| 摘要 | 第5-7页 |
| Abstract | 第7-9页 |
| 第一章 绪论 | 第13-33页 |
| 1.1 蛋白质吸附的研究背景 | 第13-14页 |
| 1.1.1 蛋白质特异性吸附的应用 | 第13页 |
| 1.1.2 蛋白质非特异性吸附的应用 | 第13-14页 |
| 1.2 自组装单层膜的研究背景 | 第14-16页 |
| 1.2.1 自组装单层膜的特性 | 第14-15页 |
| 1.2.2 自组装单层膜的模拟研究进展 | 第15-16页 |
| 1.3 蛋白质吸附的模拟研究进展 | 第16-31页 |
| 1.3.1 特异性吸附的模拟研究进展 | 第16-25页 |
| 1.3.1.1 抗体固定化模拟 | 第17页 |
| 1.3.1.2 酶的固定化模拟 | 第17-19页 |
| 1.3.1.3 模拟参数及算法的开发 | 第19-24页 |
| 1.3.1.4 蛋白在自组装膜表面吸附模拟 | 第24-25页 |
| 1.3.2 阻抗蛋白非特异性吸附的模拟研究进展 | 第25-31页 |
| 1.3.2.1 聚乙二醇化合物 | 第26页 |
| 1.3.2.2 两性离子化合物 | 第26-27页 |
| 1.3.2.3 混合电荷类材料 | 第27页 |
| 1.3.2.4 氨基酸类化合物 | 第27-28页 |
| 1.3.2.5 多糖类化合物 | 第28-31页 |
| 1.4 选题意义及研究内容 | 第31-33页 |
| 第二章 多尺度模拟研究蛋白G B1 结构域在带电自组装膜表面的吸附行为 | 第33-51页 |
| 2.1 引言 | 第33-35页 |
| 2.2 模型与方法 | 第35-39页 |
| 2.2.1 并行退火蒙特卡洛 | 第36页 |
| 2.2.2 全原子分子动力学 | 第36-38页 |
| 2.2.3 数据分析 | 第38-39页 |
| 2.2.3.1 蛋白质取向 | 第38页 |
| 2.2.3.2 蛋白质的构象 | 第38-39页 |
| 2.3 结果与讨论 | 第39-50页 |
| 2.3.1 能量和取向 | 第39-43页 |
| 2.3.2 结合位点 | 第43-44页 |
| 2.3.3 RMSD，DSSP，叠合结构 | 第44-46页 |
| 2.3.4 回旋半径和偏心率 | 第46-47页 |
| 2.3.5 偶极矩 | 第47-48页 |
| 2.3.6 抗体的取向预测 | 第48-50页 |
| 2.4 本章小结 | 第50-51页 |
| 第三章 多尺度模拟研究核糖核酸酶A在带电自组装膜表面的吸附行为 | 第51-69页 |
| 3.1 引言 | 第51-54页 |
| 3.2 模型与方法 | 第54-56页 |
| 3.2.1 并行退火蒙特卡洛 | 第54-55页 |
| 3.2.2 粗粒化分子动力学 | 第55页 |
| 3.2.3 全原子分子动力学 | 第55-56页 |
| 3.3 结果与讨论 | 第56-67页 |
| 3.3.1 能量和取向 | 第57-61页 |
| 3.3.2 结合位点 | 第61-63页 |
| 3.3.3 偶极矩，回旋半径和偏心率 | 第63-64页 |
| 3.3.4 RMSD，RMSF，DSSP以及叠合结构 | 第64-67页 |
| 3.4 本章小结 | 第67-69页 |
| 第四章 表面带电密度和溶液离子强度对阿魏酸酯酶吸附稳定性的影响 | 第69-84页 |
| 4.1 引言 | 第69-70页 |
| 4.2 模型与方法 | 第70-72页 |
| 4.2.1 并行退火蒙特卡洛 | 第71页 |
| 4.2.2 全原子分子动力学 | 第71-72页 |
| 4.3 结果与讨论 | 第72-82页 |
| 4.3.1 能量以及最小距离 | 第72-75页 |
| 4.3.2 取向分布 | 第75-78页 |
| 4.3.3 结合位点 | 第78-79页 |
| 4.3.4 构象变化 | 第79-82页 |
| 4.3.4.1 RMSD，DSSP和叠合结构 | 第80-81页 |
| 4.3.4.2 回旋半径和偏心率 | 第81-82页 |
| 4.4 本章小结 | 第82-84页 |
| 第五章多尺度模拟研究漆酶在电极表面的吸附行为 | 第84-95页 |
| 5.1 引言 | 第84-85页 |
| 5.2 模型与方法 | 第85-87页 |
| 5.2.1 并行退火蒙特卡洛 | 第86页 |
| 5.2.2 全原子分子动力学 | 第86-87页 |
| 5.3 结果与讨论 | 第87-94页 |
| 5.3.1 T1 位点Cu2+吸附取向 | 第88页 |
| 5.3.2 取向分布以及相互作用能 | 第88-90页 |
| 5.3.3 吸附关键残基 | 第90-91页 |
| 5.3.4 RMSD和叠合结构 | 第91-92页 |
| 5.3.5 偶极，回旋半径和偏心率 | 第92-94页 |
| 5.4 本章小结 | 第94-95页 |
| 第六章 分子模拟研究混合带电自组装膜的防污抗菌性能 | 第95-108页 |
| 6.1 引言 | 第95-97页 |
| 6.2 模型与方法 | 第97-98页 |
| 6.3 结果与讨论 | 第98-106页 |
| 6.3.1 最小距离与能量 | 第99-100页 |
| 6.3.2 蛋白质吸附/脱附过程 | 第100-101页 |
| 6.3.3 界面水性质 | 第101-105页 |
| 6.3.3.1 界面水分子密度分布 | 第101-102页 |
| 6.3.3.2 径向分布函数 | 第102-104页 |
| 6.3.3.3 界面水分子快照 | 第104-105页 |
| 6.3.4 自组装膜结构排布 | 第105-106页 |
| 6.4 本章小结 | 第106-108页 |
| 结论 | 第108-111页 |
| 展望 | 第111-112页 |
| 参考文献 | 第112-134页 |
| 攻读博士学位期间取得的研究成果 | 第134-136页 |
| 致谢 | 第136-137页 |
| 附件 | 第137页 |
