| 缩略词表 | 第8-9页 |
| 摘要 | 第9-11页 |
| Abstract | 第11-12页 |
| 前言 | 第13-15页 |
| 1 文献综述 | 第15-27页 |
| 1.1 突变的定义 | 第15页 |
| 1.2 自发突变和诱发突变 | 第15-16页 |
| 1.2.1 自发突变 | 第15页 |
| 1.2.2 诱发突变 | 第15-16页 |
| 1.3 常用化学诱变剂的种类及诱变机理、特点 | 第16-17页 |
| 1.3.1 常用化学诱变剂的种类和机理 | 第16页 |
| 1.3.2 常用化学诱变剂的特点 | 第16-17页 |
| 1.4 EMS诱变技术 | 第17-19页 |
| 1.4.1 EMS诱变的起源 | 第17页 |
| 1.4.2 EMS诱变的特点 | 第17页 |
| 1.4.3 EMS诱变的原理 | 第17-18页 |
| 1.4.4 EMS诱变的关键环节 | 第18页 |
| 1.4.5 EMS诱变材料的选取 | 第18页 |
| 1.4.6 EMS诱变种子技术 | 第18-19页 |
| 1.5 BSA-seq技术及其应用 | 第19-21页 |
| 1.6 基因组测序及其发展现状 | 第21-24页 |
| 1.6.1 第一代测序技术 | 第21页 |
| 1.6.2 第二代测序技术 | 第21-24页 |
| 1.6.2.1 Roche 454测序技术 | 第22-23页 |
| 1.6.2.2 Illumina和SOLiD测序技术 | 第23页 |
| 1.6.2.3 二代测序技术发展现状 | 第23-24页 |
| 1.7 生物信息学测序数据分析相关软件 | 第24-27页 |
| 1.7.1 FastQC | 第24页 |
| 1.7.2 Trimmomatic | 第24-25页 |
| 1.7.3 读段比对软件BWA | 第25页 |
| 1.7.4 文件处理软件Samtools | 第25-26页 |
| 1.7.5 Freebayes | 第26-27页 |
| 2 材料与方法 | 第27-33页 |
| 2.1 材料 | 第27页 |
| 2.2 方法 | 第27-33页 |
| 2.2.1 M_0遗传多态性分析 | 第27页 |
| 2.2.2 日本晴EMS诱变条件的确定 | 第27-28页 |
| 2.2.3 M_2代种子的获得 | 第28页 |
| 2.2.4 EMS诱变SNP数量的确定 | 第28页 |
| 2.2.5 日本晴品种内遗传多态性分析 | 第28页 |
| 2.2.6 数据处理分析 | 第28-33页 |
| 2.2.6.1 质量控制 | 第28-29页 |
| 2.2.6.2 对参考序列(日本晴基因组)建立索引 | 第29页 |
| 2.2.6.3 利用BWA进行读段定位 | 第29页 |
| 2.2.6.4 利用Samtools处理定位结果 | 第29页 |
| 2.2.6.5 利用Freebayes识别变异及简化结果信息 | 第29页 |
| 2.2.6.6 编写脚本统计覆盖度和深度信息 | 第29-30页 |
| 2.2.6.7 简化VCF文件 | 第30页 |
| 2.2.6.8 计算MAF值与Genotype校正 | 第30页 |
| 2.2.6.9 日本晴EMS诱变位点的统计 | 第30-31页 |
| 2.2.6.10 品种内变异位点的统计 | 第31-33页 |
| 3 结果与分析 | 第33-42页 |
| 3.1 M_0与IRGSP的日本晴之间单核苷酸多态性差异 | 第33页 |
| 3.2 日本晴EMS诱变条件 | 第33-35页 |
| 3.3 6个M_2单株中EMS诱变产生的SNP数量分析 | 第35-39页 |
| 3.4 6个M_2单株与IRGSP的日本晴之间单核苷酸差异 | 第39-40页 |
| 3.5 6个M_2单株之间的单核苷酸差异 | 第40-42页 |
| 4 讨论 | 第42-44页 |
| 4.1 日本晴EMS诱变条件 | 第42页 |
| 4.2 诱变单株SNP数量的确定 | 第42-43页 |
| 4.3 日本晴EMS诱变与品种内变异的效果比较 | 第43页 |
| 4.4 本研究对于EMS诱变水稻和分子标记应用的实际意义 | 第43-44页 |
| 参考文献 | 第44-48页 |
| 附录 | 第48-60页 |
| 附录1 质量控制结果图 | 第48-51页 |
| 附录2 测序深度结果图 | 第51-57页 |
| 附录3 等位突变频率散点图 | 第57-58页 |
| 附录4 染色体区块分布图 | 第58-60页 |
| 致谢 | 第60页 |
