| 摘 要 | 第1-7页 |
| Abstract | 第7-14页 |
| 第一章 文献综述 | 第14-50页 |
| 1 海胆研究历史概述 | 第15-17页 |
| 2 海胆杂交研究现状 | 第17-19页 |
| 3 杂交育种的分子遗传学研究 | 第19-48页 |
| ·分子标记的发展和应用 | 第20-30页 |
| ·同工酶标记（Allozyme markers） | 第22-23页 |
| ·线粒体DNA标记（Mitochondrial DNA markers） | 第23-24页 |
| ·RFLP标记（Restriction fragment length polymorphism） | 第24-25页 |
| ·RAPD （Random amplified polymorphic DNA） | 第25-26页 |
| ·AFLP（Amplified fragment length polymorphism）标记 | 第26-27页 |
| ·SSR(Single sequence repeats)标记 | 第27-28页 |
| ·SNP (Single nucleotide polymorphism) 标记 | 第28-29页 |
| ·ESTs（Expressed sequence tags）标记 | 第29-30页 |
| ·遗传连锁图谱及其应用 | 第30-36页 |
| ·基因作图的主要种类 | 第30-31页 |
| ·构建遗传连锁图的方法 | 第31-32页 |
| ·遗传连锁图的应用 | 第32-34页 |
| ·水产生物的遗传连锁图研究现状 | 第34-36页 |
| ·分子标记在杂种优势预测中的应用 | 第36-41页 |
| ·杂交育种的遗传学原理与方法 | 第36页 |
| ·杂种优势的遗传学基础 | 第36-38页 |
| ·分子标记预测杂种优势 | 第38-41页 |
| ·基因克隆及表达差异的研究 | 第41-48页 |
| ·基因克隆常用的方法 | 第41-44页 |
| ·基因表达差异的分析 | 第44-48页 |
| 4 本研究的目的和意义 | 第48-50页 |
| 第二章 中间球海胆(Strongylocentrotus intermedius)×光棘球海胆（S.nudus)杂交种的分子鉴定及生物学性状特征 | 第50-70页 |
| 第一节 利用微卫星标记对中间球海胆×光棘球海胆杂交种的鉴定 | 第50-56页 |
| 0 引言 | 第50-51页 |
| 1 材料与方法 | 第51-52页 |
| ·实验材料 | 第51页 |
| ·微卫星引物筛选 | 第51页 |
| ·DNA 提取及 PCR 检测 | 第51-52页 |
| 2 实验结果 | 第52-53页 |
| 3 讨论 | 第53-56页 |
| ·微卫星标记鉴定杂种的意义 | 第53-54页 |
| ·微卫星引物的筛选 | 第54页 |
| ·微卫星标记鉴定杂交种的应用前景 | 第54-56页 |
| 第二节 中间球海胆×光棘球海胆 F_1代的生物学性状特征 | 第56-70页 |
| 0 引言 | 第56-57页 |
| 1. 材料和方法 | 第57-58页 |
| ·材料 | 第57页 |
| ·材料来源 | 第57页 |
| ·取样及测量方法 | 第57页 |
| ·数据统计方法 | 第57-58页 |
| 2 结果 | 第58-65页 |
| ·杂交海胆的外部形态特征 | 第58-59页 |
| ·杂交海胆的生殖腺色泽表现 | 第59-61页 |
| ·杂交海胆的生长表现 | 第61-65页 |
| ·正交（IN♀×NU♂）F_1代不同时期的生长表现 | 第61-64页 |
| ·正交（IN♀×NU♂）F_1代的超亲优势 | 第64页 |
| ·反交（NU♀×IN♂）F_1代的生长表现 | 第64-65页 |
| 3 讨论 | 第65-69页 |
| ·正交海胆材料的选取和取样时间的确定 | 第65-66页 |
| ·正交组与对照组外部特征及生殖腺色泽 | 第66-67页 |
| ·正交组与对照组生长表现 | 第67-68页 |
| ·主要数量性状的测量标准 | 第67页 |
| ·正交组与对照组数量性状的差异 | 第67-68页 |
| ·正交杂种的超母本优势 | 第68页 |
| ·正反交F_1代的生物学性状差异 | 第68-69页 |
| 4 小结 | 第69-70页 |
| 第三章 杂交海胆(中间球海胆♀×光棘球海胆♂)群体遗传多样性的 AFLP 分析及AFLP 标记与数量性状的相关性分析 | 第70-94页 |
| 第一节 中间球海胆、光棘球海胆及杂交 F_1代（中间球海胆♀×光棘球海胆♂)群体的AFLP分析 | 第70-80页 |
| 0 引言 | 第70-71页 |
| 1 材料与方法 | 第71-73页 |
| ·实验材料 | 第71页 |
| ·DNA 提取 | 第71页 |
| ·AFLP分析 | 第71-72页 |
| ·数据的处理与分析 | 第72-73页 |
| 2 实验结果 | 第73-75页 |
| ·中间球海胆、光棘球海胆及其杂交 F_1代 AFLP 扩增谱带统计 | 第73-74页 |
| ·三个群体的遗传结构及遗传多样性分析 | 第74-75页 |
| ·聚类分析 | 第75页 |
| 3 讨论 | 第75-80页 |
| ·群体遗传多样性分析参数的选取 | 第77页 |
| ·亲本数目对杂交子代群体结构的影响 | 第77-78页 |
| ·子代群体的遗传组成及其与两亲本的遗传关系 | 第78页 |
| ·海胆杂交对育种及生态研究的意义 | 第78-80页 |
| 第二节 杂交海胆（中间球海胆 Strongylocentrotus intermedius♀×光海棘球胆Strongylocentrotus nudus♂）的数量性状与AFLP 标记的相关性分析 | 第80-94页 |
| 0 引言 | 第80-81页 |
| 1 材料与方法 | 第81-82页 |
| ·材料 | 第81页 |
| ·DNA 提取 | 第81页 |
| ·AFLP分析 | 第81-82页 |
| ·数据处理 | 第82页 |
| ·分组方法 | 第82页 |
| ·单因素方差分析(ANOVA) | 第82页 |
| 2 结果 | 第82-90页 |
| ·杂交海胆的一些主要的数量性状表型分析与变异 | 第82-83页 |
| ·杂交海胆群体的AFLP分析 | 第83页 |
| ·单因子方差分析法(ANOVA)检测与数量性状相关联的 AFLP 标记 | 第83-89页 |
| ·与杂交海胆生殖腺重相关的标记 | 第84-85页 |
| ·与杂交海胆壳径相关的标记 | 第85-86页 |
| ·与海胆体重相关的标记 | 第86-88页 |
| ·与海胆棘长相关的标记 | 第88-89页 |
| ·位点一致性的比较 | 第89-90页 |
| 3 讨论 | 第90-92页 |
| ·标记与性状关联分析的方法及意义 | 第90页 |
| ·QTL 的多效性和互作 | 第90-92页 |
| 4 小结 | 第92-94页 |
| 第四章 光棘球海胆与中间球海胆遗传连锁图谱的构建 | 第94-110页 |
| 0 引言 | 第94-95页 |
| 1 材料和方法 | 第95-98页 |
| ·作图群体 | 第95页 |
| ·DNA 提取及AFLP分析 | 第95-96页 |
| ·分离比分析 | 第96页 |
| ·图谱构建 | 第96-97页 |
| ·图谱的长度及覆盖率 | 第97页 |
| ·AFLP标记的分布 | 第97-98页 |
| 2 结果 | 第98-104页 |
| ·多态性水平 | 第98-99页 |
| ·分离比分析 | 第99-100页 |
| ·连锁图构建 | 第100-104页 |
| ·图谱长度和覆盖率 | 第104页 |
| ·AFLP 标记的分布 | 第104页 |
| 3 讨论 | 第104-108页 |
| ·AFLP 标记的多态性水平 | 第104-105页 |
| ·偏分离 | 第105-106页 |
| ·光棘球海胆和中间球海胆的遗传连锁图 | 第106页 |
| ·图谱长度和覆盖率 | 第106页 |
| ·AFLP标记的分布 | 第106-107页 |
| ·AFLPs 在海胆育种上的应用 | 第107-108页 |
| 4 小结 | 第108-110页 |
| 第五章 杂交海胆 MYP 基因转录表达差异的研究 | 第110-134页 |
| 第一节 光棘球海胆的MYP 基因的cDNA 序列分析 | 第112-122页 |
| 0 引言 | 第112-113页 |
| 1 材料与方法 | 第113-115页 |
| ·RNA 的提取 | 第113页 |
| ·RT-PCR 反应 | 第113页 |
| ·LA PCR 扩增及 PCR 产物回收 | 第113-114页 |
| ·cDNA 测序及分析 | 第114页 |
| ·MYP 进化分析 | 第114-115页 |
| 2 结果 | 第115-120页 |
| ·产物检测 | 第115页 |
| ·光棘球海胆MYPcDNA 核苷酸及推导氨基酸全序列 | 第115-117页 |
| ·光棘球海胆与其他海胆MYP 氨基酸序列差异 | 第117-118页 |
| ·光棘球海胆 MYP 与铁输送蛋白保守结构域 | 第118-119页 |
| ·系统进化分析 | 第119-120页 |
| 3 讨论 | 第120-122页 |
| ·光棘球海胆与其他海胆的分类地位 | 第120页 |
| ·光棘球海胆主要卵黄蛋白基因的特点及功能 | 第120-122页 |
| 第二节 MYP基因在中间球海胆及杂交海胆(S.intermedius♀×S.nudus♂)生殖腺不同发育时期的转录表达差异 | 第122-134页 |
| 0 引言 | 第122-123页 |
| 1 材料和方法 | 第123-125页 |
| ·材料 | 第123页 |
| ·方法 | 第123-125页 |
| ·不同生殖腺发育期的鉴别 | 第123页 |
| ·RNA的提取 | 第123页 |
| ·引物设计和筛选 | 第123-124页 |
| ·RT-PCR | 第124页 |
| ·Real Time RT-PCR | 第124页 |
| ·MYP表达的相对浓度的计算 | 第124-125页 |
| 2 结果 | 第125-130页 |
| ·雌雄生殖腺的鉴定及分期 | 第125-128页 |
| ·RT-PCR的半定量结果 | 第128-129页 |
| ·实时荧光定量PCR的结果 | 第129-130页 |
| 3 讨论 | 第130-134页 |
| ·杂交海胆的生殖腺分期 | 第130-131页 |
| ·RT-PCR 条件的优化 | 第131-132页 |
| ·杂交海胆与中间球海胆MYP基因的表达 | 第132页 |
| ·基因表达差异与杂种优势 | 第132-134页 |
| 第六章 总结与展望 | 第134-135页 |
| 主要参考文献 | 第135-155页 |
| 已接收和整理的第一作者文章 | 第155-156页 |
| 致谢 | 第156页 |
