| 前言 | 第4-6页 |
| 中文摘要 | 第6-8页 |
| 英文摘要 | 第8-9页 |
| 主要缩略词 | 第10-13页 |
| 第一章 绪论——密码子使用偏好现象的研究进展 | 第13-51页 |
| 1.1 密码子和密码子表 | 第13-16页 |
| 1.2 遗传密码的起源和进化 | 第16-22页 |
| 1.2.1 氨基酸的起源与进化 | 第17-20页 |
| 1.2.2 密码子的起源与进化 | 第20-22页 |
| 1.3 密码子的使用偏好 | 第22-32页 |
| 1.3.1 密码子使用的模式 | 第22-23页 |
| 1.3.2 影响密码子使用的因素 | 第23-28页 |
| 1.3.3 选择-突变-遗传漂变模型 | 第28-32页 |
| 1.4 密码子对使用偏好性 | 第32-38页 |
| 1.4.1 密码子对偏好现象 | 第32-34页 |
| 1.4.2 翻译水平对密码子对偏好现象的解释 | 第34-36页 |
| 1.4.3 简单重复序列对密码子的影响 | 第36-38页 |
| 1.5 本研究的背景、目的和意义 | 第38-40页 |
| 1.6 参考文献 | 第40-51页 |
| 第二章 密码子对避让使用长单核苷酸重复序列 | 第51-79页 |
| 2.1 引言 | 第51-52页 |
| 2.2 材料和方法 | 第52-61页 |
| 2.2.1 数据库的建立 | 第52-57页 |
| 2.2.2 同义和有义密码子对 | 第57-59页 |
| 2.2.3 密码子对频率的标准化计算 | 第59-60页 |
| 2.2.4 密码子对使用偏性分析 | 第60页 |
| 2.2.5 保守序列密码子对的偏好性分析 | 第60-61页 |
| 2.3 结果 | 第61-70页 |
| 2.3.1 长单核苷酸序列在同义密码子对中的避让偏好 | 第61-62页 |
| 2.3.2 长单核苷酸序列在有义密码子对中的避让偏好 | 第62-65页 |
| 2.3.3 编码序列保守区域的o/e值 | 第65-67页 |
| 2.3.4 原核生物中GC含量对o/e值的影响 | 第67-70页 |
| 2.4 讨论 | 第70-74页 |
| 2.4.1 对于密码子对偏好性的解释 | 第70-72页 |
| 2.4.2 碱基组成(GC含量)与indel突变模型 | 第72-73页 |
| 2.4.3 indel突变模型对密码子使用偏好及突变的解释 | 第73-74页 |
| 2.5 小结 | 第74-75页 |
| 2.6 参考文献 | 第75-79页 |
| 第三章 基因功能决定GC碱基和密码子的组成 | 第79-101页 |
| 3.1 引言 | 第79-80页 |
| 3.2 材料和方法 | 第80-85页 |
| 3.2.1 基因组序列的选择 | 第80-82页 |
| 3.2.2 对编码序列的三种分类方法 | 第82-83页 |
| 3.2.3 密码子和氨基酸使用的线性回归分析 | 第83-85页 |
| 3.2.4 氨基酸对GC含量的贡献率 | 第85页 |
| 3.3 结果 | 第85-94页 |
| 3.3.1 GCsyn与氨基酸分类 | 第85-91页 |
| 3.3.2 氨基酸对GC含量的贡献 | 第91-93页 |
| 3.3.3 GC含量决定密码子使用频率 | 第93-94页 |
| 3.4 讨论 | 第94-96页 |
| 3.5 小结 | 第96-97页 |
| 3.6 参考文献 | 第97-101页 |
| 全文结论 | 第101-103页 |
| 致谢 | 第103-105页 |
| 博士期间发表和待发表的论文 | 第105-107页 |
| 附录A | 第107-149页 |
| 附录B | 第149-153页 |
