| 摘要 | 第1-11页 |
| ABSTRACT | 第11-15页 |
| 縮略词表 | 第15-17页 |
| 第一章 文献综述 | 第17-41页 |
| 1 miRNA的发现及其特征 | 第17-21页 |
| ·miRNA的发现 | 第17-19页 |
| ·miRNA的分子特征 | 第19-21页 |
| 2 miRNA的生物合成 | 第21-25页 |
| ·miRNA前体的转录 | 第21-22页 |
| ·miRNA的加工运输 | 第22-24页 |
| ·miRNA成熟体形成及RISC组装 | 第24-25页 |
| 3 miRNA的作用机制 | 第25-27页 |
| 4 miRNA的分类 | 第27-28页 |
| 5 植物miRNA的生物学功能 | 第28-32页 |
| ·miRNA调控植物的形态建成及发育进程 | 第28-29页 |
| ·miRNA调控植物对生物与非生物胁迫的应答 | 第29-30页 |
| ·miRNA与植物激素的调节及信号转导 | 第30-31页 |
| ·miRNA参与自身代谢的反馈调节 | 第31页 |
| ·miRNA参与ta-siRNAs的形成 | 第31-32页 |
| 6 miRNA的研究方法 | 第32-38页 |
| ·miRNA分离和鉴定的方法 | 第32-35页 |
| ·miRNA的表达的检测方法 | 第35-38页 |
| ·miRNA作用靶基因方式的研究方法 | 第38页 |
| 7 果树miRNAs的研究概况 | 第38-40页 |
| 8 本研究的目的和意义 | 第40-41页 |
| 第二章 生物信息学预测的microRNA在鲜食葡萄(hybrids of V.vinifera and V.labrusca)中的精确序列的识别与鉴定 | 第41-71页 |
| 摘要 | 第41页 |
| ABSTRACT | 第41-43页 |
| 1 材料与方法 | 第43-51页 |
| ·材料 | 第43-44页 |
| ·方法 | 第44-51页 |
| 2 结果与分析 | 第51-67页 |
| ·欧美杂种的鲜食葡萄miRNA的精确序列验证 | 第51页 |
| ·同源Vv-miRNAs序列保守性比较 | 第51-53页 |
| ·葡萄miRNAs的靶基因预测 | 第53-54页 |
| ·葡萄与其它植物中具有碱基差异的同源miRNAs的靶模式比较 | 第54-62页 |
| ·葡萄miRNAs的qRT-PCR表达图谱 | 第62-63页 |
| ·葡萄miRNAs靶基因的qRT-PCR表达图谱 | 第63-67页 |
| 3 讨论 | 第67-71页 |
| ·生物信息学预测的Vv-miRNAs的精确序列验证 | 第67-68页 |
| ·生物信息学预测与实验验证的miRNAs的一致性比较分析 | 第68页 |
| ·葡萄miRNAs的靶基因 | 第68-71页 |
| 第三章 葡萄花和果实小RNA文库中新microRNA的挖掘与miRBase中葡萄microRNA的验证 | 第71-93页 |
| 摘要 | 第71页 |
| ABSTRACT | 第71-73页 |
| 1 材料与方法 | 第73-77页 |
| ·实验材料 | 第73页 |
| ·小RNA的提取 | 第73-74页 |
| ·小RNA的cDNA文库的构建和测序 | 第74页 |
| ·生物信息学分析 | 第74-75页 |
| ·葡萄的靶基因预测 | 第75页 |
| ·利用poly(A)-tailed RT-PCR检测葡萄miRNAs的表达 | 第75-77页 |
| 2 结果与分析 | 第77-88页 |
| ·葡萄小分子RNA的测序分析 | 第77-80页 |
| ·葡萄中保守的miRNA的鉴定 | 第80-82页 |
| ·高通量测序的Vv-miRNAs与miRBase中的同源miRNAs保守性比较 | 第82-84页 |
| ·葡萄中非保守的miRNA的鉴定 | 第84-85页 |
| ·葡萄非保守miRNA的靶基因的预测 | 第85-86页 |
| ·葡萄新miRNA的Poly(A)-tailed RT-PCR表达图谱 | 第86-88页 |
| 3 讨论 | 第88-93页 |
| ·葡萄小分子RNA的高通量测序 | 第88-89页 |
| ·葡萄保守miRNA的鉴定 | 第89-90页 |
| ·葡萄中保守的miRNA与miRBase中同源序列的一致性分析 | 第90页 |
| ·葡萄中非保守的潜在的miRNA的鉴定 | 第90-91页 |
| ·葡萄miRNA的靶基因 | 第91-93页 |
| 第四章 葡萄microRNAs的靶基因的鉴定及作用方式的分析 | 第93-131页 |
| 摘要 | 第93页 |
| ABSTRACT | 第93-96页 |
| 1 材料与方法 | 第96-106页 |
| ·实验材料 | 第96-101页 |
| ·实验方法 | 第101-106页 |
| 2 结果与分析 | 第106-128页 |
| ·葡萄miRNA的表达谱分析 | 第106-109页 |
| ·葡萄miRNA靶基因的表达图谱 | 第109-113页 |
| ·葡萄miRNA：mRNA表达水平的相关性 | 第113-116页 |
| ·葡萄miRNAs的靶基因的鉴定 | 第116-128页 |
| 3 讨论 | 第128-131页 |
| ·miRNA的靶基因验证方法 | 第128-129页 |
| ·Vv-miRNA家族不同成员的功能保守性 | 第129页 |
| ·Vv-miRNA的靶基因及其裂解作用 | 第129-131页 |
| 第五章 山葡萄新microRNA的识别、鉴定与microRNA保守性的生物信息学分析 | 第131-161页 |
| 摘要 | 第131页 |
| ABSTRACT | 第131-133页 |
| 1 材料与方法 | 第133-136页 |
| ·实验材料 | 第133-134页 |
| ·小分子RNA的提取 | 第134页 |
| ·小RNA cDNA文库的构建和测序 | 第134-135页 |
| ·生物信息学分析 | 第135页 |
| ·miR-5'RACE和miR-3’RACE扩增 | 第135-136页 |
| ·葡萄的靶基因预测 | 第136页 |
| ·新的Va-miRNAs的荧光定量PCR表达图谱 | 第136页 |
| 2 结果与分析 | 第136-157页 |
| ·山葡萄小分子RNA的测序分析 | 第136-137页 |
| ·山葡萄保守miRNA的鉴定 | 第137-141页 |
| ·山葡萄非保守miRNA的鉴定 | 第141-142页 |
| ·山葡萄miRNA的精确序列验证 | 第142-143页 |
| ·山葡萄miRNA的保守性 | 第143-146页 |
| ·高通量测序数据中山葡萄miRNA的SNP分析 | 第146-153页 |
| ·山葡萄miRNA的表达图谱分析 | 第153-155页 |
| ·山葡萄miRNA的靶基因的预测 | 第155-156页 |
| ·利用5'-RLM-RACE验证山葡萄miRNA的靶基因 | 第156-157页 |
| 3 讨论 | 第157-161页 |
| ·Va-miRNA在不同物种中的序列保守性 | 第158页 |
| ·Va-miRNA的靶基因预测及其功能保守性 | 第158-161页 |
| 第六章 葡萄microRNA调控靶基因作用模式在葡萄发育过程中的动态变化研究 | 第161-197页 |
| 摘要 | 第161页 |
| ABSTRACT | 第161-164页 |
| 1 材料与方法 | 第164-165页 |
| ·实验材料 | 第164-165页 |
| ·小RNA的分离提取 | 第165页 |
| ·小RNA cDNA文库的构建和测序 | 第165页 |
| ·降解组cDNA文库的构建和测序 | 第165页 |
| ·小RNA cDNA文库生物信息学分析 | 第165页 |
| ·降解组cDNA文库生物信息学分析 | 第165页 |
| 2 结果与分析 | 第165-192页 |
| ·不同组织的葡萄sRNA文库中sRNA群体的变化 | 第165-168页 |
| ·葡萄发育过程中总的miRNA的丰度变化 | 第168页 |
| ·不同葡萄组织中的已知miRNA | 第168-174页 |
| ·不同葡萄组织中的新miRNA | 第174-178页 |
| ·不同组织葡萄的miRNA靶基因 | 第178-185页 |
| ·葡萄发育过程中miRNAs调控模式与影响这些模式的因素 | 第185-192页 |
| 3 讨论 | 第192-197页 |
| ·不同葡萄组织的sRNA文库的时空特性 | 第192-193页 |
| ·组织或发育时期特异性的Vv-miRNA | 第193页 |
| ·miRNA裂解靶基因的时空特异性 | 第193-194页 |
| ·葡萄发育过程中miRNA裂解靶位点的特异性 | 第194-197页 |
| 全文结论 | 第197-199页 |
| 主要创新点 | 第199-201页 |
| 参考文献 | 第201-215页 |
| 附表 | 第215-329页 |
| 读博期间论文发表情况 | 第329-331页 |
| 致谢 | 第331页 |
