| 摘要 | 第1-4页 |
| ABSTRACT | 第4-8页 |
| 前言 | 第8-9页 |
| 第一章 文献综述 | 第9-24页 |
| ·概述 | 第9-12页 |
| ·链霉菌简介 | 第9-10页 |
| ·天蓝色链霉菌简介 | 第10页 |
| ·阿维链霉菌简介 | 第10-12页 |
| ·细菌的基因组进化策略 | 第12-15页 |
| ·概述 | 第12-13页 |
| ·进化策略 | 第13-15页 |
| ·比较基因组学概述 | 第15-20页 |
| ·比较基因组学定义 | 第15页 |
| ·比较基因组学的应用 | 第15-17页 |
| ·基因组比较的分析工具 | 第17-20页 |
| ·系统发育分析方法概述 | 第20-23页 |
| ·系统发育树构建方法 | 第21-22页 |
| ·常用系统发育分析软件 | 第22-23页 |
| ·本课题的研究意义 | 第23-24页 |
| 第二章 基于DNA序列的全基因组比较 | 第24-38页 |
| ·概述 | 第24页 |
| ·材料与方法 | 第24-26页 |
| ·DNA序列的获得 | 第24页 |
| ·DNA序列的比对方法 | 第24-26页 |
| ·结果与讨论 | 第26-37页 |
| ·天蓝色链霉菌和阿维链霉菌间有很强的同线性 | 第26-27页 |
| ·天蓝色链霉菌和阿维链霉菌之间存在很多的DNA倒位 | 第27-32页 |
| ·DNA倒位分析 | 第32-37页 |
| ·小结 | 第37-38页 |
| 第三章 DNA重复分析 | 第38-47页 |
| ·概述 | 第38-39页 |
| ·DNA重复（duplication）简介 | 第38-39页 |
| ·材料与方法 | 第39-41页 |
| ·DNA重复序列的获得 | 第39-40页 |
| ·大的DNA重复区域的获得 | 第40-41页 |
| ·结果与讨论 | 第41-46页 |
| ·DNA重复的数目及大小分析 | 第41-44页 |
| ·DNA重复区域分析 | 第44-46页 |
| ·小结 | 第46-47页 |
| 第四章 基因重复的系统发育分析 | 第47-59页 |
| ·概述 | 第47-49页 |
| ·基因重复与系统进化 | 第47-48页 |
| ·同源基因简介及分类 | 第48-49页 |
| ·材料与方法 | 第49-52页 |
| ·数据来源 | 第49-50页 |
| ·系统进化树的构建方法 | 第50-52页 |
| ·结果与讨论 | 第52-57页 |
| ·基因重复发生的时间分析 | 第52-57页 |
| ·重复基因的进化树类型在各物种中的分布 | 第57页 |
| ·小结 | 第57-59页 |
| 第五章 结论与展望 | 第59-61页 |
| ·结论 | 第59-60页 |
| ·前景与展望 | 第60-61页 |
| 参考文献 | 第61-68页 |
| 致谢 | 第68页 |