| 摘要 | 第5-7页 |
| ABSTRACT | 第7-8页 |
| 目录 | 第9-11页 |
| 第1章 文献综述 | 第11-24页 |
| 1.1 植物抗病机制 | 第11-15页 |
| 1.1.1 植物抗病性 | 第11-12页 |
| 1.1.2 植物抗病机制 | 第12-13页 |
| 1.1.3 抗病基因 | 第13-15页 |
| 1.2 水稻稻瘟病研究进展 | 第15-17页 |
| 1.2.1 水稻稻瘟病现状 | 第15页 |
| 1.2.2 稻瘟病抗性基因的定位与克隆 | 第15-16页 |
| 1.2.3 稻瘟病持久抗性基因pi21 | 第16-17页 |
| 1.3 新一代测序技术 | 第17-22页 |
| 1.3.1 测序技术的发展 | 第17-19页 |
| 1.3.2 新一代测序技术 | 第19-20页 |
| 1.3.3 新一代测序技术的应用前景及面临的挑战 | 第20-22页 |
| 1.4 本研究的目的意义及技术路线 | 第22-24页 |
| 1.4.1 研究目的与意义 | 第22-23页 |
| 1.4.2 技术路线 | 第23-24页 |
| 第2章 pi21转基因水稻材料的稻瘟菌接种 | 第24-39页 |
| 2.1 材料与方法 | 第24-31页 |
| 2.1.1 实验材料 | 第24-25页 |
| 2.1.2 仪器设备和试剂 | 第25-26页 |
| 2.1.2.1 主要仪器 | 第25页 |
| 2.1.2.2 主要试剂 | 第25-26页 |
| 2.1.3 实验方法 | 第26-31页 |
| 2.1.3.1 Pi21基因RNAi表达转基因材料的创制过程 | 第26-27页 |
| 2.1.3.2 水稻幼苗的培养 | 第27页 |
| 2.1.3.3 稻瘟病菌的培养 | 第27-28页 |
| 2.1.3.4 转基因材料的稻瘟病菌接种 | 第28页 |
| 2.1.3.5 两套接种材料的取样 | 第28-29页 |
| 2.1.3.6 RNA的提取与cDNA的合成 | 第29-30页 |
| 2.1.3.7 抗病相关基因的半定量RT-PCR检测 | 第30-31页 |
| 2.2 实验结果 | 第31-37页 |
| 2.2.1 转基因抗病材料的创制及分子鉴定 | 第31页 |
| 2.2.2 转基因材料的荧光筛选 | 第31-32页 |
| 2.2.3 稻瘟菌接种及病情鉴定 | 第32-33页 |
| 2.2.4 接种材料RNA提取及抗病相关基因的半定量RT-PCR实验 | 第33-37页 |
| 2.3 结论 | 第37-39页 |
| 第3章 转基因水稻与稻瘟病菌互作的表达谱测序分析 | 第39-61页 |
| 3.1 材料与方法 | 第39-44页 |
| 3.1.1 实验材料 | 第39页 |
| 3.1.2 实验方法 | 第39-44页 |
| 3.1.2.1 RNA提取及质量检测 | 第39页 |
| 3.1.2.2 RNA-Seq测序实验流程 | 第39-40页 |
| 3.1.2.3 RNA-Seq测序数据的产生 | 第40-41页 |
| 3.1.2.4 测序数据的质量评估 | 第41-42页 |
| 3.1.2.5 基因表达量 | 第42页 |
| 3.1.2.6 差异表达基因的筛选 | 第42-44页 |
| 3.2 实验结果 | 第44-60页 |
| 3.2.1 RNA质量检测结果 | 第44页 |
| 3.2.2 RNA-Seq测序数据质量评估 | 第44-48页 |
| 3.2.3 RNA-Seq测序数据比对统计 | 第48页 |
| 3.2.4 RNA-Seq测序的饱和度与随机性分析 | 第48页 |
| 3.2.5 基因表达量统计 | 第48-58页 |
| 3.2.6 差异表达基因的筛选 | 第58-60页 |
| 3.3 结论 | 第60-61页 |
| 第4章 与pi21抗病相关的差异表达基因的筛选及验证 | 第61-64页 |
| 4.1 材料与方法 | 第61-62页 |
| 4.1.1 实验数据 | 第61页 |
| 4.1.2 实验方法 | 第61-62页 |
| 4.1.2.1 受病原菌诱导上调表达的基因筛选 | 第61-62页 |
| 4.1.2.2 受病原菌诱导下调表达的基因筛选 | 第62页 |
| 4.1.2.3 候选差异表达基因的半定量RT-PCR以及qRT-PCR验证 | 第62页 |
| 4.2 实验结果 | 第62-63页 |
| 4.2.1 与pi21抗病相关基因的筛选 | 第62-63页 |
| 4.3 结论 | 第63-64页 |
| 第5章 结论与展望 | 第64-66页 |
| 参考文献 | 第66-75页 |
| 附录 | 第75-77页 |
| 攻读学位期间取得的研究成果 | 第77-78页 |
| 致谢 | 第78-79页 |
