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运用RNA-seq技术分析Delta S2 SF-1a PRLR对人类乳腺癌细胞MCF-7转录组的影响

摘要第9-11页
ABSTRACT第11-12页
专有名词中英文对照表第13-14页
第1章 前言第14-22页
    1.1 人催乳素的结构及其相关功能第14-16页
        1.1.1 人催乳素的结构第14-15页
        1.1.2 人催乳素的功能第15-16页
    1.2 人催乳素受体的结构及其介导的信号转导第16-18页
        1.2.1 人催乳素受体的结构第16-18页
        1.2.2 人催乳素受体介导的信号转导第18页
    1.3 人催乳素及人催乳素受体与乳腺癌的关系第18-19页
        1.3.1 人催乳素与乳腺癌的关系第19页
        1.3.2 人催乳素受体与乳腺癌的关系第19页
    1.4 变异催乳素受体ΔS2 SF1a-PRLR第19-20页
        1.4.1 ΔS2 SF1a-PRLR的发现及结构特征第19-20页
        1.4.2 ΔS2 SF1a-PRLR的生物学功能第20页
    1.5 本研究的目的、意义和创新第20-22页
        1.5.1 本研究的目的和意义第20-21页
        1.5.2 本研究的创新第21-22页
第2章 SF1a-PRLR与 ΔS2 SF1a-PRLR稳转乳腺癌MCF-7 细胞株构建与鉴定第22-31页
    2.1 材料第22-23页
        2.1.1 细胞系第22页
        2.1.2 质粒第22页
        2.1.3 实验设备第22-23页
        2.1.4 实验试剂第23页
        2.1.5 扩增引物第23页
    2.2 方法第23-26页
        2.2.1 慢病毒载体构建与鉴定第23-25页
        2.2.2 慢病毒包装第25-26页
        2.2.3 稳转细胞筛选和PCR鉴定第26页
    2.3 结果与分析第26-30页
        2.3.1 载体构建测序分析第26-27页
        2.3.2 病毒滴度测定第27-28页
        2.3.3 稳转细胞株转染和PCR鉴定结果第28-30页
    2.4.讨论第30-31页
        2.4.1 载体构建第30-31页
第3章 ΔS2 SF1a和SF1a对乳腺上皮细胞基因表达的影响第31-61页
    3.1 材料第31-32页
        3.1.1 细胞株第31页
        3.1.2 仪器设备第31页
        3.1.3 实验试剂第31-32页
        3.1.4 软件第32页
        3.1.5 基因比对文库第32页
    3.2 方法第32-36页
        3.2.1 稳转细胞总RNA分离纯化第32页
        3.2.2 cDNA文库构建第32-33页
        3.2.3 原始测序数据质控分析第33-34页
        3.2.4 测序数据质量剪切及统计第34页
        3.2.5 测序数据与基因进行比对第34页
        3.2.6 基因表达量分析第34页
        3.2.7 基因表达差异分析第34页
        3.2.8 差异基因GO分类统计和GO分类富集分析第34-35页
        3.2.9 差异基因KEGG可视化及KEGG通路富集分析第35页
        3.2.10 SNP分析第35-36页
        3.2.11 可变剪切分析第36页
    3.3 结果与讨论第36-57页
        3.3.1 测序数据碱基含量分布统计第36-38页
        3.3.2 碱基质量分布统计第38-39页
        3.3.3 碱基错误率分布统计第39页
        3.3.4 测序数据质量剪切及统计第39-40页
        3.3.5 RNA测序饱和度分析第40-41页
        3.3.6 基因覆盖度分析第41-42页
        3.3.7 基因表达量分析第42页
        3.3.8 表达差异分析第42-43页
        3.3.9 差异基因GO的统计分类第43-48页
        3.3.10 差异基因KEGG通路可视化第48页
        3.3.11 差异基因GO富集分析第48-50页
        3.3.12 Pathway通路分析第50-56页
        3.3.13 可变剪切分析第56-57页
        3.3.14 SNP分析第57页
    3.4 讨论第57-61页
        3.4.1 MAPK信号通路与乳腺癌第57-59页
        3.4.2 PI3K/Akt信号通路与乳腺癌第59页
        3.4.3 TGF-β信号通路与乳腺癌第59-60页
        3.4.4 Hedgehog通路与乳腺癌第60-61页
第4章 结论与展望第61-62页
    4.1 根据本实验结果得出以下结论:第61页
    4.2 展望第61-62页
致谢第62-63页
参考文献第63-67页
作者在学期间取得的学术成果第67-68页
附录A 上下调基因KEGG注释代谢通路图第68-69页
附录B 上下调基因KEGG注释肿瘤相关通路图第69-70页
附录C 上下调基因KEGG注释调节干细胞多能性信号通路图第70-71页
附录D 上下调基因KEGG注释代谢通路图第71-72页
附录E 上下调基因KEGG注释肿瘤相关通路图第72-73页
附录F TNF信号通路相关差异基因的表达情况第73-74页
附录G ErbB信号通路差异差异的基因表达情况第74-75页
附录H Hippo信号通路差异基因表达第75页

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