| 摘要 | 第1-6页 |
| Abstract | 第6-7页 |
| 目录 | 第7-11页 |
| 第一章 绪论 | 第11-16页 |
| ·分子进化与系统发生树 | 第11-14页 |
| ·本文的研究结果和贡献 | 第14-15页 |
| ·文章结构 | 第15-16页 |
| 第二章 分子进化的概率模型 | 第16-30页 |
| ·两条DNA序列间的p距离 | 第16-17页 |
| ·核苷酸进化的一般模型 | 第17-20页 |
| ·常用的核苷酸进化模型 | 第20-25页 |
| ·基于马氏链的进化距离估计 | 第25-30页 |
| 第三章 基于序列距离构建系统发生树 | 第30-37页 |
| ·树 | 第30-31页 |
| ·建树方法的分类 | 第31-33页 |
| ·基于距离的重建系统发生树的方法 | 第33-34页 |
| ·UPGMA | 第33页 |
| ·邻接法(NJ法) | 第33-34页 |
| ·Bootstrap方法在系统发生中的应用 | 第34-37页 |
| 第四章 模拟和分析方法 | 第37-43页 |
| ·DNA序列的模拟 | 第37-41页 |
| ·Bootstrap分析 | 第41页 |
| ·数据处理和分析的方法 | 第41-42页 |
| ·IE比率及相关概念 | 第42-43页 |
| 第五章 模拟分析结果 | 第43-57页 |
| ·Bootstrap重复数与序列长度的影响 | 第43-44页 |
| ·Bootstrap值与可靠概率间的关系 | 第44-46页 |
| ·IE比率(内-外分枝长度比率)对bootstrap分析的影响 | 第46-47页 |
| ·分枝的绝对长度 | 第47-48页 |
| ·指定进化分支的bootstrap值分布 | 第48-49页 |
| ·Bootstrap值的均值和中位数 | 第49-50页 |
| ·对经验生存函数的分析 | 第50-57页 |
| 第六章 讨论与结论 | 第57-61页 |
| 参考文献 | 第61-65页 |
| 发表文章目录 | 第65-66页 |
| 致谢 | 第66页 |