基于全基因组测序的副溶血弧菌种群进化研究
| 缩略词表 | 第1-6页 |
| 摘要 | 第6-9页 |
| Abstract | 第9-13页 |
| 前言 | 第13-18页 |
| 第一章 菌株选择与全基因组测序 | 第18-21页 |
| 小结与讨论 | 第19-21页 |
| 第二章 全基因组变异分析 | 第21-28页 |
| 1 分析策略和工具 | 第21-22页 |
| ·变异检测策略 | 第21页 |
| ·数据处理环境及平台 | 第21-22页 |
| 2 变异分析过程与结果 | 第22-26页 |
| ·基因组片段的存在和缺失 | 第22-23页 |
| ·全基因组SNP检测 | 第23-26页 |
| 3 小结与讨论 | 第26-28页 |
| 第三章 系统发育结构重建 | 第28-35页 |
| 1 整个种群的系统发育结构 | 第29-30页 |
| 2 克隆群菌株的系统发育分析 | 第30-34页 |
| ·流行性克隆群群内SNP分布 | 第30-31页 |
| ·其他重要克隆群SNP分布 | 第31-33页 |
| ·流行性克隆群系统发育重建 | 第33-34页 |
| 3 小结与讨论 | 第34-35页 |
| 第四章 种群结构及海洋性基因库 | 第35-50页 |
| 1 LD-decay分析 | 第36-39页 |
| 2 种群结构重建 | 第39-46页 |
| 3 海洋性基因库的验证确认 | 第46-48页 |
| 4 小结与讨论 | 第48-50页 |
| 第五章 进化推动力分析 | 第50-65页 |
| 1 有效种群大小的推断 | 第50-57页 |
| ·基于基因组单位点的估计 | 第50-53页 |
| ·基于有机体水平的估计 | 第53-57页 |
| 2 模型——生态型 | 第57-58页 |
| 3 上位相互作用检测 | 第58-63页 |
| 4 小结与讨论 | 第63-65页 |
| 参考文献 | 第65-72页 |
| 附录 | 第72-116页 |
| 附表1 本研究所使用菌株详细信息列表 | 第72-79页 |
| 附表2 菌株测序数据及组装结果统计表 | 第79-86页 |
| 附表3 使用的其他物种基因组信息 | 第86-94页 |
| 附表4 上位相互作用SNP位点列表 | 第94-100页 |
| 附表5 基因组片段与SNP的相关性表 | 第100-116页 |
| 综述 | 第116-128页 |
| 摘要 | 第116页 |
| 1 引言 | 第116-117页 |
| 2 同源重组对系统发育分析的影响 | 第117-118页 |
| 3 度量重组 | 第118-120页 |
| 4 检测重组 | 第120-121页 |
| 5 讨论与展望 | 第121-123页 |
| 表 1 常用重组分析软件比较 | 第123-124页 |
| 参考文献 | 第124-128页 |
| 个人简历 | 第128-129页 |
| 致谢 | 第129-130页 |
