基于最小生成树的子通路研究
| 摘要 | 第1-5页 |
| ABSTRACT | 第5-7页 |
| 第一章 绪论 | 第7-17页 |
| 1 简介 | 第7-12页 |
| ·历史 | 第7-8页 |
| ·方法 | 第8页 |
| ·基因和蛋白质的表达 | 第8-9页 |
| ·生物分子网络 | 第9-10页 |
| ·代谢网络与信号传导网络 | 第10-12页 |
| 2 常用分析工具 | 第12-15页 |
| ·R语言 | 第12-13页 |
| ·Cytoscape | 第13-14页 |
| ·Bioconductor包简介 | 第14-15页 |
| 3 本文研究内容 | 第15-16页 |
| ·基于最小生成树的子通路分析方法的研究 | 第15-16页 |
| 4 本文的工作与组织 | 第16-17页 |
| 第二章 基于最小生成树的子通路分析 | 第17-28页 |
| 1 引言 | 第17-18页 |
| 2 基本概念 | 第18-23页 |
| ·差异分析 | 第18-19页 |
| ·KEGG数据库 | 第19-20页 |
| ·基因集功能富集分析 | 第20-22页 |
| ·子通路 | 第22-23页 |
| 3 本章用到的主要算法介绍 | 第23-26页 |
| ·基于最小生成树的方法介绍 | 第23页 |
| ·sub-SPIA方法 | 第23-24页 |
| ·差异基因注释到通路 | 第24页 |
| ·定义子通路具体流程 | 第24-25页 |
| ·子通路的显著富集分析 | 第25-26页 |
| 4 数据集和方法 | 第26-27页 |
| ·数据集 | 第26页 |
| ·Subpathway- SPIA算法步骤 | 第26-27页 |
| 5 本章小结 | 第27-28页 |
| 第三章 结果讨论 | 第28-36页 |
| 1 实验结果与分析 | 第28-34页 |
| ·通路分析结果 | 第28-31页 |
| ·与其他方法的比较 | 第31页 |
| ·识别通路的关系 | 第31-32页 |
| ·讨论 | 第32-34页 |
| 2 本章小结 | 第34-36页 |
| 第四章 总结与展望 | 第36-37页 |
| 1 本文总结 | 第36页 |
| 2 后续研究与展望 | 第36-37页 |
| 参考文献 | 第37-41页 |
| 致谢 | 第41-42页 |
| 攻读学位期间发表的学术论文目录 | 第42页 |
