| 致谢 | 第3-4页 |
| 摘要 | 第4-5页 |
| Abstract | 第5-6页 |
| 第一章 前言 | 第10-39页 |
| 1.引言 | 第10-39页 |
| 1.1 研究背景 | 第10页 |
| 1.2 研究目的与意义 | 第10-11页 |
| 1.3 国内外研究现状与评述 | 第11-36页 |
| 1.3.1 金叶植物成色基础的研究进展 | 第11-24页 |
| 1.3.2 基于高通量测序技术的转录组学研究 | 第24-36页 |
| 1.4 主要研究内容及技术路线 | 第36-39页 |
| 1.4.1 主要研究内容 | 第36-37页 |
| 1.4.2 技术路线 | 第37-39页 |
| 第二章 黄叶及普通银杏叶色年动态变化规律 | 第39-45页 |
| 1 材料与方法 | 第39-41页 |
| 1.1 试验材料 | 第39-40页 |
| 1.2 试验方法 | 第40-41页 |
| 1.2.1 RHSCC比色 | 第40页 |
| 1.2.2 色差仪比色 | 第40-41页 |
| 2 结果与分析 | 第41-44页 |
| 2.1 叶色定性测量结果 | 第41-42页 |
| 2.2 颜色定量测量结果 | 第42-44页 |
| 3 讨论 | 第44-45页 |
| 第三章 黄叶及普通银杏色素含量与呈色的关系 | 第45-50页 |
| 1 材料与方法 | 第45-46页 |
| 1.1 试验材料 | 第45页 |
| 1.2 试验方法 | 第45-46页 |
| 2 结果与分析 | 第46-49页 |
| 2.1 叶绿素（Chl）含量变化 | 第46-47页 |
| 2.2 类胡萝卜素（Car）含量变化 | 第47-48页 |
| 2.3 叶色参数与色素含量的相关性分析 | 第48-49页 |
| 3 讨论 | 第49-50页 |
| 3.1 色素含量的测定 | 第49页 |
| 3.2 色素的组成与叶色参数之间的关系 | 第49-50页 |
| 第四章 黄叶及普通银杏叶片结构与呈色的关系 | 第50-59页 |
| 1 材料与方法 | 第50页 |
| 1.1 实验材料 | 第50页 |
| 1.2 实验方法 | 第50页 |
| 2 结果与分析 | 第50-51页 |
| 3 讨论 | 第51-59页 |
| 第五章 黄叶及普通银杏叶片转录组测序 | 第59-64页 |
| 1 材料与方法 | 第59-62页 |
| 1.1 实验材料 | 第59页 |
| 1.2 实验方法 | 第59-62页 |
| 1.2.1 RNA样品的提取 | 第59-60页 |
| 1.2.2 mRNA样品的纯化[235] | 第60-61页 |
| 1.2.3 cDNA文库的构建 | 第61-62页 |
| 2 结果与分析 | 第62-63页 |
| 2.1 RNA质量控制及文库的构建 | 第62页 |
| 2.2 cDNA文库的构建 | 第62-63页 |
| 2.3 测序的原始数据 | 第63页 |
| 3 讨论 | 第63-64页 |
| 第六章 黄叶及普通银杏转录组测序生物信息学分析 | 第64-99页 |
| 1 实验数据与分析方法 | 第64-72页 |
| 1.1 实验数据 | 第64页 |
| 1.2 数据分析 | 第64-72页 |
| 1.2.1 数据的过滤 | 第65页 |
| 1.2.2 数据的拼接 | 第65-66页 |
| 1.2.3 Unigene功能注释 | 第66-67页 |
| 1.2.4 Unigene GO分类 | 第67页 |
| 1.2.5 Unigene Pathway分析 | 第67页 |
| 1.2.6 Unigene编码蛋白阅读框（CDS）的预测 | 第67-68页 |
| 1.2.7 Unigene SSR分析 | 第68页 |
| 1.2.8 Unigene SNP分析 | 第68-69页 |
| 1.2.9 Unigene表达差异分析 | 第69-71页 |
| 1.2.10 差异Unigene的GO和Pathway分析 | 第71-72页 |
| 2 结果与分析 | 第72-97页 |
| 2.0 产量统计 | 第72页 |
| 2.1 组装结果分析 | 第72页 |
| 2.2 Unigene功能注释及COG分类 | 第72-73页 |
| 2.3 Unigene功能注释及COG分类 | 第73-75页 |
| 2.4 Unigene的GO分类 | 第75-76页 |
| 2.5 Unigene代谢通路分析 | 第76页 |
| 2.6 预测编码蛋白框（CDS） | 第76-77页 |
| 2.7 Unigene SSR分析 | 第77-81页 |
| 2.7.1 产量统计 | 第77-78页 |
| 2.7.2 SSR的特征分析 | 第78-80页 |
| 2.7.3 SSR的长度分析 | 第80页 |
| 2.7.4 SSR引物的筛选 | 第80-81页 |
| 2.8 Unigene SNP分析 | 第81-83页 |
| 2.9 Unigene表达差异分析 | 第83-87页 |
| 2.10 差异Unigenes的GO和Pathway分析 | 第87-97页 |
| 2.10.1 差异Unigenes GO显著性富集分析 | 第87-89页 |
| 2.10.2 差异Unigenes Pathway显著性富集分析 | 第89-97页 |
| 3 讨论 | 第97-99页 |
| 3.1 转录组拼接与注释分析 | 第97页 |
| 3.2 转录组基因的SSR和SNP分析 | 第97-98页 |
| 3.2.1 SSR分析 | 第97页 |
| 3.2.2 SNP查找 | 第97-98页 |
| 3.3 差异基因表达的分析 | 第98-99页 |
| 第七章 黄叶及普通银杏对高温及强光适应性的差异 | 第99-113页 |
| 1 材料与方法 | 第99-102页 |
| 1.1 实验材料 | 第99页 |
| 1.2 实验方法 | 第99-102页 |
| 1.2.1 实验参数的设定 | 第99页 |
| 1.2.2 光合-温度曲线的测定 | 第99-100页 |
| 1.2.3 光合-光强曲线的测定 | 第100页 |
| 1.2.4 光合-光强曲线的拟合 | 第100页 |
| 1.2.5 叶绿素荧光参数的测定 | 第100-102页 |
| 2 结果与分析 | 第102-110页 |
| 2.1 温度对净光合速率的影响 | 第102-103页 |
| 2.2 光强对净光合速率的影响 | 第103-104页 |
| 2.3 光合-光响应曲线拟合 | 第104-105页 |
| 2.4 不同温度下光合参数的比较 | 第105-107页 |
| 2.5 不同温度及光强的条件下Fv/Fm动力学曲线 | 第107页 |
| 2.6 光照及温度适应范围的确定 | 第107-110页 |
| 3 讨论 | 第110-113页 |
| 3.1 光合作用对温度和光照的响应 | 第110-111页 |
| 3.2 光系统II最大光化学效率的动力学曲线 | 第111-113页 |
| 第八章 主要结论及创新点 | 第113-115页 |
| 附表 | 第115-127页 |
| 攻读学位期间发表的学术论文 | 第127-128页 |
| 参考文献 | 第128-142页 |
