| 摘要 | 第5-6页 |
| Abstract | 第6-7页 |
| 缩略词 | 第15-16页 |
| 第一章 绪论 | 第16-26页 |
| 1.1 三七及其连作障碍 | 第16页 |
| 1.2 土壤微生物与植物之间的关系 | 第16-17页 |
| 1.3 细菌入侵植物及其免疫应答 | 第17-20页 |
| 1.4 三七根际土壤微生物与连作之间的关系 | 第20-21页 |
| 1.5 微生物群落研究 | 第21-24页 |
| 1.5.1 核酸测序 | 第21-23页 |
| 1.5.2 基于质谱的宏蛋白质组学和代谢组学 | 第23页 |
| 1.5.3 微生物研究的未来 | 第23-24页 |
| 1.6 研究目的及意义 | 第24-26页 |
| 第二章 三七根际土壤细菌群落结构 | 第26-53页 |
| 2.1 材料与方法 | 第27-30页 |
| 2.1.1 土壤样品的采集 | 第27-28页 |
| 2.1.2 土壤样品总DNA提取 | 第28页 |
| 2.1.3 建库测序 | 第28-30页 |
| 2.2 数据分析 | 第30-33页 |
| 2.2.1 数据处理与质控 | 第30页 |
| 2.2.2 OTUs聚类及注释 | 第30-31页 |
| 2.2.3 物种丰富度分析 | 第31-32页 |
| 2.2.4 群落结构分析 | 第32-33页 |
| 2.2.5 群落功能基因预测 | 第33页 |
| 2.3 结果与分析 | 第33-49页 |
| 2.3.1 测序数据的处理 | 第33页 |
| 2.3.2 OTU注释及表达谱 | 第33-34页 |
| 2.3.3 物种丰富度分析 | 第34-37页 |
| 2.3.4 群落结构分析 | 第37-40页 |
| 2.3.5 主成分分析 | 第40-42页 |
| 2.3.6 三七根际土壤微生物群落丰度比较分析 | 第42-43页 |
| 2.3.7 群落差异分析 | 第43-45页 |
| 2.3.8 群落功能基因差异 | 第45-47页 |
| 2.3.9 样品组间差异分析 | 第47-49页 |
| 2.4 讨论 | 第49-53页 |
| 2.4.1 三七根际土壤细菌群落多样性 | 第50-51页 |
| 2.4.2 某些细菌种群与三七生病有关 | 第51页 |
| 2.4.3 比较生病与健康三七的土壤细菌群落组成及潜在功能 | 第51-53页 |
| 第三章 三七根际土壤中活跃微生物群落结构分析 | 第53-81页 |
| 3.1 材料与方法 | 第53-55页 |
| 3.1.1 土样来源 | 第53页 |
| 3.1.2 土壤理化因子的测定 | 第53页 |
| 3.1.3 土壤总RNA的提取 | 第53-54页 |
| 3.1.4 反转录PCR | 第54-55页 |
| 3.1.5 高通量测序及数据分析 | 第55页 |
| 3.2 结果与分析 | 第55-77页 |
| 3.2.1 三七根际土壤理化性质分析 | 第55-56页 |
| 3.2.2 注释结果统计 | 第56页 |
| 3.2.3 根际土壤中活跃细菌群落组成分析 | 第56-58页 |
| 3.2.4 物种分类树 | 第58-61页 |
| 3.2.5 根际土壤中活跃细菌群落丰度 | 第61-64页 |
| 3.2.6 种植年份对细菌群落的影响 | 第64页 |
| 3.2.7 样品复杂度分析 | 第64-66页 |
| 3.2.8 不同植株根际土壤活跃微生物群落差异分析 | 第66-69页 |
| 3.2.9 组间差异分析 | 第69-73页 |
| 3.2.10 Network分析 | 第73-75页 |
| 3.2.11 三七根际土壤细菌群落结构与环境因子的关系研究 | 第75-77页 |
| 3.3 讨论 | 第77-81页 |
| 3.3.1 三七根际土壤活跃细菌群落结构 | 第78-79页 |
| 3.3.2 某些活跃的种群对三七的健康状况敏感 | 第79-80页 |
| 3.3.3 环境因子对活跃种群的影响 | 第80-81页 |
| 第四章 三七根际土壤微生物群落结构和功能 | 第81-95页 |
| 4.1 材料与方法 | 第81-83页 |
| 4.1.1 宏基因组测序 | 第81页 |
| 4.1.2 数据预处理 | 第81-82页 |
| 4.1.3 组装 | 第82页 |
| 4.1.4 基因预测及丰度计算 | 第82页 |
| 4.1.5 物种注释 | 第82-83页 |
| 4.1.6 功能注释 | 第83页 |
| 4.2 结果与分析 | 第83-91页 |
| 4.2.1 测序数据质量控制 | 第83-84页 |
| 4.2.2 序列组装 | 第84页 |
| 4.2.3 基因预测 | 第84页 |
| 4.2.4 微生物群落结构 | 第84-86页 |
| 4.2.5 功能注释 | 第86-89页 |
| 4.2.6 代谢通路 | 第89-91页 |
| 4.3 讨论 | 第91-95页 |
| 第五章 总结与展望 | 第95-98页 |
| 5.1 结论 | 第95-96页 |
| 5.2 展望 | 第96-98页 |
| 致谢 | 第98-100页 |
| 参考文献 | 第100-119页 |
| 附录 攻读硕士期间发表论文目录 | 第119页 |
