 |
| 5.1.2 主要试剂 | 第76页 |
| 5.1.3 主要仪器设备 | 第76页 |
| 5.2 方法 | 第76-81页 |
| 5.2.1 CSFV Shimen 株感染 SUVEC | 第76页 |
| 5.2.2 CSFV Shimen 株感染 SUVEC 的 RT-PCR 检测 | 第76-77页 |
| 5.2.3 CSFV Shimen 株感染 SUVEC 的 qPCR 检测 | 第77页 |
| 5.2.4 CSFV Shimen 株感染 SUVEC 的间接免疫荧光法检测 | 第77页 |
| 5.2.5 VEGF 表达的生物信息学分析 | 第77页 |
| 5.2.6 CSFV Shimen 株感染后 SUVEC 中 VEGF 表达的 ELISA 检测 | 第77页 |
| 5.2.7 CSFV Shimen 株感染后 SUVEC 中 VEGF-C 表达的 PCR 检测 | 第77页 |
| 5.2.8 CSFV Shimen 株感染后 SUVEC 中 VEGF-C 表达的 qPCR 检测 | 第77页 |
| 5.2.9 CSFV Shimen 株感染后 SUVEC 中 VEGF-C 表达的 Western blot 检测 | 第77-80页 |
| 5.2.10 数据统计分析 | 第80-81页 |
| 5.3 结果 | 第81-85页 |
| 5.3.1 VEGF 表达的生物信息学分析 | 第81页 |
| 5.3.2 CSFV Shimen 株感染 SUVEC 的 RT-PCR 检测 | 第81-82页 |
| 5.3.3 CSFV Shimen 株感染 SUVEC 的 Realtime-PCR 检测 | 第82页 |
| 5.3.4 CSFV Shimen 株感染 SUVEC 的间接免疫荧光法检测 | 第82页 |
| 5.3.5 CSFV Shimen 株感染后 SUVEC 中 VEGF 表达的 ELISA 检测 | 第82-83页 |
| 5.3.6 CSFV Shimen 株感染后 SUVEC 中 VEGF-C 表达的 PCR 检测 | 第83-84页 |
| 5.3.7 CSFV Shimen 株感染后 SUVEC 中 VEGF-C 表达的 qPCR 检测 | 第84页 |
| 5.3.8 CSFV Shimen 株感染后 SUVEC 中 VEGF-C 表达的 Western blot 检测 | 第84-85页 |
| 5.4 讨论 | 第85-88页 |
| 5.5 小结 | 第88-89页 |
| 第六章 猪瘟病毒石门株和 C 株感染巨噬细胞差异表达基因分析及石门株对 P53 信号通路调控的初步研究 | 第89-111页 |
| 6.1 材料 | 第89-90页 |
| 6.1.1 病毒株与细胞系 | 第89-90页 |
| 6.1.2 主要试剂及耗材 | 第90页 |
| 6.1.3 主要仪器设备 | 第90页 |
| 6.2 方法 | 第90-92页 |
| 6.2.1 细胞培养、病毒感染及 RNA 提取 | 第90-91页 |
| 6.2.2 CSFV 检测引物的设计与合成 | 第91页 |
| 6.2.3 cDNA 的合成 | 第91页 |
| 6.2.4 CSFV 感染巨噬细胞后的 PCR 检测和 qPCR 检测 | 第91页 |
| 6.2.5 DGE 标签文库的构建、Solexa 测序、标签筛选及注释表达基因 | 第91页 |
| 6.2.6 差异表达基因的筛选及 qPCR 验证 | 第91页 |
| 6.2.7 Gene Ontology 功能显著性与 Pathway 显著性富集分析 | 第91页 |
| 6.2.8 流式细胞仪检测细胞周期 | 第91页 |
| 6.2.9 细胞因子 mRNA 的 qPCR 检测和表达蛋白的 Western blot 检测 | 第91-92页 |
| 6.3 结果 | 第92-109页 |
| 6.3.1 巨噬细胞的 RNA 质量检测 | 第92页 |
| 6.3.2 巨噬细胞中 CSFV 的 RT-PCR 检测和 qPCR 检测结果 | 第92页 |
| 6.3.3 DGE 测序标签文库的分析结果 | 第92-94页 |
| 6.3.4 DGE 测序标签文库的测序饱和度分析 | 第94-96页 |
| 6.3.5 差异表达基因的确定 | 第96页 |
| 6.3.6 差异表达基因的 GO 功能富集分析 | 第96-102页 |
| 6.3.7 差异表达基因的 Pathway 富集显著性分析 | 第102-105页 |
| 6.3.8 DGE 检测分析结果的 qPCR 验证 | 第105-106页 |
| 6.3.9 CSFV Shimen 株致巨噬细胞 p53 信号通路调控细胞周期改变的初步研究 | 第106-109页 |
| 6.4 讨论 | 第109-110页 |
| 6.5 小结 | 第110-111页 |
| 结论 | 第111-112页 |
| 本研究的创新点 | 第112-113页 |
| 参考文献 | 第113-125页 |
| 主要缩略词和中英文对照表（Abbreviation Index） | 第125-127页 |
| 致谢 | 第127-128页 |
| 作者简介 | 第128-129页 |
