| 中文摘要 | 第3-4页 |
| Abstract | 第4页 |
| 第1章 绪论 | 第7-15页 |
| 1.1 OpenCL概述 | 第7-9页 |
| 1.1.1 OpenCL简介 | 第7-8页 |
| 1.1.2 OpenCL特性 | 第8-9页 |
| 1.2 DNA序列比对的研究背景与意义 | 第9-10页 |
| 1.3 国内外研究现状分析 | 第10-12页 |
| 1.4 本文主要研究内容与成果 | 第12页 |
| 1.5 本文章节安排 | 第12-15页 |
| 第2章 预备知识 | 第15-23页 |
| 2.1 OpenCL架构 | 第15-18页 |
| 2.2 DNA序列背景知识 | 第18-21页 |
| 2.2.1 DNA序列相关概念 | 第18-21页 |
| 2.2.2 DNA序列比对的相关概念 | 第21页 |
| 2.3 基于动态规划的DNA序列比对算法介绍 | 第21-22页 |
| 2.4 本章小结 | 第22-23页 |
| 第3章 基于动态规划的DNA序列并行比对算法 | 第23-43页 |
| 3.1 引言 | 第23页 |
| 3.2 数学理论 | 第23-26页 |
| 3.2.1 基于动态规划方法的DNA序列比对 | 第23-24页 |
| 3.2.2 序列比对计数 | 第24-26页 |
| 3.3 Needleman-Wunsch基于的串行设计实现 | 第26-30页 |
| 3.3.1 Needleman-Wunsch算法的问题定义 | 第26-27页 |
| 3.3.2 Needleman-Wunsch算法描述 | 第27-28页 |
| 3.3.3 Needleman-Wunsch算法的串行实现 | 第28-30页 |
| 3.4 基于Smith-Waterman算法的串行设计与实现 | 第30-35页 |
| 3.4.1 问题定义 | 第30-31页 |
| 3.4.2 算法实现 | 第31-34页 |
| 3.4.3 串行算法的实验结果与分析 | 第34-35页 |
| 3.5 基于Smith-Waterman算法的异构并行设计与实现 | 第35-37页 |
| 3.5.1 问题定义 | 第35页 |
| 3.5.2 算法描述 | 第35-37页 |
| 3.6 实验设置与结果分析 | 第37-42页 |
| 3.6.1 OpenCL平台搭建 | 第37-41页 |
| 3.6.2 实验与结果分析 | 第41-42页 |
| 3.7 本章小结 | 第42-43页 |
| 第4章 基于OpenCL平台的Smith—Waterman算法的并行优化 | 第43-61页 |
| 4.1 引言 | 第43页 |
| 4.2 面向OpenCL的GPU优化策略 | 第43-54页 |
| 4.2.1 相关工作 | 第44页 |
| 4.2.2 GPU性能优化空间 | 第44-54页 |
| 4.3 基于OpenCL平台的Smith—Waterman算法优化 | 第54-60页 |
| 4.3.1 基于S-W传统算法的优化策略 | 第54-55页 |
| 4.3.2 Smith-Waterman优化算法的实现 | 第55-58页 |
| 4.3.3 实验结果及性能分析 | 第58-60页 |
| 4.4 本章小结 | 第60-61页 |
| 结论 | 第61-63页 |
| 参考文献 | 第63-68页 |
| 致谢 | 第68页 |
