| 中文部分 | 第1-149页 |
| 中文摘要 | 第7-12页 |
| 英文摘要 | 第12-17页 |
| 常用词汇说明 | 第17-18页 |
| 第一章 绪论 | 第18-29页 |
| §1.1 生物学基础知识介绍 | 第18-23页 |
| §1.2 图论基础知识介绍 | 第23-24页 |
| §1.3 算法复杂性理论基础知识介绍 | 第24-25页 |
| §1.4 论文的结构与组织 | 第25-26页 |
| 参考文献 | 第26-29页 |
| 第二章 全基因组中网络缺失基因的发现及研究 | 第29-51页 |
| §2.1 研究进展与背景介绍 | 第29-32页 |
| §2.2 基因组的选择与比较 | 第32-33页 |
| §2.3 Operon预测 | 第33页 |
| §2.4 基因组参考图的构造 | 第33-35页 |
| §2.5 Phylogenetic Profile的计算 | 第35页 |
| §2.6 信息融合与基因排序 | 第35-37页 |
| §2.7 实验与讨论 | 第37-47页 |
| 参考文献 | 第47-51页 |
| 第三章 Motif发现问题的有效算法 | 第51-63页 |
| §3.1 研究进展与背景介绍 | 第51-53页 |
| §3.2 Motif发现算法 | 第53-58页 |
| §3.2.1 理论分析 | 第53-56页 |
| §3.2.2 算法描述 | 第56-58页 |
| §3.2.3 Motif发现算法的扩展 | 第58页 |
| §3.3 实验与讨论 | 第58-61页 |
| 参考文献 | 第61-63页 |
| 第四章 全基因组中发现网络缺失基因方法的改进 | 第63-70页 |
| §4.1 研究进展与背景介绍 | 第63-64页 |
| §4.2 利用Regulon信息进行方法改进与分析 | 第64-66页 |
| §4.3 实验与讨论 | 第66-68页 |
| 参考文献 | 第68-70页 |
| 第五章 全基因组中发现和分析MITEs的综合系统(MUST) | 第70-83页 |
| §5.1 研究进展与背景介绍 | 第70-72页 |
| §5.2 MITEs发现算法 | 第72-76页 |
| §5.2.1 MITEs发现问题的描述 | 第72-73页 |
| §5.2.2 MITEs发现算法 | 第73-76页 |
| §5.3 MITEs发现算法的应用与实验 | 第76-79页 |
| §5.3.1 实验平台及材料准备 | 第76页 |
| §5.3.2 MITEs发现算法在Anabaena Variabilis ATCC29413中的应用 | 第76-78页 |
| §5.3.3 MITEs发现算法在Haloquadratum Walsbyi DSM16790中的应用 | 第78-79页 |
| §5.4 讨论 | 第79-80页 |
| 参考文献 | 第80-83页 |
| 第六章 Leptospira中的近期活性MITEs族 | 第83-97页 |
| §6.1 Leptospira的介绍 | 第83-84页 |
| §6.2 Leptospira中的近期活性MITEs族 | 第84-92页 |
| §6.2.1 Leptospira种族中四个已测序链之间的物种发展关系 | 第84页 |
| §6.2.2 Leptospira中ISLinl的比较分析 | 第84-87页 |
| §6.2.3 Yuanxiao的特性分析 | 第87-90页 |
| §6.2.4 Yuanxiao的近期活性 | 第90-92页 |
| §6.3 讨论 | 第92-94页 |
| 参考文献 | 第94-97页 |
| 第七章 Geobacter uraniireducens Rf4中的近期活性MITEs族 | 第97-110页 |
| §7.1 Geobacter uraniireducens Rf4的介绍 | 第97页 |
| §7.2 Geobacter uraniireducens Rf4中的近期活性MITEs族 | 第97-106页 |
| §7.2.1 Geobacter uraniireducens Rf4中Operon的两个拷贝的比较 | 第97-99页 |
| §7.2.2 Geobacter uraniireducens Rf4中具有近期活性的MITEs | 第99-101页 |
| §7.2.3 Chunjie在微牛物基因组中的分布 | 第101页 |
| §7.2.4 Geobacter uraniireducens Rf4中Chunjie的近代转换 | 第101-103页 |
| §7.2.5 Chunije在能被折叠成稳定的RNA分子 | 第103-106页 |
| §7.3 讨论 | 第106-108页 |
| 参考文献 | 第108-110页 |
| 第八章 总结与展望 | 第110-115页 |
| 参考文献 | 第113-115页 |
| 附录 | 第115-145页 |
| 附录1.选取的185个基因组以及相应的子链编号 | 第115-118页 |
| 附录2.E.coli的121个Pathway的名称及已确定的基因个数及二级包含关系 | 第118-121页 |
| 附录3.Muzha,Duanwu,Qixi,Chongyang的所有MITEs拷贝的基本信息 | 第121-124页 |
| 附录4.MITEs族Muzha,Chongyang,Duanwu,Qixi的Multiple Sequences Alignment and Neighbor Joining and Minimum Evolution Phylogenetic Tree | 第124-132页 |
| 附录5.Muzha,Duanwu,Qixi,Chongyang的预测二级结构图形 | 第132-136页 |
| 附录6.Yuanxiao的174个拷贝的详细信息 | 第136-144页 |
| 附录7.Chunjie的38个拷贝的详细信息 | 第144-145页 |
| 作者简介 | 第145-147页 |
| 致谢 | 第147-148页 |
| 学位论文评阅及答辩情况表 | 第148-149页 |
| 英文部分 | 第149-298页 |
| Abstract | 第155-160页 |
| 中文摘要 | 第160-165页 |
| Chapter 1 Introduction of Basic Knowledge | 第165-176页 |
| §1.1 Basic Knowledge of Biology | 第165-170页 |
| §1.2 Basic Knowledge of Graph Theory | 第170-171页 |
| §1.3 Basic Knowledge of Algorithm and Complexity Theory | 第171-172页 |
| §1.4 Dissertation Outline and Organization | 第172-173页 |
| Reference | 第173-176页 |
| Chapter 2 Genome-wide Discovery and Analysis of Missing Pathway Genes | 第176-198页 |
| §2.1 Introduction | 第176-179页 |
| §2.2 Methods and Materials | 第179-183页 |
| §2.2.1 Genomes Selection and Comparison | 第179-180页 |
| §2.2.2 Operon Prediction | 第180页 |
| §2.2.3 Construction of Reference Graph | 第180-181页 |
| §2.2.4 Phylogenetic Profiles Calculation | 第181-182页 |
| §2.2.5 Information Fusion and Gone Rank | 第182-183页 |
| §2.3 Experiments and Results | 第183-190页 |
| §2.3.1 Performance Measure Calculations | 第184-188页 |
| §2.3.2 More Detailed Result Analysis of Pyruvate Metabolism Pathway | 第188-190页 |
| §2.4 Discussion and Conclusion | 第190-193页 |
| Reference | 第193-198页 |
| Chapter 3 An Effective Algorithm of Motif Finding Problem | 第198-211页 |
| §3.1 Introduction | 第198-200页 |
| §3.2 Preliminary | 第200-203页 |
| §3.3 Algorithm Description | 第203-205页 |
| §3.4 Extensions of the Algorithm | 第205-206页 |
| §3.5 Experiments and Results | 第206-208页 |
| §3.6 Conclusion | 第208页 |
| References | 第208-211页 |
| Chapter 4 Improved Method by Adding Regulon Information | 第211-218页 |
| §4.1 Introduction | 第211-212页 |
| §4.2 Materials and Methods | 第212-214页 |
| §4.3 Experiments and Results | 第214-215页 |
| §4.4 Discussion and Conclusion | 第215页 |
| Reference | 第215-218页 |
| Chapter 5 Miniature Inverted-repeat Transposable Element Uncovering SysTem(MUST) | 第218-232页 |
| §5.1 Introduction | 第218-220页 |
| §5.2 MITEs Finding Problem and Algorithm | 第220-224页 |
| §5.2.1 MITEs Finding Problem Description | 第220-221页 |
| §5.2.2 Algorithm Description | 第221-224页 |
| §5.3 Applications and Experiments | 第224-228页 |
| §5.3.1 MITEs Confirmance and New Finding in Anabaena Variabilis ATCC 29413 | 第224-226页 |
| §5.3.2 MITEs Families in Haloquadratum Walsbyi DSM 16790 | 第226-228页 |
| §5.4 Discussion | 第228页 |
| Reference | 第228-232页 |
| Chapter 6 Active MITEs Family Yuanxiao in Leptospira | 第232-246页 |
| §6.1 Introduction of Leptospira | 第232页 |
| §6.2 Active MITEs Family in Leptospira | 第232-241页 |
| §6.2.1 Phylogenetic Relationship of the Four Strains of Leptospira | 第232-233页 |
| §6.2.2 Comparative Analysis oflSLinl in the Strain Lai of Leptospira | 第233-235页 |
| §6.2.3 ISLinl is degenerated | 第235-236页 |
| §6.2.4 Detailed Features of Yuanxiao | 第236-237页 |
| §6.2.5 Yuanxiao is a novel MITEs | 第237-239页 |
| §6.2.6 Recent Activities of Yuanxiao | 第239-241页 |
| §6.3 Discussion and Conclusion | 第241-243页 |
| Reference | 第243-246页 |
| Chapter 7 Active MITEs Family in Geobacter uraniireducens Rf4 | 第246-259页 |
| §7.1 Introduction of Geobacter uraniireducens Rf4 | 第246页 |
| §7.2 Active MITEs Family in Geobacter uraniireducens Rf4 | 第246-255页 |
| §7.2.1 Comparison of the Two Copies of an Operon in Geobacter uraniireducens Rf4 | 第246-248页 |
| §7.2.2 A Recently Active MITEs in Geobacter uraniireducens Rf4 | 第248-249页 |
| §7.2.3 Distribution of Chunjie in Microbial Genomes | 第249-250页 |
| §7.2.4 Recent Transpositions of Chunjie in Geobacter uraniireducens Rf4 | 第250-252页 |
| §7.2.5 Recent Burst of Chunjie in Geobacter uraniireducens Rf4 | 第252-253页 |
| §7.2.6 Chunjie could fold into very stable RNA molecule | 第253-255页 |
| §7.3 Discussion and Conclusion | 第255-257页 |
| Reference | 第257-259页 |
| Chapter 8 Conclusion and Further Research | 第259-264页 |
| Reference | 第262-264页 |
| Supplement | 第264-294页 |
| Supplement1.The 185 Genomes Name and Strain Names | 第264-267页 |
| Supplement2.The 121 Pathways Summarized Information | 第267-270页 |
| Supplement3.All MITEs Copies Basic Information of Muzha,Duanwu,Qixi,Chongyang | 第270-273页 |
| Supplement4.Alignment and Neighbor Joining and Minimum Evolution Phylogenetic Tree of Each MITEs Family:Muzha,Duanwu,Qixi,Chongyang | 第273-281页 |
| Supplement5.Predicted Second Structure of Muzha,Duanwu,Qixi,Chongyang | 第281-285页 |
| Supplement6.All 174 Copies Basic Information of Yuanxiao | 第285-293页 |
| Supplement7.All 38 Copies Basic Information of Chunjie | 第293-294页 |
| Curriculum Vitae | 第294-296页 |
| Acknowledgements | 第296-298页 |
| 学位论文评阅及答辩情况表 | 第298页 |
