| 摘要 | 第6-7页 |
| ABSTRACT | 第7-8页 |
| 英文缩略表 | 第18-20页 |
| 第一章 引言 | 第20-35页 |
| 1.1 有机磷农药简介 | 第20-22页 |
| 1.1.1 有机磷农药的历史 | 第20页 |
| 1.1.2 有机磷农药的化学和毒理学特性 | 第20-21页 |
| 1.1.3 有机磷农药的污染 | 第21-22页 |
| 1.2 农药污染的生物修复 | 第22-30页 |
| 1.2.1 生物修复简介 | 第22页 |
| 1.2.2 有机磷农药降解菌 | 第22-23页 |
| 1.2.3 有机磷农药降解酶 | 第23-26页 |
| 1.2.4 有机磷降解基因的特性 | 第26-27页 |
| 1.2.5 毒死蜱的微生物降解 | 第27-30页 |
| 1.3 微生物基因组研究 | 第30-32页 |
| 1.3.1 基因组及基因组学简介 | 第30-31页 |
| 1.3.2 微生物基因组分析 | 第31-32页 |
| 1.4 微生物蛋白质组研究 | 第32-34页 |
| 1.4.1 蛋白质组及蛋白质组学简介 | 第32-33页 |
| 1.4.2 蛋白质组学的研究策略和技术路线 | 第33页 |
| 1.4.3 双向差异凝胶电泳技术（2D-DIGE） | 第33-34页 |
| 1.5 研究目的和意义 | 第34-35页 |
| 第二章 有机磷农药降解菌的分离与鉴定 | 第35-48页 |
| 2.1 实验材料 | 第35-38页 |
| 2.1.1 环境样品 | 第35页 |
| 2.1.2 主要试剂及菌株、载体 | 第35-36页 |
| 2.1.3 主要仪器 | 第36页 |
| 2.1.4 培养基 | 第36-37页 |
| 2.1.5 溶液的配制 | 第37-38页 |
| 2.2 实验方法 | 第38-42页 |
| 2.2.1 有机磷农药降解菌的富集及分离 | 第38-39页 |
| 2.2.2 有机磷农药降解菌的鉴定 | 第39-40页 |
| 2.2.3 有机磷农药降解菌的系统发育分析 | 第40-41页 |
| 2.2.4 降解菌的生物表面活性剂检测 | 第41页 |
| 2.2.5 降解菌中质粒的提取 | 第41-42页 |
| 2.3 结果与分析 | 第42-47页 |
| 2.3.1 降解菌的分离与筛选 | 第42页 |
| 2.3.2 毒死蜱的标准曲线 | 第42-43页 |
| 2.3.3 菌株YC-YH1的形态学特征 | 第43页 |
| 2.3.4 菌株YC-YH1的生理生化特性 | 第43-44页 |
| 2.3.5 菌株YC-YH1的抗生素抗性特征 | 第44页 |
| 2.3.6 菌株YC-YH1的Biolog鉴定 | 第44-46页 |
| 2.3.7 菌株YC-YH1的 16S r RNA基因系统发育分析 | 第46页 |
| 2.3.8 菌株YC-YH1的生物表面活性剂检测 | 第46-47页 |
| 2.3.9 菌株YC-YH1的质粒检测 | 第47页 |
| 2.4 讨论 | 第47-48页 |
| 第三章 菌株YC-YH1的降解特性及代谢产物 | 第48-60页 |
| 3.1 实验材料 | 第48页 |
| 3.1.1 实验试剂和仪器 | 第48页 |
| 3.1.2 相关溶液的配制 | 第48页 |
| 3.2 实验方法 | 第48-50页 |
| 3.2.1 菌株YC-YH1降解毒死蜱条件的优化 | 第48-49页 |
| 3.2.2 菌株YC-YH1在液体培养基中对毒死蜱的降解 | 第49页 |
| 3.2.3 菌株YC-YH1在土壤中对毒死蜱的降解 | 第49页 |
| 3.2.4 菌株YC-YH1降解毒死蜱的发酵实验 | 第49页 |
| 3.2.5 菌株YC-YH1降解毒死蜱代谢产物的检测 | 第49-50页 |
| 3.2.6 菌株YC-YH1的底物谱分析 | 第50页 |
| 3.2.7 菌株YC-YH1生物表面活性剂的提取与检测 | 第50页 |
| 3.3 结果与分析 | 第50-59页 |
| 3.3.1 菌株YC-YH1降解毒死蜱条件的优化 | 第50-52页 |
| 3.3.2 菌株YC-YH1在水体和土壤中对毒死蜱的降解 | 第52-53页 |
| 3.3.3 菌株YC-YH1对毒死蜱的发酵实验 | 第53-54页 |
| 3.3.4 菌株YC-YH1降解毒死蜱代谢产物的检测 | 第54-56页 |
| 3.3.5 菌株YC-YH1的底物谱 | 第56-57页 |
| 3.3.6 菌株YC-YH1生物表面活性剂的检测 | 第57-59页 |
| 3.4 讨论 | 第59-60页 |
| 第四章 菌株YC-YH1基因组测序及分析 | 第60-80页 |
| 4.1 实验材料 | 第60-61页 |
| 4.1.1 测序材料 | 第60页 |
| 4.1.2 实验试剂 | 第60页 |
| 4.1.3 实验仪器 | 第60-61页 |
| 4.1.4 溶液的配制 | 第61页 |
| 4.2 实验方法 | 第61-62页 |
| 4.2.1 细菌基因组DNA提取 | 第61页 |
| 4.2.2 测序流程 | 第61-62页 |
| 4.2.3 基因组信息分析流程 | 第62页 |
| 4.3 结果与分析 | 第62-79页 |
| 4.3.1 基因组DNA的提取 | 第62-63页 |
| 4.3.2 测序结果统计 | 第63页 |
| 4.3.3 基因组注释分析 | 第63-66页 |
| 4.3.4 比较基因组学分析 | 第66-69页 |
| 4.3.5 高级分析 | 第69-79页 |
| 4.4 讨论 | 第79-80页 |
| 第五章 菌株YC-YH1的蛋白质组学研究 | 第80-96页 |
| 5.1 实验材料 | 第80-84页 |
| 5.1.1 实验试剂 | 第80-81页 |
| 5.1.2 实验仪器 | 第81页 |
| 5.1.3 相关溶液的配制 | 第81-84页 |
| 5.2 实验方法 | 第84-89页 |
| 5.2.1 菌株处理 | 第84页 |
| 5.2.2 细菌总蛋白的提取 | 第84页 |
| 5.2.3 蛋白质浓度的测定 | 第84-85页 |
| 5.2.4 双向电泳流程 | 第85页 |
| 5.2.5 荧光标记蛋白 | 第85页 |
| 5.2.6 荧光差异双向电泳 | 第85-86页 |
| 5.2.7 蛋白质组差异点的质谱鉴定 | 第86页 |
| 5.2.8 菌株总RNA的提取及反转录 | 第86-88页 |
| 5.2.9 关键基因的荧光定量验证 | 第88-89页 |
| 5.3 结果与分析 | 第89-94页 |
| 5.3.1 双向电泳条件的优化 | 第89-90页 |
| 5.3.2 菌株YC-YH1的差异蛋白质组分析 | 第90-93页 |
| 5.3.3 关键基因的荧光定量验证 | 第93-94页 |
| 5.4 讨论 | 第94-96页 |
| 第六章 有机磷降解调控蛋白的筛选 | 第96-109页 |
| 6.1 实验材料 | 第96-97页 |
| 6.1.1 实验试剂 | 第96页 |
| 6.1.2 实验仪器 | 第96页 |
| 6.1.3 溶液配制 | 第96-97页 |
| 6.2 实验方法 | 第97-103页 |
| 6.2.1 调控蛋白基因的克隆 | 第97-99页 |
| 6.2.2 调控蛋白基因的表达和纯化 | 第99-101页 |
| 6.2.3 调控蛋白的筛选 | 第101-103页 |
| 6.3 结果与分析 | 第103-108页 |
| 6.3.1 调控蛋白的表达与纯化 | 第103-106页 |
| 6.3.2 调控蛋白的筛选 | 第106-107页 |
| 6.3.3 调控蛋白的验证 | 第107-108页 |
| 6.4 讨论 | 第108-109页 |
| 第七章 全文结论 | 第109-112页 |
| 7.1 研究结果 | 第109-110页 |
| 7.2 创新点 | 第110页 |
| 7.3 研究展望 | 第110-112页 |
| 参考文献 | 第112-124页 |
| 附录 | 第124-134页 |
| 致谢 | 第134-135页 |
| 作者简历 | 第135页 |
