| 摘要 | 第1-7页 |
| Abstract | 第7-8页 |
| 目录 | 第8-11页 |
| 英文简写表 | 第11-12页 |
| 第一章 绪论 | 第12-22页 |
| ·水稻白叶枯病菌概述 | 第12页 |
| ·c-di-GMP 信号网络的调控 | 第12-18页 |
| ·c-di-GMP 的代谢调控网络 | 第12-13页 |
| ·c-di-GMP 的信号途径的组成 | 第13-14页 |
| ·c-di-GMP 的信号受体类型 | 第14-17页 |
| ·c-di-GMP 信号与受体互作的分子机制研究进展 | 第17-18页 |
| ·全局转录调控因子 Clp | 第18-20页 |
| ·转录调控因子 | 第18页 |
| ·转录调控因子研究方法 | 第18-19页 |
| ·水稻白叶枯病菌中的转录调控因子 clpxoo | 第19-20页 |
| ·本研究的目的意义与技术路线 | 第20-22页 |
| ·目的意义 | 第20-21页 |
| ·技术路线 | 第21-22页 |
| 第二章 Clpxoo 蛋白的原核表达和 cNMP 受体功能分析 | 第22-33页 |
| ·实验材料 | 第22页 |
| ·菌株和质粒 | 第22页 |
| ·培养基和培养条件 | 第22页 |
| ·生化试剂 | 第22页 |
| ·主要仪器 | 第22页 |
| ·实验方法 | 第22-28页 |
| ·目的基因 clpxoo、clpxoo-cNMP 的克隆及原核表达载体的构建 | 第22-26页 |
| ·Clpxoo、Clpxoo-cNMP 蛋白表达与纯化 | 第26-27页 |
| ·ITC 检测 Clpxoo、Clpxoo-cNMP 蛋白与 c-di-GMP 结合作用 | 第27页 |
| ·SPR 检测 Clpxoo 蛋白与 c-di-GMP 结合作用 | 第27-28页 |
| ·结果及分析 | 第28-32页 |
| ·目的基因 clpxoo、clpxoo-cNMP 的获得 | 第28页 |
| ·clpxoo、clpxoo-cNMP 蛋白表达载体的构建 | 第28-29页 |
| ·clpxoo、clpxoo-cNMP 蛋白的原核表达诱导 | 第29页 |
| ·Clpxoo、Clpxoo-cNMP 蛋白纯化和定量 | 第29-30页 |
| ·Clpxoo、Clpxoo-cNMP 蛋白的 Western blot 分析 | 第30-31页 |
| ·SPR 检测 Clpxoo 蛋白与 c-di-GMP 的结合 | 第31页 |
| ·ITC 检测 Clpxoo 蛋白与 c-di-GMP 的结合 | 第31-32页 |
| ·本章小结 | 第32-33页 |
| 第三章 Clpxoo 蛋白 DNA 结合结构域的功能分析 | 第33-50页 |
| ·实验材料 | 第33页 |
| ·菌株和质粒 | 第33页 |
| ·培养基和培养条件 | 第33页 |
| ·生化试剂 | 第33页 |
| ·主要仪器 | 第33页 |
| ·实验方法 | 第33-38页 |
| ·目的基因 clpxoo-HA 的克隆及 ChIP 表达载体的构建 | 第33-34页 |
| ·ChIP 表达菌株的 Western Blot 检测 | 第34页 |
| ·电转化法制备水稻白叶枯病菌（Xoo）感受态及转化 | 第34页 |
| ·ChIP 表达菌株的生物学表型的检测 | 第34-35页 |
| ·XooΔclp(pClp-HA)体内染色质免疫沉淀及实验条件优化 | 第35-37页 |
| ·qPCR 验证 ChIP 富集 DNA 的特异性和效率 | 第37-38页 |
| ·ChIP-seq 测序数据的生物信息学分析 | 第38页 |
| ·结果及分析 | 第38-49页 |
| ·clpxoo-HA 的克隆和染色质免疫沉淀（ChIP）表达载体的构建 | 第38-39页 |
| ·ChIP 表达载体的验证与选择 | 第39-41页 |
| ·ChIP 表达菌株Δclp(pClp-HA)生物学表型的测定 | 第41页 |
| ·Δclp(pClp-HA)体内染色质免疫沉淀实验 | 第41-43页 |
| ·Anti-HA 抗体与 Protein G beads 结合能力的检测 | 第43页 |
| ·交联反应对于 Anti-HA 识别 Clpxoo-HA 的影响 | 第43-44页 |
| ·染色质免疫沉淀实验富集 DNA 的回收和富集效率的鉴定 | 第44-45页 |
| ·ChIP-seq 测序数据的生物信息学分析 | 第45-49页 |
| ·本章小结 | 第49-50页 |
| 第四章 Clpxoo 蛋白两个功能结构域相互关系的分析 | 第50-66页 |
| ·实验材料 | 第50页 |
| ·菌株和质粒 | 第50页 |
| ·培养基和培养条件 | 第50页 |
| ·生化试剂 | 第50页 |
| ·主要仪器 | 第50页 |
| ·实验方法 | 第50-54页 |
| ·转录因子 Clpxoo 蛋白的生物信息学分析 | 第50页 |
| ·Clpxoo 蛋白与荧光标记探针的 EMSA 实验 | 第50-52页 |
| ·蛋白与目标启动子探针的 SPR 实验 | 第52页 |
| ·Clpxoo 蛋白调控基因的转录表达分析 | 第52-54页 |
| ·结果及分析 | 第54-64页 |
| ·Clpxoo 蛋白的生物信息学分析 | 第54-55页 |
| ·EMSA 实验荧光探针的选择与合成 | 第55页 |
| ·Clpxoo 与荧光标记核酸探针结合作用的 EMSA 分析 | 第55-58页 |
| ·Clpxoo 与核酸探针结合作用的 SPR 分析 | 第58-60页 |
| ·Clpxoo 调控基因的转录表达分析 | 第60-62页 |
| ·c-di-GMP 对于 Clpxoo 调控基因转录表达的影响 | 第62-64页 |
| ·小结与讨论 | 第64-66页 |
| 第五章 全文结论与展望 | 第66-67页 |
| 完成本论文得出以下结论 | 第66页 |
| 下一步工作展望 | 第66-67页 |
| 参考文献 | 第67-74页 |
| 附录 | 第74-88页 |
| 致谢 | 第88-89页 |
| 作者简介 | 第89页 |
