| 摘要 | 第4-6页 |
| Abstract | 第6-7页 |
| 第1章 绪论 | 第10-16页 |
| 1.1 核糖开关研究的背景和意义 | 第10-11页 |
| 1.2 核糖开关研究的进展 | 第11页 |
| 1.3 add型腺嘌呤核糖开关的研究进展 | 第11-14页 |
| 1.4 本论文的主要内容及意义 | 第14-16页 |
| 第2章 利用粗粒化的高斯网络模型研究腺嘌呤核糖开关的去折叠行为 | 第16-28页 |
| 2.1 引言 | 第16页 |
| 2.2 基本原理和方法 | 第16-19页 |
| 2.2.1 高斯网络模型的基本原理 | 第16-18页 |
| 2.2.2 对传统模型的改进 | 第18-19页 |
| 2.2.3 迭代去折叠高斯网络模型基本原理 | 第19页 |
| 2.3 结果与讨论 | 第19-27页 |
| 2.3.1 共价与非共价相互作用的力常数 | 第19-20页 |
| 2.3.2 镁离子和配体对add型腺嘌呤核糖开关动力学行为的影响 | 第20-22页 |
| 2.3.3 迭代GNM给出的去折叠顺序 | 第22-23页 |
| 2.3.4 去折叠过程的鲁棒性分析 | 第23-24页 |
| 2.3.5 快运动模式中的涨落随去折叠过程的变化 | 第24-25页 |
| 2.3.6 涨落的交叉相关性随去折叠过程的变化 | 第25-27页 |
| 2.4 本章小结 | 第27-28页 |
| 第3章 利用全原子拉伸分子动力学模拟研究腺嘌呤核糖开关的去折叠过程 | 第28-50页 |
| 3.1 引言 | 第28页 |
| 3.2 基本原理和方法 | 第28-38页 |
| 3.2.1 基本思想 | 第28-30页 |
| 3.2.2 能量优化 | 第30-32页 |
| 3.2.3 力场 | 第32-33页 |
| 3.2.4 积分算法 | 第33-34页 |
| 3.2.5 键长约束 | 第34-35页 |
| 3.2.6 边界条件 | 第35-36页 |
| 3.2.7 拉伸分子动力学原理 | 第36-37页 |
| 3.2.8 基本步骤 | 第37页 |
| 3.2.9 体系选取与分子动力学模拟 | 第37-38页 |
| 3.3 结果分析 | 第38-47页 |
| 3.3.1 拉力大小的变化情况 | 第38-43页 |
| 3.3.2 Loop-loop相互作用的氢键变化情况 | 第43-45页 |
| 3.3.3 连接区中参与相互作用的原子对的距离变化 | 第45-47页 |
| 3.4 本章小结 | 第47-50页 |
| 结论 | 第50-52页 |
| 参考文献 | 第52-56页 |
| 攻读硕士学位期间所获得的科研成果 | 第56-58页 |
| 致谢 | 第58页 |
