| 中文摘要 | 第1-5页 |
| 英文摘要 | 第5-13页 |
| 前言 | 第13-28页 |
| 一、 利巴韦林相关背景知识 | 第13页 |
| 1 利巴韦林简介 | 第13页 |
| 2 利巴韦林的合成方法 | 第13页 |
| 二、 黄嘌呤脱氢酶的作用 | 第13-15页 |
| 三、 分子伴侣GroE简介 | 第15-20页 |
| 1 GroE的结构 | 第16-17页 |
| 2 GroE的功能 | 第17页 |
| 3 GroE的作用底物 | 第17-18页 |
| 4 GroE的作用机理 | 第18-20页 |
| 5 GroE研究前景 | 第20页 |
| 四、 植物Rubisco简介 | 第20-24页 |
| 1 Rubisco的类型 | 第21页 |
| 2 Rubisco的结构与功能 | 第21-23页 |
| 3 Rubisco的研究前景 | 第23-24页 |
| 五、 疏水作用力和可及性与蛋白质分子相互作用的关系 | 第24-26页 |
| 六、 本课题组研究进展 | 第26-28页 |
| 1 实验方面 | 第26-27页 |
| 2 理论方面 | 第27-28页 |
| 材料和方法 | 第28-37页 |
| 一、 材料和仪器 | 第28-29页 |
| 1 菌种 | 第28页 |
| 2 培养基 | 第28页 |
| 3 主要仪器 | 第28-29页 |
| 二、 利巴韦林制备方法 | 第29-30页 |
| 1 发酵条件 | 第29页 |
| 2 发酵生长曲线测定 | 第29页 |
| 3 酶源制备 | 第29页 |
| 4 底物反应 | 第29-30页 |
| 5 产物的分析测定 | 第30页 |
| 6 利巴韦林转化率计算 | 第30页 |
| 三、 结构分析数据获取 | 第30-32页 |
| 1 PDB简介 | 第30页 |
| 2 PDB数据库的使用方法 | 第30-31页 |
| 3 蛋白质原子坐标的获取 | 第31-32页 |
| 4 计算脚本的获取 | 第32页 |
| 5 Swiss-PDBViewer简介 | 第32页 |
| 四、 方法 | 第32-37页 |
| 1 可及性的定义 | 第32-33页 |
| 2 可及自由能的定义 | 第33页 |
| 3 参数Φ的定义 | 第33-34页 |
| 4 Swiss-PDBViewer的相关功能介绍 | 第34-36页 |
| 5 程序原理 | 第36-37页 |
| 计算和模拟 | 第37-46页 |
| 一、 GroE的相关可及性计算 | 第37-40页 |
| 1 GroEL顶端结构域的总体可及性 | 第37页 |
| 2 GroEL顶端结构域二级结构的可及性 | 第37-38页 |
| 3 与多肽结合之后的GroEL顶端结构域总体可及性 | 第38页 |
| 4 GroEL顶端结构域突变后的总体可及性 | 第38页 |
| 5 GroEL顶端区域多肽结合位点的可及性 | 第38-39页 |
| 6 与多肽结合之后的GroEL顶端区域多肽结合位点可及性 | 第39页 |
| 7 与GroES结合之后的GroEL顶端区域多肽结合位点可及性 | 第39页 |
| 8 GroES长环结构的可及性 | 第39页 |
| 9 GroEL-GroES复合物中GroES长环结构的可及性 | 第39-40页 |
| 二、 GroE相关可及自由能的计算 | 第40页 |
| 1 GroEL顶端结构域二级结构的可及自由能 | 第40页 |
| 2 GroES长环结构的可及自由能 | 第40页 |
| 三、 GroE相关Φ值的计算 | 第40-41页 |
| 1 GroEL顶端区域多肽结合位点对应Φ值 | 第40-41页 |
| 2 GroES长环结构对应Φ值 | 第41页 |
| 四、 GroE中心通道的变化 | 第41页 |
| 1 GroES结合之前的中心通道 | 第41页 |
| 2 GroES结合之后的中心通道 | 第41页 |
| 五、 GroE中相互作用关系的Swiss-PDBViewer分析 | 第41-42页 |
| 1 GroEL顶端区域多肽结合位点与多肽之间的相互作用 | 第42页 |
| 2 GroEL顶端区域多肽结合位点与GroES之间的相互作用 | 第42页 |
| 六、 GroE能量传递机制的研究 | 第42-43页 |
| 1 GroE在分子伴侣作用过程中的能量传递 | 第42-43页 |
| 2 复合物中GroEL赤道区域核酸结合口袋(cis环) | 第43页 |
| 3 单独GroEL赤道区域核酸结合口袋 | 第43页 |
| 4 复合物中GroEL赤道区域核酸结合口袋(trans环) | 第43页 |
| 七、 植物Rubisco的结构重叠比较 | 第43页 |
| 八、 Ⅰ型Rubisco活性中心残基的氢键作用 | 第43-44页 |
| 1 对Rubisco的活性状态起关键作用的残基 | 第43-44页 |
| 2 对Rubisco的活性状态不起关键作用的残基 | 第44页 |
| 九、 植物Rubisco的相关可及性计算 | 第44-45页 |
| 1 不同活性Rubisco中底物可及性的计算 | 第44页 |
| 2 不同活性Rubisco中金属离子可及性的计算 | 第44页 |
| 3 Ⅱ型Rubisco活性位点可及性计算 | 第44-45页 |
| 十、 Ⅰ型Rubisco活性中心残基突变 | 第45页 |
| 十一、 Rubisco活性中心其他参数比较 | 第45-46页 |
| 结果和分析 | 第46-70页 |
| 一、 利巴韦林中试结果 | 第46-47页 |
| 1 乙酰短杆菌CF51发酵生长中的混沌现象 | 第46-47页 |
| 2 利巴韦林中试结果 | 第47页 |
| 二、 本课题技术的优点和效果 | 第47-48页 |
| 三、 固定化细胞专利的结果 | 第48页 |
| 四、 GroE相关可及性分析和讨论 | 第48-50页 |
| 1 GroEL顶端结构域的整体可及性变化趋势 | 第48-49页 |
| 2 GroEL顶端结构域二级结构的可及性特征 | 第49页 |
| 3 GroEL顶端结构域的突变分析 | 第49-50页 |
| 4 GroEL顶端区域多肽结合位点分析 | 第50页 |
| 5 GroES长环结构的可及性分析 | 第50页 |
| 五、 GroE相关可及自由能的分析讨论 | 第50-52页 |
| 1 GroEL顶端结构域二级结构的可及自由能 | 第50-52页 |
| 2 GroES长环结构的可及自由能分析 | 第52页 |
| 六、 GroE相关Φ值分析 | 第52-54页 |
| 1 GroEL顶端区域多肽结合位点对应Φ值分析 | 第52-53页 |
| 2 GroES长环结构对应Φ值分析 | 第53-54页 |
| 七、 GroE中心通道的变化分析 | 第54-55页 |
| 八、 GroE中相互作用关系的Swiss-PDBViewer分析 | 第55-58页 |
| 1 GroEL顶端区域多肽结合位点与多肽之间的相互作用 | 第55-57页 |
| 2 GroEL顶端区域多肽结合位点与GroES之间的相互作用 | 第57-58页 |
| 九、 GroE能量传递机制的研究 | 第58-60页 |
| 1 GroEL赤道区域核酸结合口袋的残基及其相互作用 | 第58页 |
| 2 GroEL赤道区域核酸结合口袋的刚性骨架和能量传递机制 | 第58-60页 |
| 十、 植物Rubisco的结构重叠比较分析 | 第60-62页 |
| 1 菠菜Rubisco1RBO与1RXO的结构重叠比较分析 | 第60-61页 |
| 2 菠菜Rubisco1RBO与8RUC的结构重叠比较分析 | 第61-62页 |
| 十一、 Ⅰ型Rubiseo活性中心残基的氢键作用 | 第62-66页 |
| 1 对Rubisco的活性状态起关键作用的残基分析 | 第62-65页 |
| 2 对Rubisco的活性状态不起关键作用的残基分析 | 第65-66页 |
| 十二、 植物Rubisco的相关可及性比较分析 | 第66-67页 |
| 1 不同活性Rubisco中底物可及性的比较 | 第66页 |
| 2 不同活性Rubisco中金属离子可及性的分析 | 第66页 |
| 3 Ⅱ型Rubisco活性位点可及性分析 | 第66-67页 |
| 十三、 Ⅰ型Rubisco活性中心残基突变分析 | 第67-68页 |
| 十四、 Rubisco活性中心其他参数分析 | 第68-70页 |
| 讨论 | 第70-73页 |
| 一、 本文得到的结果 | 第70-71页 |
| 二、 对今后工作的设想 | 第71-73页 |
| 参考文献 | 第73-85页 |
