| 摘要 | 第4-6页 |
| Abstract | 第6-7页 |
| 第一章 绪论 | 第11-23页 |
| 1.1 研究背景 | 第11-14页 |
| 1.1.1 能源和环境危机 | 第11页 |
| 1.1.2 微生物燃料电池 | 第11-13页 |
| 1.1.3 产电微生物 | 第13-14页 |
| 1.2 胞外电子传递和细胞色素C | 第14-18页 |
| 1.2.1 胞外电子传递 | 第14-16页 |
| 1.2.2 细胞色素C | 第16-17页 |
| 1.2.3 胞外电子传递通路 | 第17-18页 |
| 1.3 微生物的基因表达调控 | 第18-20页 |
| 1.3.1 中心法则 | 第18-19页 |
| 1.3.2 基因表达与调控 | 第19-20页 |
| 1.4 论文主要工作 | 第20-23页 |
| 1.4.1 研究内容和意义 | 第20-21页 |
| 1.4.2 论文框架 | 第21-23页 |
| 第二章 基因表达谱分析 | 第23-43页 |
| 2.1 基因芯片与基因表达数据 | 第23-33页 |
| 2.1.1 基因芯片 | 第23-25页 |
| 2.1.2 基因表达数据 | 第25-28页 |
| 2.1.3 S.oneidensis MR-1基因表达数据集介绍 | 第28-30页 |
| 2.1.4 非基因序列探针分析 | 第30-32页 |
| 2.1.5 同一操纵子中基因的表达分析 | 第32-33页 |
| 2.2 基因表达数据分析的一般方法 | 第33-40页 |
| 2.2.1 R语言平台和Bioconductor包 | 第33-35页 |
| 2.2.2 基因表达数据的预处理 | 第35-36页 |
| 2.2.3 表达差异的显著性分析 | 第36-37页 |
| 2.2.4 基因的共表达分析 | 第37-38页 |
| 2.2.5 基因表达谱聚类分析 | 第38-39页 |
| 2.2.6 基于基因表达谱的基因调控网络研究 | 第39-40页 |
| 2.3 针对S.oneidensis MR-1基因表达数据分析 | 第40-42页 |
| 2.4 本章小结 | 第42-43页 |
| 第三章 S.oneidensis MR-1转录调控网络 | 第43-54页 |
| 3.1 全基因组的转录调控网络 | 第43-47页 |
| 3.1.1 转录调控网络的含义 | 第43页 |
| 3.1.2 S.oneidensis MR-1转录调控网络的研究现状 | 第43-44页 |
| 3.1.3 网络分析工具Cytoscape | 第44页 |
| 3.1.4 重构S.oneidensis MR-1全基因组的转录调控网络 | 第44-47页 |
| 3.2 细胞色素C相关基因的转录调控网络 | 第47-53页 |
| 3.2.1 网络的构建方法 | 第47-48页 |
| 3.2.2 细胞色素C相关基因的数据 | 第48-51页 |
| 3.2.3 相关基因调控关系的确定 | 第51页 |
| 3.2.4 结果和讨论 | 第51-53页 |
| 3.3 本章小结 | 第53-54页 |
| 第四章 条件特异性EET通路分析 | 第54-73页 |
| 4.1 与EET相关的特异性条件和基因表达数据 | 第54-55页 |
| 4.2 EET通路 | 第55页 |
| 4.3 条件特异性的EET通路的基因表达 | 第55-63页 |
| 4.3.1 不同培养基质条件下通路基因表达情况 | 第56-58页 |
| 4.3.2 不同电子受体条件下通路的基因表达 | 第58-60页 |
| 4.3.3 铁还原条件下通路的基因表达 | 第60-62页 |
| 4.3.4 hnoC缺失型条件下通路的基因表达 | 第62-63页 |
| 4.4 基于基因表达数据分析的方法构建条件特异的EET基因通路 | 第63-71页 |
| 4.4.1 研究方法 | 第63页 |
| 4.4.2 基因表达数据分析 | 第63-68页 |
| 4.4.3 特异性条件下EET基因通路 | 第68-71页 |
| 4.5 本章小结 | 第71-73页 |
| 第五章 总结和展望 | 第73-75页 |
| 5.1 论文总结 | 第73-74页 |
| 5.2 展望 | 第74-75页 |
| 附录Ⅰ S.oneidensis MR-1中的细胞色素C | 第75-77页 |
| 附录Ⅱ GEO数据库中S.oneidensis MR-1数据集 | 第77-78页 |
| 致谢 | 第78-79页 |
| 参考文献 | 第79-86页 |
| 作者简介 | 第86页 |
