| 摘要 | 第1-10页 |
| ABSTRACT | 第10-15页 |
| 第一章 前言 | 第15-29页 |
| ·乌贼科研究概况 | 第15-18页 |
| ·乌贼科分类地位 | 第15-16页 |
| ·虎斑乌贼 | 第16页 |
| ·刺乌贼 | 第16页 |
| ·拟目乌贼 | 第16页 |
| ·无针乌贼 | 第16-17页 |
| ·乌贼科分类鉴定方法 | 第17-18页 |
| ·线粒体基因组研究 | 第18-23页 |
| ·线粒体基因组概述 | 第18页 |
| ·线粒体基因组结构与特征 | 第18-21页 |
| ·线粒体基因组全序列的测序策略 | 第21-22页 |
| ·线粒体基因组的优点 | 第22-23页 |
| ·分子系统学概述 | 第23-28页 |
| ·分子系统学的定义及发展 | 第23-24页 |
| ·分子系统学研究步骤 | 第24页 |
| ·头足类分子系统学发展历程 | 第24-26页 |
| ·线粒体基因组在乌贼科分子系统学中的应用 | 第26-28页 |
| ·本研究主要内容、目的和意义 | 第28-29页 |
| ·本研究的主要内容 | 第28页 |
| ·本研究的目的和意义 | 第28-29页 |
| 第二章 四种乌贼线粒体全基因组的测定及结构分析 | 第29-86页 |
| ·材料与试剂 | 第29-32页 |
| ·实验材料 | 第29-30页 |
| ·仪器与试剂 | 第30-32页 |
| ·实验方法 | 第32-38页 |
| ·基因组 DNA 的提取 | 第32-33页 |
| ·基因组 DNA 的检测 | 第33-34页 |
| ·引物设计 | 第34页 |
| ·PCR 扩增 | 第34-36页 |
| ·PCR 产物的纯化 | 第36页 |
| ·目的片段测序 | 第36-37页 |
| ·线粒体全基因组的序列拼接、注释与分析 | 第37-38页 |
| ·结果与分析 | 第38-47页 |
| ·物种鉴定结果 | 第38-40页 |
| ·DNA 提取结果 | 第40页 |
| ·引物设计结果 | 第40-45页 |
| ·PCR 扩增结果 | 第45-47页 |
| ·虎斑乌贼线粒体基因组全序列 | 第47-56页 |
| ·线粒体基因组结构与特征 | 第47-51页 |
| ·蛋白质编码基因 | 第51-52页 |
| ·tRNA 基因 | 第52-55页 |
| ·rRNA 基因 | 第55页 |
| ·非编码区 | 第55-56页 |
| ·刺乌贼线粒体基因组全序列 | 第56-65页 |
| ·线粒体基因组结构与特征 | 第56-59页 |
| ·蛋白质编码基因 | 第59-61页 |
| ·tRNA 基因 | 第61-64页 |
| ·rRNA 基因 | 第64页 |
| ·非编码区 | 第64-65页 |
| ·拟目乌贼线粒体基因组全序列 | 第65-74页 |
| ·线粒体基因组结构与特征 | 第65-69页 |
| ·蛋白质编码基因 | 第69-70页 |
| ·tRNA 基因 | 第70-73页 |
| ·rRNA 基因 | 第73页 |
| ·非编码区 | 第73-74页 |
| ·无针乌贼线粒体基因组全序列 | 第74-83页 |
| ·线粒体基因组结构与特征 | 第74-78页 |
| ·蛋白质编码基因 | 第78-79页 |
| ·tRNA 基因 | 第79-82页 |
| ·rRNA 基因 | 第82页 |
| ·非编码区 | 第82-83页 |
| ·讨论 | 第83-86页 |
| ·线粒体基因组全序列比较基因组学研究 | 第83页 |
| ·基因间隔与重叠比较基因组学研究 | 第83页 |
| ·碱基使用情况比较基因组学研究 | 第83-84页 |
| ·蛋白质编码基因比较基因组学研究 | 第84页 |
| ·tRNA 二级结构比较基因组学研究 | 第84-85页 |
| ·rRNA 比较基因组学研究 | 第85页 |
| ·非编码区比较基因组学研究 | 第85-86页 |
| 第三章 基于线粒体全基因组的乌贼科系统发育分析 | 第86-98页 |
| ·材料与方法 | 第86-88页 |
| ·外群的选择 | 第86页 |
| ·数据的来源 | 第86-87页 |
| ·序列的比对 | 第87页 |
| ·系统发生树的构建 | 第87-88页 |
| ·结果与分析 | 第88-95页 |
| ·最大似然法(Maximum Likelihood method, ML)构树 | 第88-90页 |
| ·邻接法(Neighbor Joining method, NJ)构树 | 第90-91页 |
| ·最小进化法(Minimum Evolution method, ME)构树 | 第91-93页 |
| ·最大简约法(Maximum Parsimony method, MP)构树 | 第93-95页 |
| ·讨论 | 第95-98页 |
| 结论 | 第98-100页 |
| 参考文献 | 第100-109页 |
| 致谢 | 第109-110页 |
| 在读期间发表的学术论文及研究成果 | 第110页 |
